认识 Markdown 和 R Markdown

下面内容摘录自《用R探索医药数据科学》专栏文章的部分内容。栏目后续章节的文章将深入概括R语言在临床研究和新药创新领域的应用,填补了国内R教材中尚未广泛覆盖的部分内容。

2章8节:一文学会 R Markdown 的文档核心操作,切记文末有R资源的分享_r markdown文件(.rmd)-CSDN博客文章浏览阅读426次。R Markdown 是一种广泛使用的工具,可以帮助数据科学家、统计学家和研究人员创建动态和交互式的报告。它结合了 R 语言的强大数据处理和分析能力,以及 Markdown 的简洁易用的文本格式,使得创建专业和美观的报告变得更加简单和高效。一文让你入门 Markdown !_r markdown文件(.rmd)https://blog.csdn.net/2301_79425796/article/details/140660144

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.......前面部分请点击上面链接看原文(原文6872字)

一、什么是 R Markdown?

R Markdown 是 R 语言环境中提供的 markdown 编辑工具,运用 R Markdown 撰写文章,既可以像一般的 markdown 编辑器一样编辑文本,也可以在 R Markdown 中插入代码块,并将代码运行结果输出在 markdown 里。R Markdown 格式,简称为 Rmd 格式, 相应的源文件扩展名为 .Rmd。输出格式可以是 HTML、docx、pdf、beamer 等。

1、认识 Markdown

Markdown 是由 John Gruber 于 2004 年创建的一种轻量级标记语言,如今已成为世界上最流行的标记语言之一。Markdown 的开发受到了早期电子邮件和 Usenet 帖子中标记纯文本的现有惯例的启发,例如 setext、Textile 和 reStructuredText。Gruber 和 Swartz 的目标是创建一种标记语言,使其在源代码形式下也易于阅读,不像 RTF、HTML 或 wikitext 等较重的标记语言那样包含明显的标签和格式指令。

下表对比了 Markdown 和 Word 在特点和用途上的差异:

R MarkdownWord

可读书写

高,文档源代码形式易于阅读,不像 HTML 等语言有明显标签和格式指令中,源代码不可读,需使用专用软件
文件格式纯文本格式,通常以 .md 或 .Rmd 扩展名保存专有二进制格式,以 .doc 或 .docx 保存
灵活性高,能轻松转换为 HTML、PDF、Word 等多种格式低,转换为其他格式时需使用专门工具
应用范围广泛,用于博客写作、即时消息、在线论坛、协作软件、文档页面、自述文件等广泛,用于文档创作、报告、论文等
语法简洁高,使用 # 表示标题,* 或 _ 表示斜体和粗体等低,需使用复杂的菜单和工具栏
跨平台高,支持 macOS、Windows、Linux、iOS 和 Android 操作系统中,主要支持 macOS 和 Windows
网页友好高,专为网络写作设计,可轻松创建网站内容低,需额外工具转换为网页格式
版本控制高,纯文本格式,非常适合用 Git 等版本控制系统管理低,二进制格式,不易版本控制
学习曲线低,简单易用且功能强大中,功能多样但较为复杂
适合用户开发者、作家和内容创作者等商业用户、学术研究者等
创作效率高,支持自动化生成和复用中,需手动编辑和格式调整

2、认识 R Markdown

R Markdown是基于Markdown的扩展,旨在使数据分析和报告生成更加便捷。R Markdown不仅保留了Markdown的所有优点,还增加了与R语言无缝集成的功能。通过R Markdown,用户可以在一个文档中编写代码、运行代码并展示结果,使得数据分析流程更加直观和高效。

R Markdown特别适用于以下场景:

  • 数据分析报告:将数据分析过程与结果展示集成在一个文档中,便于共享和复现。
  • 学术论文:许多学术期刊接受R Markdown格式的投稿。
  • 教学材料:通过R Markdown编写教学文档,结合代码示例和解释说明,有助于学生理解。
Markdown与R Markdown的对比
功能MarkdownR Markdown
文本格式化
嵌入代码
动态文档生成
输出格式HTML、PDF、Word等HTML、PDF、Word等
交互性

