humann3的安装与使用：解决metaphlan3无法下载数据库的问题。

humann3的安装与使用：解决metaphlan3无法下载数据库的问题。

关于humann3的安装，建议按照官方推荐的方式：http://huttenhower.sph.harvard.edu/humann3

conda create --name humann3 python=3.7
conda activate humann3
#下面这一步很重要，顺序也很重要:
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels biobakery

conda install humann -c biobakery
#以上步骤很重要，不然安装的版本可能不一致，特别是metaphlan的版本，如果直接用conda安装很可能是3.0，现在这个软件已经更新到了3.0.2以上了，区别还是挺大的，尤其是在数据库配置这块。如果不是metaphlan 3.0.2以上版本，以下数据库配置方法并不适用。

安装完成之后，你运行
humann_test
这肯定都是OK的。

接下来需要下载核心数据库：
核酸数据库：humann_databases --download chocophlan full /path/to/databases --update-config yes

蛋白数据库：humann_databases --download uniref uniref90_diamond /path/to/databases --update-config yes

utility_mapping文件：humann_databases --download utility_mapping full /path/to/databases --update-config yes

如果说已经下载需要更改位置，可以运行
humann_config --update $section $name $value
运行humann_config就明白这三个参数分别指什么了：
HUMAnN Configuration ( Section : Name = Value )
database_folders : nucleotide = ~/humann3/chocophlan
database_folders : protein = ~humann3/uniref
database_folders : utili