用Python模拟生物大分子

用Python模拟生物大分子
作者：Konrad Hinsen，法国国家科学研究中心

背景
分子建模工具包（MMTK）是一个开源的Python库，专注于生物分子系统的分子建模和模拟，使用Python和C语言的混合编写。它提供了标准的技术，如分子动力学或正常模式计算的即用形式，但也提供了一个基础，可以在此基础上轻松实现新技术。

作者Konrad Hinsen于1996年开始开发MMTK。他有使用Fortran编写的主流生物分子模拟软件的经验，这些软件起源于20世纪70年代。这些软件使用起来过于笨重，特别是难以修改和扩展。由于他的研究工作集中在开发新的模拟技术，所以可修改性是一个特别重要的标准。

生物分子模拟的特征之一是某些模拟技术的执行时间很长（几周并不罕见），以及描述生物分子的数据结构复杂。在选择编程语言时，经过评估多种语言后，作者选择了Python和C语言的组合。他认为只有高级解释型语言和CPU高效的编译型语言的结合才能满足他对快速开发和高效执行的看似矛盾的要求。

对于高级部分，Tcl因为无法处理项目所需的复杂数据结构而被排除。Perl因其不悦目的语法（这当然是一个主观选择）以及其糟糕