vcftools常用命令

vcftools 是处理VCF文件的工具，服务于1000G计划，用于VCF的统计、变异位点的过滤等，功能强大。废话少说，直接上命令。

# filter chr1:1000-2000 > new.vcf; 

vcftools --gzvcf input_data.vcf.gz --chr 1 --from-bp 1000 --to-bp 2000 --recode --recode-INFO-all --out out_prefix #如果没有--recode 则不输出; 文件为out_prefix.recode.vcf

# filter in specific region

vcftools --gzvcf input_data.vcf.gz --bed <bed> --recode --out <out_prefix>

# filter chr1:1000-2000, 输出人群频率，不是个体的VAF

vcftools --gzvcf input_data.vcf.gz --freq --chr 1 --from-bp 1000 --to-bp 2000 --out <out_prefix>

# filter specific snp

vcftoo