在临床数据分析工作中,常常需要把数据置入模型以得出相关结论。一般而言,需完整经历从数据收集、数据清理、数据可视化、建模,直至最后编写报告或制作演示文稿的工作流程。由于RStudio 能够将 R 代码嵌入到 Markdown 格式文件中,从而动态生成研究报告,这种格式被称作 R Markdown 格式,简称为 Rmd 格式,相应的源文件扩展名是“.Rmd”。该报告能够编译并输出为其他多种格式,如 HTML、docx、pdf、beamer 等数十种格式。

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在这里,你学到的并非仅仅是 R 的某一个技巧,而是能够从零开始,深入且系统地学习 R 语言。此外,本专栏每周至少定期更新三篇文章,每篇文章篇幅均在 5000 字以上,质量平均分更是高达 93 分。而且,对于已经发表的知识点,我们也会根据新的技术或理解及时进行更新,这是纸质版图书无法做到的。为了让更多的忠实粉丝和同学们享受到实惠,本专栏采用折扣定价策略。随着章节的不断完成,折扣力度会逐渐减小。所以,现在正是订阅的最佳时机!

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第一章:认识数据科学和R

1章1节:数据科学的发展历程,何 R 备受青睐及我们专栏的独特之处(更新20240822)-CSDN博客

1章2节:关于人工智能、机器学习、统计学连和机器学习、R 与 ChatGPT 的探究 (更新20240814)-CSDN博客

1章3节:R 语言的产生与发展轨迹(更新2024/08/14)-CSDN博客

1章4节:数据可视化, R 语言的静态绘图和 Shiny 的交互可视化演示(更新20240814)-CSDN博客

第二章:R的安装和数据读取

2章1节:R和RStudio的下载和安装(Windows 和 Mac)_rst语言选择哪个镜像-CSDN博客

2章2节:RStudio 四大区应用全解,兼谈 R 的代码规范与相关文件展示_rstudio的console和terminal-CSDN博客

2章3节:RStudio的高效使用技巧,自定义RStudio环境(更新20240823)_rstudio如何使用-CSDN博客

2章4节:用RStudio做项目管理,静态图和动态图的演示,感受ggplot2的魅力-CSDN博客

2章5节:认识和安装R的扩展包,什么是模糊搜索安装,工作目录和空间的区别与设置(​​​​​​​更新20240807 )-CSDN博客

2章6节:R的数据集读取和利用,如何高效地直接复制黏贴数据到R(​​​​​​​更新20240807 )_r语言 复制数据集-CSDN博客

2章7节:读写RDS,CSV,TXT,Excel,SPSS、SAS、Stata、Minitab等的数据文件(更新20240807)_r语言读取rds文件-CSDN博客

