前言
我们这里要复现的是一篇大黄素对食管癌的影响的论文。
大分子蛋白这里以ESR2
蛋白为例,其PUB ID
为7XVY
。
小分子配体这里以大黄素emodin
为例,其分子ID为MOL000472
。
B站相关推荐视频如下:https://www.bilibili.com/video/BV1NK411i7No/
Autodock tools和autodock本身下载和注意事项这里并不涉及,后续会单独出一个博客讲解。
文章的快速实践命令总结位于:http://t.csdnimg.cn/hGanb
大分子蛋白准备
PDB数据库下载蛋白
不会操作的具体可见我的另一篇博客:http://t.csdnimg.cn/QDEAS
pymol前置处理
不会操作的具体可见我的另一篇博客:http://t.csdnimg.cn/i0vpE
Autodock tools前置处理
加载蛋白
打开Autodock tools
,如果页面如下
即在Dashboard/Scenario/Tools
这一行没有
那么就意味着你没有把adt.bat
文件和Autodock4
、Autogrid4
两个文件放在一起。
注意Autodock tools
不可以直接将pdb
文件拖入中加载(也是很垃圾的一点……
选择File/Read Molecule
后选择文件加载,如下:
加氢
选择Edit/Hydrogens/Add
进行加氢,如下会弹出一个页面,直接选择YES
即可。
然后是进一步的配置界面,也直接选择Yes
即可。
计算总电荷
再选择Edit/Chargs/Compute Gasteiger
,即可计算总电荷,如下:
指定原子类型
选择Edit–Atoms–Assign AD4 type
,即可指定原子类型。
转为pdbqt文件
选择File/save/write PDBQT
后出现如下。
直接点击OK
,转为pdbqt
格式
小分子配体准备(如果事先准备好了小分子的pdbqt
文件,可以跳过)
加载配体
重新打开autodock tools
软件,或者点击Edit/Delete/Delete All Molecules
清空页面。
注意也是不能将小分子配体下载好的mol
文件直接拖拽进autodock tools
界面里的。
而是选择Grid/Input/Open
(可能跳出弹窗,直接选择yes
即可),加载成功如下:
选择并判断配体的 Root
选择Ligand > Torsion Tree > Choose Root”和“Ligand > Torsion Tree > Detect Root
。
然后选择Ligand > Torsion Tree > Show Root Expansion
,如下:
查看可旋转的键
选择Ligand > Torsion Tree > Choose Torsion
,绿色的表示可以旋转,然后点击Done
。
保存成PDBQT
点击Ligand—Output > Save as PDBQT
即成功保存pdbqt
文件
随后点击Edit/Delete/Delete All Molecules
清空软件页面(页面留下绿色小球不影响后续操作)
Grid map准备
重新打开autodock tools
软件,或者点击Edit/Delete/Delete All Molecules
清空页面。
加载大分子蛋白和小分子配体
点击Grid > Macromolecule > Open
,导入大分子蛋白的pdbqt
文件,提示是否保留分子中的电荷,选择Yes
(之后可能再次冒出两个提示的弹窗,全都选择Yes
即可)
如果你是刚刚根据上文用autodock tools
处理小分子配体为pdbqt
格式文件的话,选择Grid > Set Map Types > Choose Ligand…
导入小分子配体的pdbqt
格式文件
如果你是之前就处理好了小分子配体的pdbqt
格式文件的话,直接选择Grid > Set Map Types > Open Ligand…
最终页面如下(如果没看到小分子配体的话,可以旋转缩放一下界面,可能挡住了而已):
移动小分子配体
点击Preference
,选择取消Transf. Root Only
后可以看到mouse transforms apply ...
