【学习笔记】山东大学生物信息学-03 分子进化与系统发生

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三、分子进化与系统发生

3.1 基本概念

分子进化

• 分子进化：利用利用软件，从分子水平上 (DNA\、RNA、蛋白质序列） 构建各种生物间的系统发生树。准确度依赖软件的优劣及参数的设置。
• 美国人 Linus Dauling 于 1964 年提出了分子进化的理论。在分子水平上 (DNA、RNA 或蛋白质序列）而不是基于物种的外在特征，来研究进化过程。
• 基于某一个特定的分子在不同物种中的序列差异来构建系统发生树。
• 基本假设：
  (1) DNA、RNA 或蛋白质序列包含了物种的所有进化史信息；
  (2) 分子钟理论: 一个特定蛋白质的进化变异的速度在不同物种中是基本恒定的。即两个蛋白质的序列越相近，他们距离共同祖先就越近。

同源

• 同源 Homologs：来源于共同祖先的相似的序列为同源序列。
• 相似序列并不一定是同源序列。

1. 直系同源 Orthologs：来自于不同物种的，由垂直家系（物种形成）进化而来的基因。并且典型的保留了与原始基因相同的功能。
2. 旁系同源 Paralogs：在同一物种中的来源于基因复制的基因，可能会进化出新的与原来有关的功能。
3. 异同源 Xenologs：通过水平基因转移， 来源于共生或病毒侵染所产生的相似基因。