vcftools常用命令

vcftools 是处理VCF文件的工具，服务于1000G计划，用于VCF的统计、变异位点的过滤等，功能强大。废话少说，直接上命令。

# filter chr1:1000-2000 > new.vcf; 

vcftools --gzvcf input_data.vcf.gz --chr 1 --from-bp 1000 --to-bp 2000 --recode --recode-INFO-all --out out_prefix #如果没有--recode 则不输出; 文件为out_prefix.recode.vcf

# filter in specific region

vcftools --gzvcf input_data.vcf.gz --bed <bed> --recode --out <out_prefix>

# filter chr1:1000-2000, 输出人群频率，不是个体的VAF

vcftools --gzvcf input_data.vcf.gz --freq --chr 1 --from-bp 1000 --to-bp 2000 --out <out_prefix>

# filter specific snp

vcftools --gzvcf input_data.vcf.gz --snps <snp.list> --out <out_prefix> 

vcftools --gzvcf input_data.vcf.gz --snp rs001 --snp rs002 --out <out_prefix>

# filter allele freq

vcftools --gzvcf input_data.vcf.gz --min-alleles <interger> --minQ <float> --minDP <float> 

# output alleles statitstics

--freq # out_prefix.frq; 

--counts # out_prefix.frq.count

--depth # out_prefix.idepth, mean depth per individual 

--site-depth # out_prefix.ldepth, the sum of depth across all individuals per site

--site-mean-depth # out_prefix.ldepth.mean, the mean of depth accross all individuals per site

--geno-depth # extract the DP

# transition, transversion statistics

--TsTv # out_prefix.TsTv 

--TsTv-summary # out_prefix.TsTv.summary 

# extract from INFO of vcf

vcftools --vcf input_data.vcf --get-INFO NS --get-INFO DB 

# output vcf

vcftools --vcf input_data.vcf --recode-INFO DB 

# min-meanDP : overall individual ; min-DP: per specific individual; 

vcftools --vcf input_data.vcf --min-meanDP <10>  --minQ <> --minGQ <> --minDP <>

# compare of vcf

vcftools --vcf input_data_1.vcf --diff input_data_2.vcf  # out_prefix.