网络药理学：autodock tool（mgltools）实现大分子蛋白（PDB ID已知）和小分子配体的分子对接（大黄素和食管癌为例）

前言

我们这里要复现的是一篇大黄素对食管癌的影响的论文。
大分子蛋白这里以ESR2蛋白为例，其PUB ID为7XVY。
小分子配体这里以大黄素emodin为例，其分子ID为MOL000472。
B站相关推荐视频如下：https://www.bilibili.com/video/BV1NK411i7No/
Autodock tools和autodock本身下载和注意事项这里并不涉及，后续会单独出一个博客讲解。
文章的快速实践命令总结位于：http://t.csdnimg.cn/hGanb

大分子蛋白准备

PDB数据库下载蛋白

不会操作的具体可见我的另一篇博客：http://t.csdnimg.cn/QDEAS

pymol前置处理

不会操作的具体可见我的另一篇博客：http://t.csdnimg.cn/i0vpE

Autodock tools前置处理

加载蛋白

打开Autodock tools，如果页面如下

即在Dashboard/Scenario/Tools这一行没有

那么就意味着你没有把adt.bat文件和Autodock4、Autogrid4两个文件放在一起。

注意Autodock tools不可以直接将pdb文件拖入中加载（也是很垃圾的一点……
选择File/Read Molecule后选择文件加载，如下：

加氢

选择Edit/Hydrogens/Add进行加氢，如下会弹出一个页面，直接选择YES即可。

然后是进一步的配置界面，也直接选择Yes即可。

计算总电荷

再选择Edit/Chargs/Compute Gasteiger，即可计算总电荷，如下：

指定原子类型

选择Edit–Atoms–Assign AD4 type，即可指定原子类型。

转为pdbqt文件

选择File/save/write PDBQT后出现如下。

直接点击OK，转为pdbqt格式

小分子配体准备（如果事先准备好了小分子的pdbqt文件，可以跳过）

加载配体

重新打开autodock tools软件，或者点击Edit/Delete/Delete All Molecules清空页面。

注意也是不能将小分子配体下载好的mol文件直接拖拽进autodock tools界面里的。
而是选择Grid/Input/Open（可能跳出弹窗，直接选择yes即可），加载成功如下：

选择并判断配体的 Root

选择Ligand > Torsion Tree > Choose Root”和“Ligand > Torsion Tree > Detect Root。

然后选择Ligand > Torsion Tree > Show Root Expansion，如下：

查看可旋转的键

选择Ligand > Torsion Tree > Choose Torsion，绿色的表示可以旋转，然后点击Done。

保存成PDBQT

点击Ligand—Output > Save as PDBQT即成功保存pdbqt文件
随后点击Edit/Delete/Delete All Molecules清空软件页面（页面留下绿色小球不影响后续操作）

Grid map准备

重新打开autodock tools软件，或者点击Edit/Delete/Delete All Molecules清空页面。

加载大分子蛋白和小分子配体

点击Grid > Macromolecule > Open，导入大分子蛋白的pdbqt文件，提示是否保留分子中的电荷，选择Yes（之后可能再次冒出两个提示的弹窗，全都选择Yes即可）

如果你是刚刚根据上文用autodock tools处理小分子配体为pdbqt格式文件的话，选择Grid > Set Map Types > Choose Ligand…导入小分子配体的pdbqt格式文件

如果你是之前就处理好了小分子配体的pdbqt格式文件的话，直接选择Grid > Set Map Types > Open Ligand…

最终页面如下（如果没看到小分子配体的话，可以旋转缩放一下界面，可能挡住了而已）：

移动小分子配体

点击Preference，选择取消Transf. Root Only后可以看到mouse transforms apply ...前面的勾也被取消了。

此时我们就可以鼠标右键选择小分子配体了，把小分子配体移动到合适的位置（即远离大分子蛋白一定的距离），如下：

然后我们把Transf. Root Only选项再勾上。

设置对接口袋

选择Grid > Grid Box…，打开Grid Options对话框。
鼠标中键滚轮可以调整x,y,z三维大小及Spacing（也就是前四个选项）
其中Spacing (angstrom)是整体缩放盒子大小的。
最终调整盒子大小和位置为完全包裹住大分子且不接触小分子配体（如果明确蛋白活性口袋位置，那么也可以只包裹住该位置），如下：

