运行说明
bug1
我们在DeepGS 1.0版中测试了示例(**train_GSModel**
),发现它可以成功获得。
信息如下:
加载所需的命名空间:**mxnet**
加载所需的包:mxnet
[1]“图像大小等于原始的snp编号”
用1个设备开始训练
[1] Train-mae = 0.810270227050409
[2] Train-mae = 0.808830445028143
PC中的错误消息可能是由于您的mxnet未成功安装。
请确保您可以运行短MXNetR例子(https://mxnet.incubator.apache.org/install/index.html):
库(mxnet)
一< - mx.nd.ones(C(2,3) ,ctx = mx.gpu())
b < - a * 2 + 1
b
如果您无法尝试该示例,那么您可以尝试使用以下代码链接您的libmxnet.so
sudo ldconfig / usr / local / cuda / lib64 /
如果您可以运行该示例,那么您可以尝试我们更新的DeepGS版本1.1。
运行**train_deepGSModel
**中的示例,您可能得到以下信息:
加载所需的命名空间:mxnet
加载所需的包:mxnet
开始使用1个设备进行培训
[1] Train-mae = 0.805358654037991
[1] Validation-mae = 0.82273542326875
[2] Train -mae = 0.804309009046412
[2] Validation-mae = 0.823836773245906
如果您仍然无法在上述步骤后运行我们的DeepGS,请上传错误消息,我们将讨论如何解决它。
bug2
请确保您在DeepGS 1.1版的train_deepGSModel中尝试了我们的示例:
库(DeepGS)
数据(wheat_example)
标记< - wheat_example $ Markers
y < - wheat_example $ y
cvSampleList < - cvSampleIndex(length(y),10,1)
cvIdx < - 1
trainIdx < - cvSampleList [[cvIdx]] $ trainIdx
testIdx < - cvSampleList [[cvIdx]] $ testIdx
trainMat < - Markers [trainIdx,]
trainPheno < - y [trainIdx]
validIdx < - sample(1:length( trainIdx),floor(length(trainIdx)0.1))
validMat < - trainMat [validIdx,]
validPheno < - trainPheno [validIdx]
trainMat < - trainMat [-validIdx,]
trainPheno < - trainPheno [-validIdx]
conv_kernel < - c(“ 118“)##卷积内核(
filete