基于MetaboAnalyst的代谢组数据分析（入门）

本文依然只是一个自己对于这个网站的探索和应用试验。主线在于自行利用数据进行简单的分析。其余只会稍微带过。 

一、对于MetaboAnalyst（https://www.metaboanalyst.ca/home.xhtml）的介绍：

进入主页如图，首页可以直接进入分析：

侧边栏也有官方教程可以看，点击侧边栏的Tutorial就行。然后还有一些数据格式什么的东西，可以自行探索，能够做的功能从首页下滑就都有介绍。

然后点击首页Click To start：

进入后，能够看到该网站能进行的功能：

本文要做的是一个单因素的统计分析，点击深蓝色那一排第一个可以进入，侧边栏可以看到数据进行的流程，比如预处理processing，统计分析statistics等：

（网站本身会有用于学习的公开数据，比如该界面的公开数据可以下滑自行选择下载利用或观看）

那么在查看过输入文件的格式要求（每行的小问号可以点开），准备好数据：

（此处使用一个metabolome_neg.xlsx为例）

1. 数据格式：网站分析对于数据有格式要求，每个地方都有说明，自行查看。

将其整理为只有sample名、group组名、代谢物及代谢物相对量数据的表格，根据数据本身特征投入（注意转为csv时不要把多个在一起的表格转为csv，网站不能接受）：

2.  选择“Sample name in Column”选项（如果样本名在第一行），Submit：

在等待一段时间后，网站会给数据监测到的初步结果，得到：

如果你不想按它默认的来，就点击Missing Value自己对参数进行设置，以便对缺失值进行处理（edit group是你还可以自己去在处理之前标记组别）：

选好之后，process，等待片刻进入了数据筛选data fliter，这里我选择的是默认，先submit再proceed：

右边会跳处理结果,我不确认这个做完以后是否有利于接下来的分析:

然后进入了标准化normalization流程：

normalization的作用是将数据变得符合正态分布，数据转换是为了减小数量级不同带来的差异，数据缩放是为了调整数据范围。我用的是group PQN，以及Log（base10）和Auto scaling，点击该页面下方的normalize就可以得到结果，初步结果可以从中间的view result看,如下:

点击proceed，得到如下：

电脑没电了，剩的下次编辑