点击Grid Options弹窗的File > Close saving current退出。

保存GPF文件

选择Grid > Output > Save GPF...，文件名需要手动加上后缀名.gpf。
我一般文件名命名为蛋白质PUB ID_小分子配体MOL ID后四位.gpf的格式，譬如这里的7xvy_0472.gpf

运行Grid

1. 选择Run > Run AutoGrid，在Program Pathname框中选择atuogrid4.exe文件所在位置。注意：一定要自己选择一下，虽然这个窗口打开后这里默认有值autogrid4.exe！
2. Parameter Filename框中选择上一步生成的 .gpf 文件。注意：也是要自己选择一下，虽然窗口打开后这里默认有值！选中之后可以发现Log Filename也会检测到值。
3. 最后点击Launch。等待窗口的任务完成，弹窗会自动消失（需要一定时间），此时工作目录会多出一堆文件。

正式分子对接

点击Edit/Delete/Delete All Molecules清空软件页面。

加载大分子蛋白和小分子配体

1. 导入 Receptor（即大分子蛋白）：Docking > Macromolecule > Set Rigid Filename…（导入后页面没有什么变化是正常的）

2. 导入Ligand（即小分子配体）：
   同样的，如果你是刚刚根据上文用autodock tools处理小分子配体为pdbqt格式文件的话，选择Docking > Ligand > Choose...导入小分子配体的pdbqt格式文件
   如果你是之前就处理好了小分子配体的pdbqt格式文件的话，选择Docking > Ligand > Open...。选择后，对话框显示如下，选择Accept。
   

设置算法

一般算法选择：Docking > Search Parameters > Genetic Algorithm，默认设置，点击Accept。
但是如果你对于准确度要求不是很高，可以选择Docking > Search Parameters > Local Search Parameters，这样会快一些。

导出DPF文件

设置对接参数。ADT菜单栏：Docking > Docking Parameters…，默认设置，点击Accept。

保存算法：Docking > Output > Lamarckian GA (4.2)…。
（如果你在设置算法一步选择了Local Search Parameters，那么这里选择Local Search(4.2)）

注意文件名需要手动加上后缀名.dpf。
我一般文件名命名为蛋白质PUB ID_小分子配体MOL ID后四位.dpf的格式，譬如这里的7xvy_0472.dpf

运行Dock

运行：Run > Run AutoDock，和运行Grid一样的注意事项。
如下，点击Launch后等待弹窗的任务完成，弹窗会自动消失（会比运行Grid快一些），对接完成。

点击Edit/Delete/Delete All Molecules清空软件页面

结果分析

打开.dlg文件：Analyze > Dockings > Open...。（可能有warning弹窗，直接选择ok就好）

显示 Receptor大分子蛋白：Analyze > Macromolecule > Open...，显示窗口自动导入 Receptor。

查看分子对接结果：Analyze > Conformations > Play, ranked by energy...。

1. 查看第一个结合点位。因为是按照能量大小的绝对值来排序的，绝对值越大的放在越前面，说明分子对接的效果越好。所以一般我们看第一个就行了。
2. 点击倒数第二个图标显示Set Play Options面板
3. 点击Show Info图标显示Conformation 1 info面板。其中我们最关注的就是binding_energy的值，这里它= -7.71
4. 点击Build H-bonds图标显示Hydrogen Bonds面板
5. 点击Write Complex图标保存成pdbqt格式文件。需要加上.pdbqt后缀，我一般命名为7xvy_0472.pdbqt
   
   （图中数字表示第几步骤，箭头表示点击后显示什么面板。