如何用mega11进行进化树分析
1.安装mega11
这个比较简单,我就不细说了
2.使用步骤
2.1:打开mega11后,如果你要做进化树分析,切记,右下角选择ANALYZE
2.2
选择Edit 菜单下的Insert Sequence From File
**
2.3
Creat a new alignment
2.4
根据实际情况选择DNA或者protein,这里我们选择protein
2.5
可以把一些对的不整齐的删除掉
2.6
序列比对,选择Ailgn by ClustalW
2.7
序列比对,参数按照默认就行
2.8
导出为Mega Format,然后将当前的页面关闭
2.9
选择data菜单中的open a File/Session
2.10
总共有三种方法,分别是邻接法,最大似然法,最小进化法,这里我选择邻接法
2.11
bootstrap replicaitons设置为1000
number of threads自己根据实际情况自己设置
2.12
导出为nwk格式
2.13
2.14
另存为nwk格式