前面的勾也被取消了。
此时我们就可以鼠标右键选择小分子配体了,把小分子配体移动到合适的位置(即远离大分子蛋白一定的距离),如下:
然后我们把Transf. Root Only
选项再勾上。
设置对接口袋
选择Grid > Grid Box…
,打开Grid Options
对话框。
鼠标中键滚轮可以调整x,y,z
三维大小及Spacing
(也就是前四个选项)
其中Spacing (angstrom)
是整体缩放盒子大小的。
最终调整盒子大小和位置为完全包裹住大分子且不接触小分子配体(如果明确蛋白活性口袋位置,那么也可以只包裹住该位置),如下:
点击Grid Options
弹窗的File > Close saving current
退出。
保存GPF文件
选择Grid > Output > Save GPF...
,文件名需要手动加上后缀名.gpf
。
我一般文件名命名为蛋白质PUB ID_小分子配体MOL ID后四位.gpf
的格式,譬如这里的7xvy_0472.gpf
运行Grid
- 选择
Run > Run AutoGrid
,在Program Pathname
框中选择atuogrid4.exe
文件所在位置。注意:一定要自己选择一下,虽然这个窗口打开后这里默认有值autogrid4.exe
! Parameter Filename
框中选择上一步生成的.gpf
文件。注意:也是要自己选择一下,虽然窗口打开后这里默认有值!选中之后可以发现Log Filename
也会检测到值。- 最后点击
Launch
。等待窗口的任务完成,弹窗会自动消失(需要一定时间),此时工作目录会多出一堆文件。
正式分子对接
点击Edit/Delete/Delete All Molecules
清空软件页面。
加载大分子蛋白和小分子配体
-
导入
Receptor
(即大分子蛋白):Docking > Macromolecule > Set Rigid Filename…
(导入后页面没有什么变化是正常的) -
导入
Ligand
(即小分子配体):
同样的,如果你是刚刚根据上文用autodock tools
处理小分子配体为pdbqt
格式文件的话,选择Docking > Ligand > Choose...
导入小分子配体的pdbqt
格式文件
如果你是之前就处理好了小分子配体的pdbqt
格式文件的话,选择Docking > Ligand > Open...
。选择后,对话框显示如下,选择Accept
。
设置算法
一般算法选择:Docking > Search Parameters > Genetic Algorithm
,默认设置,点击Accept
。
但是如果你对于准确度要求不是很高,可以选择Docking > Search Parameters > Local Search Parameters
,这样会快一些。
导出DPF文件
设置对接参数。ADT菜单栏:Docking > Docking Parameters…
,默认设置,点击Accept
。
保存算法:Docking > Output > Lamarckian GA (4.2)…
。
(如果你在设置算法
一步选择了Local Search Parameters
,那么这里选择Local Search(4.2)
)
注意文件名需要手动加上后缀名.dpf
。
我一般文件名命名为蛋白质PUB ID_小分子配体MOL ID后四位.dpf
的格式,譬如这里的7xvy_0472.dpf
运行Dock
运行:Run > Run AutoDock
,和运行Grid
一样的注意事项。
如下,点击Launch
后等待弹窗的任务完成,弹窗会自动消失(会比运行Grid
快一些),对接完成。
点击Edit/Delete/Delete All Molecules
清空软件页面
结果分析
打开.dlg
文件:Analyze > Dockings > Open...
。(可能有warning
弹窗,直接选择ok
就好)
显示 Receptor
大分子蛋白:Analyze > Macromolecule > Open...
,显示窗口自动导入 Receptor
。
查看分子对接结果:Analyze > Conformations > Play, ranked by energy...
。
- 查看第一个结合点位。因为是按照能量大小的绝对值来排序的,绝对值越大的放在越前面,说明分子对接的效果越好。所以一般我们看第一个就行了。
- 点击倒数第二个图标显示
Set Play Options
面板 - 点击
Show Info
图标显示Conformation 1 info
面板。其中我们最关注的就是binding_energy的值,这里它= -7.71 - 点击
Build H-bonds
图标显示Hydrogen Bonds
面板 - 点击
Write Complex
图标保存成pdbqt
格式文件。需要加上.pdbqt
后缀,我一般命名为7xvy_0472.pdbqt
(图中数字表示第几步骤,箭头表示点击后显示什么面板。