使用mafft+IQtree+iTOL绘制进化树（仅做笔记用，不定期更新）

配置iqtree环境

conda create -n iqtree

激活iqtree环境

conda activate iqtree

下载iqtree软件

conda install iqtree

下载比对软件mafft

conda install mafft

如果不做对比，IQtree貌似会报错：

ERROR: Sequence XXXXX contains not enough/too many characters (XXX)

因此在运行文件夹下放置待比对的.fasta格式文件（如all.fasta），使用mafft比对，生成all.fasta.mafft文件

mafft --auto all.fasta >all.fasta.mafft

FASTA文件格式，每个>代表一个新样本的开始，一个FASTA文件中可以有多个>

第1行	>名称（>号+物种/基因/自定义的名称）
第2至N行	ATCGATCG……（待比对序列，可以有1行或多行，不影响比对）
第N+1行	>名称（>号+物种/基因/自定义的名称）
第N+2至M行	ATCGATCG……（待比对序列，可以有1行或多行，不影响比对）
……	………………………………………………

使用iqtree完成进化树绘制，iqtree使用的是ML法（最大似然法）？

iqtree -s all.fasta.mafft -bb 1000 -redo -alrt 1000 -m MFP -nt AUTO -o Homosapiens -pre /root/Phylogenetic_trees/iqtree1

-s	选择待建树文件	all.fasta.maftt
-bb	进化树超快自展次数	至少1000次，Ultrasfast bootstrap(超快bootstrap法)
-redo	覆盖之前运行成功后已经生成的文件
-alrt	是否启用SH-aLRT检验	≥1000，检验树的拓扑结构可信度，推荐大数据运算时使用
-m	指定模型选项	MFP(ModeFinder Plus)，自动默认
-nt	线程数	AUTO，自动检查合适的线程数，也可手动输入数量
-o	指定外群?	示例指定为Homosapiens，须为FASTA文件第一行'>'后面的名称
-pre	设置输出文件存放的特定前缀和路径	/root/Phylogenetic_trees/iqtree1，在/root/Phylogenetic_trees/路径下生成结果文件，文件名称均为iqtree1.XXX

运行完成会在指定文件夹下生成一堆结果文件，将其中的.treefile文件用iTOL在线打开。（示例为iqtree1.treefile）

官网链接：iTOL: Interactive Tree Of Life

上传iqtree1.treefile，即可将iqtree绘制完成的进化树可视化，并做美化调整。