R/BioC序列处理之四：BSgenome简介

最新推荐文章于 2024-07-15 18:59:14 发布

金子哦

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分类专栏： BioConductor

本文链接：https://blog.csdn.net/u014801157/article/details/24372467

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本文介绍了BSgenome包及其在序列处理中的作用，包括BSgenome数据包的内容和提供的处理方法。详细讲解了如何利用BSgenome对象，以及处理函数、排除染色体、简化输出、掩膜应用等关键操作。

摘要由CSDN通过智能技术生成

一、BSgenome和BSgenome数据包

Bioconductor提供了某些物种的全基因组序列数据包，这些数据包是基于Biostrings构建的，称为BSgenome数据包。不同物种的BSgenome数据包都有类似的数据结构，可以用统一的方式进行处理。但是BSgenome数据包仅包含有数据，它们的处理的方法由另外一个软件包提供，即BSgenome包。
先安装BSgenome包（如果没有安装）：

library(BiocInstaller)
biocLite("BSgenome")

载入BSgenome包，并查看当前版本提供的BSgenome数据包：

library(BSgenome)
(ag <- available.genomes())

##  [1] "BSgenome.Alyrata.JGI.v1"              
##  [2] "BSgenome.Amellifera.BeeBase.assembly4"
##  [3] "BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2"     
##  [4] "BSgenome.Athaliana.TAIR.04232008"     
##  [5] "BSgenome.Athaliana.TAIR.TAIR9"        
##  [6] "BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau3"        
##  [7] "BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau4"        
##  [8] "BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau6"        
##  [9] "BSgenome.Celegans.UCSC.ce10"          
## [10] "BSgenome.Celegans.UCSC.ce2"           
## [11] "BSgenome.Celegans.UCSC.ce6"           
## [12] "BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam2"    
## [13] "BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam3"    
## [14] "BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm2"      
## [15] "BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3"      
## [16] "BSgenome.Drerio.UCSC.danRer5"         
## [17] "BSgenome.Drerio.UCSC.danRer6"         
## [18] "BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7"         
## [19] "BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805"         
## [20] "BSgenome.Gaculeatus.UCSC.gasAcu1"     
## [21] "BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal3"        
## [22] "BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4"        
## [23] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17"          
## [24] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18"          
## [25] "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19"          
## [26] "BSgenome.Mmulatta.UCSC.rheMac2"       
## [27] "BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10"         
## [28] "BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm8"          
## [29] "BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9"          
## [30] "BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro2"   
## [31] "BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro3"   
## [32] "BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn4"        
## [33] "BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn5"        
## [34] "BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer1"    
## [35] "BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer2"    
## [36] "BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3"    
## [37] "BSgenome.Tgondii.ToxoDB.7.0"