--系统进化树-原理介绍及软件使用--
引自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101l3ai.html
什么叫系统进化?
系统发生分析一般是建立在分子钟基础上的。分子钟:分子序列进化是按照一恒定速率进行的,所以积累突变的数量和进化时间成一定比例,基于这个假说,发生树上的树枝长度可以用来估算基因分离的时间。
什么叫系统进化树(Phyligenetic tree)?
系统进化树是对多序列比对(MSA)结果以树形图形式的一个呈现,对于研究进化关系有很大的帮助,通过进化树分析我们也可以关键功能基因和蛋白得出一些假说。
如上图所示,进化树可以有不同的表示形式
上图很好的反映了进化树构建的依据:1,随着物种进化的演绎,进化水平越相近的物种他们的序列越接近;2如果是由同一个物种演化过来的,分化出来的不同物种会保留共同祖先的印记,这是区别于其他的祖先的。
系统进化树分有根(rooted)和无根(unrooted)树。有根树(归于一个节点)反映了树上物种或基因的时间顺序,而无根树只反映分类单元之间的距离而不涉及谁是谁的祖先问题。
进化树的构建
进化树的构建大体要分为3步:序列的比对,建树,然后验证。
1,序列的比对:做ALIGNMENT的软件很多,最经常使用的有CLUSTALX和CLUSTALW
2,构建进化树有两种基本的方法:独立元素法(discrete character methods)和距离法(distance methods),基于距离的构建方法UPGMA(Unweighted pair group method with arithmetic mean