8+纯生信，多组机器学习+分型探讨黑色素瘤发文思路。

最新推荐文章于 2024-09-05 16:51:26 发布

生信风暴

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文章标签：零知识证明

本文链接：https://blog.csdn.net/2301_79430545/article/details/133746179

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该研究通过分析TCGA和GEO数据库中的黑色素瘤样本，探讨了免疫原性细胞死亡（ICD）相关基因在黑色素瘤中的作用。通过NMF聚类识别出两种黑色素瘤亚型，发现不同亚型的免疫微环境、生存率及基因表达差异。构建的ICDRS（基于GBP2、THBS4和APOBEC3G）显示了良好的预后价值，并与免疫细胞浸润、免疫检查点基因表达及通路活性相关，为黑色素瘤的预后评估和个性化治疗提供依据。

摘要由CSDN通过智能技术生成

今天给同学们分享一篇泛癌+多组机器学习+分型的生信文章“Comprehensive characterisation of immunogenic cell death in melanoma revealing the association with prognosis and tumor immune microenvironment”，这篇文章于2022年9月23日发表在Front Immunol 期刊上，影响因子为8.786。

越来越多的证据突出了免疫原性细胞死亡（ICD）在许多肿瘤中的关键功能。然而，利用ICD治疗黑色素瘤的可能性和机制仍未得到很好的研究。

1. 数据处理

图1显示了一个流程图，总结了研究过程。分析包括来自TCGA数据库的472个黑色素瘤样本和来自GEO数据库的额外214个黑色素瘤样本（GSE65904）。在对TCGA和GEO数据集中的所有基因进行交集操作后，共找到了20,188个共同基因。值得注意的是，由于其生存数据不完整，37个TCGA黑色素瘤样本和4个GEO黑色素瘤样本被省略。总共，分别合并了435个TCGA黑色素瘤样本和210个GEO黑色素瘤样本的mRNA表达数据和生存数据。对于接下来的研究，包括了34个与ICD相关的基因。

图1 本研究的工作流程

2. 癌症类型间与ICD相关的基因的mRNA表达及其预后意义

首先，图2A显示了与ICD相关基因的mRNA表达水平。在热图中，IFNG在CESC、KIRC和GBM中显示出明显升高的表达。IFNB1在BRCA和BLCA中显示出显著升高的表达，而IL6在BRCA和BLCA中显示出明显下降的表达。为了更生动地展示mRNA表达水平的差异的重要性，构建了一个显示-lg（pValue）的热图。相应肿瘤中mRNA表达变化越剧烈，颜色越红（图2B）。mRNA表达与生存期（OS）之间的单变量Cox回归分析结果区分了高风险的ICD相关基因（HR>1，p<0.05）和保护性的ICD相关基因（HR<1，p<0.05）。值得注意的是，CD4、FOXP3、CD8A、CXCR3、IFNG、PRF1、MYD88、ATG5、CD8B、IL1R1、TLR4、PIK3CA、TNF、CASP8和EIF2AK3在SKCM中显示出保护功能（图2C）。

图2 ICD相关基因在泛癌中的概述

3. 不同类型的癌症中，CNV、SNV、ICD相关基因的甲基化以及受ICD相关基因影响的免疫相关通路

CNV、SNV和甲基化在各种癌症中存在。泛癌CNV的总结表明CNV在各种癌症中高频率发生（>5%）（图2D）。与ICD相关基因的SNV状态在UCEC中明显且引人注目。而PIK3CA在BRCA、COAD和UCEC中显示出更高的SNV。PIK3CA在UCEC中的突变频率接近50%（图2E）。确切地说，PIK3CA的SNV类型主要是错义突变（图2F）。值得注意的是，PIK3CA的甲基化在大多数癌症中没有意义（图2G）。事实上&