pybel是一种常用的python库,提供化学信息学常用的功能,如转换SMILE编码,生成化学结构式,使用某种力场、算法进行初步结构优化,计算fingerprints等。
1. 安装
a. 首先安装openbabel (http://openbabel.org/docs/2.3.1/Installation/install.html)
如果是windows下,直接下载安装包http://sourceforge.net/projects/openbabel/files/openbabel/2.3.1/OpenBabel2.3.1_Windows_Installer.exe/download
如果是linux下,下载源码编译,见压缩包内介绍。需要使用cmake,如果系统没有,要事先安装。在编译时指明激活python库接口:
configure --prefix=/usr/local
cmake -DPYTHON_BINDINGS=ON -DCMAKE_BUILD_TYPE=DEBUG
make && make install
b. 安装pybel库