2章8节:一文学会 R Markdown 的文档核心操作,切记文末有R资源的分享_r markdown文件(.rmd)-CSDN博客

2章9节:认识R与数据库连接和网络爬虫,学会在R中使用SQL语言_sql和r语言-CSDN博客

2章10节:用 R 直接下载并分析 NHANES 数据库的数据,文末示例自创便捷下载函数(更新20240807)_nhanes数据分析-CSDN博客

第三章:认识数据

3章1节:数据的基本概念以及 R 中的数据结构、向量与矩阵的创建及运算-CSDN博客

3章2节:继续讲R的数据结构,数组、数据框和列表-CSDN博客

3章3节:R的赋值操作与算术运算_r里面的赋值-CSDN博客

3章4节:R的逻辑运算和矩阵运算-CSDN博客

3章5节:R 语言的循环与遍历函数全解析-CSDN博客

第四章:数据的预处理

4章1节:全面了解 R 中的数据预处理,通过 R 基本函数实施数据查阅_r数据预处理-CSDN博客

4章2节:从排序到分组和筛选,通过 R 的 dplyr 扩展包来操作-CSDN博客

4章3节:处理医学类原始数据的重要技巧,R语言中的宽长数据转换,tidyr包的使用指南-CSDN博客

4章4节:临床数据科学中如何用R来进行缺失值的处理_临床生存分析缺失值r语言-CSDN博客

4章5节:数据科学中的缺失值的处理,删除和填补的选择,K最近邻填补法-CSDN博客

4章6节:R的多重填补法中随机回归填补法的应用,MICE包的实际应用和统计与可视化评估-CSDN博客

4章7节:用R做数据重塑,数据去重和数据的匹配-CSDN博客

4章8节:用R做数据重塑,行列命名和数据类型转换-CSDN博客

4章9节:用R做数据重塑,增加变量和赋值修改,和mutate()函数的复杂用法_r语言如何在数据集中添加变量-CSDN博客

4章10节:用R做数据重塑,变体函数应用详解和可视化的数据预处理介绍-CSDN博客

4章11节:用R做数据重塑,数据的特征缩放和特征可视化-CSDN博客

4章12节:R语言中字符串的处理,正则表达式的基础要点和特殊字符-CSDN博客

4章13节:R语言中Stringr扩展包进行字符串的查阅、大小转换和排序-CSDN博客

4章14节:R语言中字符串的处理,提取替换,分割连接和填充插值_r语言替换字符串-CSDN博客

4章15节:字符串处理,提取匹配的相关操作扩展,和Stringr包不同函数的重点介绍和举例-CSDN博客

4章16节:R 语言中日期时间数据的关键处理要点_r语言 时刻数据-CSDN博客

第五章:定量数据的统计描述

5章1节:用R语言进行定量数据的统计描述,文末有众数的自定义函数-CSDN博客

5章2节:离散趋势的描述,文末1个简单函数同时搞定20个结果-CSDN博客

5章3节:在R语言中,从实际应用的角度认识假设检验-CSDN博客

5章4节:从R语言的角度认识正态分布与正态性检验-CSDN博客

5章5节:认识方差和方差齐性检验(三种方法全覆盖)-CSDN博客

5章6节:R语言中的t检验,独立样本的t检验-CSDN博客

5章7节:单样本t检验和配对t检验-CSDN博客

5章8节:方差分析(ANOVA)及其应用-CSDN博客

5章9节:组间差异的非参数检验,Wilcoxon秩和检验和Kruskal-Wallis检验-CSDN博客

第六章:定性数据的统计描述 

6章1节:定性数据的统计描述之列联表,文末有优势比计算介绍-CSDN博客

6章2节:认识birthwt数据集,EpiDisplay和Gmodels扩展包的应用-CSDN博客

6章3节:独立性检验,卡方检验,费希尔精确概率检验和Cochran-Mantel-Haenszel检验-CSDN博客​​​​​​​

6章4节:相关关系和连续型变量的Pearson相关分析-CSDN博客​​​​​​​

6章5节:分类型变量的Spearman相关分析,偏相关分析和相关图分析-CSDN博客

6章6节:相关图的GGally扩展包,和制表的Tableone扩展包-CSDN博客​​​​​​​

第七章:R的传统绘图

​​​​​​​7章1节:认识R的传统绘图系统,深度解析plot()函数和par()函数的使用-CSDN博客

7章2节:R基础绘图之散点图、直方图和概率密度图-CSDN博客

7章3节:R基础绘图之条形图和堆积条形图-CSDN博客

7章4节:饼图,箱线图和克利夫兰点图-CSDN博客

7章5节:散点矩阵图,与小提琴图、Cleveland 点图、马赛克图和等高图-CSDN博客

7章6节:用R进行图形的保存与导出,详细的高级图形输出,一文囊括大多数保存的各种问题,和如何批量保存不同情况的图形-CSDN博客

第八章:R的进阶绘图

8章1节:认识 ggplot2 扩展包,深度解析 qplot() 函数的使用-CSDN博客

 8章2节:深度讲解 ggplot2 的绘图步骤,理解其核心逻辑, 和 ggplot()函数-CSDN博客

 8章3节:用R来绘制医学地理图,文末有具体完整代码-CSDN博客

 8章4节:维恩图的认识与应用,和使用UpSet图-CSDN博客

 8章5节:用R绘制平行坐标图-CSDN博客​​​​​​​

8章6节:雷达图及RadViz图-CSDN博客

8章7节:词云图,矩形树状图和三维散点图-CSDN博客

 ​​​​​​​8章8节:绘制自定义的高质量动态图和交互式动态图-CSDN博客

第九章:临床试验的统计

9章1节:初步认识临床试验(约7500字)-CSDN博客

9章2节:样本量估计的初步介绍-CSDN博客

9章3节:用R进行样本量估计的统计学参数-CSDN博客

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