实验篇——理化性质与亚细胞定位

实验篇——理化性质与亚细胞定位

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前言

参考 : https://www.jianshu.com/p/6453d74c275b

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一、理化性质分析

1. 名词解释

理化性质分析是蛋白质分析的基本层面，通常包括以下几个方面：

1. 氨基酸组成：确定蛋白质中的各种氨基酸种类和它们的相对数量。

2. 分 子 量 （ Molecular weight ）：也称为相对分子质量，指蛋白质分子的质量。它通常以Dalton（Da）为单位表示，可以通过氨基酸序列计算得出。

3. 等电点（PI）：指蛋白质在特定条件下具有中性电荷的pH值。在等电点时，蛋白质的正电荷和负电荷总量相等，不带净电荷。

4. 不稳定指数（Instability Index）：蛋白质的不稳定性指数，该指数越高，表示蛋白质越不稳定。

5. 脂肪族指数（Aliphatic Index）：描述蛋白质中非极性氨基酸（如Ala、ILe等）的丰度和相对含量，用于评估蛋白质的溶解性和疏水性。

6. 亲疏水性（GRAVY）：代表蛋白质分子中亲水性和疏水性氨基酸的相对比例，该值越低表示蛋白质越疏水。

2. 实操

使用TBtools软件的"Protein Paramter Calc" 程序
打开TBtools软件后，点击"Others"，再点击"Phylogenetics",最后再点击"Protein Paramter Calc" 程序

得出文件示例：

表格中每一列代表：

1. Sequence ID（序列ID）

2. Number of Amino Acid（氨基酸数量）

3. Molecular Weight（分子量）

4. Theoretical pI（理论等电点）

5. Instability Index（不稳定指数）

6. Aliphatic Index（脂肪族指数）

7. Grand Average of Hydropathicity（平均疏水性指数）

二、亚细胞定位

1. 名词解释

亚细胞定位指的是确定某种蛋白质或基因表达产物在细胞内的具体位置。
通过确定蛋白质在细胞的具体位置，可以了解其在细胞中的功能和相互作用。

常见的亚细胞定位包括细胞膜、细胞质、细胞核以及其他各种细胞器和亚细胞结构

2. 实操

使用 “Cell-PLoc 2.0”（一个快速预测蛋白质的亚细胞定位的网站）

网站地址：http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/Cell-PLoc-2/

1. 打开网站

这个网站包含了许多对于不同蛋白的亚细胞定位预测的预测模型。

1. 如**“Euk-mPLoc 2.0”**：用于预测真核生物蛋白质的亚细胞定位
2. 如 “Virus-mpLoc” ：用于预测病毒蛋白在宿主细胞中的亚细胞定位

…

2. Euk-mPLoc 2.0

假设我们要预测 真核生物蛋白质，
点击进入" Euk-mPLoc 2.0" 系统。

可以尝试点击"Example",通过示例数据来进行执行；或者可以点击 " Read Me" 来了解相关介绍

3. 得到预测结果

按要求输入完蛋白质序列后，点击"Submit"

可以看出预测的亚细胞定位为"Chloroplast"，即叶绿体。

补充：

点击 " Read Me" 来了解相关介绍

似乎在这个网站中，只能一个一个的将AA序列放入，不能批量处理。
可以参考我的另外一篇文章，（介绍了多个网站以及代码实现）：

亚细胞定位

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总结

本文总结了一下在基因家族鉴定中的理化性质分析以及亚细胞定位。分别用到了TBtools软件以及"Cell-PLoc 2.0"网站。

天上白玉京，十二楼五城

–2023-8-7 实验篇