生物信息常用网站(数据库)

生物信息常用网站

核酸数据库

NCBI（国家生物技术信息中心：National Center for Biotechnology Information）：NCBI设置有与生物技术和生物医学相关的一系列数据库，是生物信息学工具和服务的重要资源。 主要数据库包括DNA序列GenBank，和生物医学文献书目数据库PubMed。 其他数据库包括NCBI表观基因组数据库。这个网站无论是下数据还是查文献都很方便。

数据库：GenBank

官网：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

EMBL（欧洲分子生物学实验室：European Molecular Biology Laboratory）EMBL核酸数序列数据库由欧洲生物信息学研究所（EBI）维护的核酸序列数据构成，由于与GenBank和DDBJ的数据合作交换，它也是一个全面的核酸序列数据库。

数据库：EBI

官网：https://www.ebi.ac.uk/

DDBJ（日本DNA数据库：DNA Data Bank of Japan）是日本国立遗传学研究所建造的DNA核酸序列的序列数据库与EMBL（EBI）和NCBI（GenBank）交换数据。因此，这三大国际数据库在任何时间都有相同数据。

数据库：DDBJ

官网：https://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html

CNGB（中国国家数据库：China National GeneBank）中国的基因数据库，位于深圳大鹏新区。

官网：https://db.cngb.org/

蛋白数据库

PDB（蛋白质数据库：Protein Data Bank）是一个专门收录蛋白质及核酸的三维结构资料的数据库。

官网：https://www.rcsb.org/

UniProt是一个全面的，高质量的，免费使用的蛋白质序列与功能信息数据库，许多内容来自基因组计划，它还包含了大量来自研究文献的关于蛋白的生物学功能信息。除蛋白质序列数据外，还包括大量注释信息。

官网：https://www.uniprot.org/

PDBj（日本蛋白质结构数据：Protein Data Bank Japan）

官网：https://pdbj.org/

HPA（人类蛋白质图谱：Human protein atlas）收录了大量蛋白质信息，是基于蛋白组学,转录组学以及系统生物学数据，可以绘制组织、细胞、器官等图谱。不仅收录了肿瘤组织，也涵盖了正常组织的蛋白表达情况，而且还可以查阅肿瘤患者的生存曲线。

官网：http://www.proteinatlas.org/

下载基因组及注释信息的网站

Ensembl基因组浏览器，知名基因组浏览器。有很全的物种基因组序列，并收录了多种比对工具。

官网：https://uswest.ensembl.org/index.html

UCSC基因组浏览器，是一个交互式网站，可以访问来自各种脊椎动物和无脊椎动物物种以及主要模式生物的基因组序列数据，并集成了大量对齐注释。

官网：http://genome.ucsc.edu/

TCGA（癌症基因图谱计划：The Cancer Genome Atlas Program）是目前最大的癌症基因信息数据库。收录癌症类型众多，多组学数据也非常丰富。

官网：https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/research/structural-genomics/tcga