代谢组学分析常用网站

最新推荐文章于 2024-06-03 11:59:51 发布
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分类专栏： 实验 生物信息 文章标签： 其他
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本文链接：https://blog.csdn.net/twocanis/article/details/121845176
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MetaboAnalyst 5.0

MetaboAnalyst 5.0

可进行代谢组数据的可视化分析，Module Overview如下，包括Biomarker Analysis/ Enrichment Analysis/Pathway Analysis/Joint Pathway Analysis/Network Analysis以及各种封图分析等，基本送测公司的报告里头的结果图，只要拿到excel检测结果信息表都能在这个网站自己做，操作简单直接上手

Module overview

Interactive Pathways Explorer v3

Interactive Pathways Explorer v3

交互式路径探索者(iPath)是一个基于web的工具，用于可视化、分析和定制各种路径地图。

网络分析支持以下几个板块：

4 Module

LIPID MAPS

LIPID MAPS

专门用于分析脂质，对下机数据/结构等的识别，分析统计等

function of LIPID MAPS
twocanis
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专栏目录
非靶向代谢组
tinygene的博客
04-11 2773
非靶向代谢组学是将生物体所有内源性代谢物作为研究目标（广筛），重点在于比较实验组和对照组，发现寻找其种具有显著变化的代谢物质（差异代谢物），并构建代谢通路以解释代谢物于该生命体的关联。 微基生物可以利用LC-MS、GC-MS等技术来检测粪便、血液等样本中非靶向代谢物的含量。 实验方法 结果展示 正离子模式下总离子流图（TIC） 负离子模式下总离子流图（TIC） Annotation RI mz ...
metaboanalyst-statistic解析-满满干货！
emmal_的博客
08-21 1万+
【干货分享】8大免费的代谢数据库！助力代谢研究！
最新发布
a13981820402的博客
06-03 3261
代谢组学的飞速发展，尤其是分析技术的进步、样本数量的增加、样本类型的多样化以及多检测平台的联合应用，使代谢组数据在数量和复杂性上急剧增加。这个时候，代谢数据库便应运而生！ 代谢研究数据库是专门存储和提供有关代谢物、代谢途径、代谢相关蛋白质以及代谢组学数据的在线资源。 本文主要介绍以下代谢数据库：
代谢组学结果在线分析：不同组差异代谢物高级韦恩图Venn的绘制——UpSet图
twocanis的博客
03-26 3013
分析代谢组数据，网站在线制作不同组差异代谢物的高级Venn图之UpSet图，用于比较数据集直之间的交集关系
基于MetaNetX网站的在线代谢敲除模拟与自动建模
微生物系统进化
07-09 800
本系列内容说明： 本系列是针对生物研究中的模型种类进行分析介绍，作为**微生物群落相互建模系列的组成一部分。分阶段的介绍代谢网络模型从入门的环境的搭建，到指导湿实验过程全流程分享。探讨基于生物模型对群落中相互作用方式进行，探究挖掘不同生物间的进化关系。系列的目录文章地址：https://blog.csdn.net/qq_33980829/article/details/118958463 1）名字需要替换成特定规则，针对于构建酶约束代谢网络模型是关键。 2）上下限范围需要调整，根据实验结果修改...
代谢组学的相关分析数据库，MetaboAnalyst 5.0 使用指南
热门推荐
leroylee7的博客
03-01 1万+
目前组学的数据越来越多。其中代谢组学也是其中一个热点。关于代谢组学的相关分析目前用的最多的还是MetaboAnalyst。之前这个数据库一直都是4.0版本。最近刚刚更新了5.0的版本。趁着刚刚更新，我们也就来顺带的介绍这个数据库吧。 PS: 从18到现在被引次数就到了1700。可见这个数据库的权威以及研究代谢的人多呀 关于MetaboAnalyst。其主要是基于作者开放的一个R语言包MetaboAnalystR来进行分析了。如果有相关R语言操作基础的。也是可以使用这个包进行分析的。 ...
科研必备网站（收藏夹吃灰系列）
qq_35294674的博客
03-16 2484
分享一些科研必备的网站，也供自己找不到网址时检索。V2022年3月16日 1. 在线绘图网站 BioLadder-生物信息在线分析可视化云平台（https://www.bioladder.cn/） MetaboAnalyst-代谢组学数据分析（https://www.metaboanalyst.ca/MetaboAnalyst/ModuleView.xhtml） Plotly-一些动态交互图（https://chart-studio.plotly.com/feed/#/） 易词云-词云图在线绘制（htt
代谢组学分析技术及数据处理技术.pdf
08-15
总的来说，代谢组学分析技术和数据处理是一个跨学科的领域，它融合了生物学、化学、数学、统计学和计算机科学的知识。通过这些技术，科学家们能够深入理解生物过程，发现疾病的早期标志物，优化药物研发，并推动个性...
代谢组学分析技术平台和数据处理的新进展.pdf
08-15
分析技术是实现代谢组学研究的关键，常用的技术包括核磁共振（NMR）、气相色谱-质谱联用（GC-MS）、液相色谱-质谱联用（LC-MS）等。这些技术各有特点，例如NMR具有非破坏性、无偏性和高重现性的特点，适用于整体代谢...
代谢组学数据处理方法——主成分分析.pdf
08-15
由于代谢组学分析会产生大量变量的数据，如数百甚至数千个色谱峰，常规的统计分析方法难以处理如此庞大的数据量，并且难以揭示样品间或各组样品之间的异同，也难以识别出造成差异的具体变量。因此，代谢组学数据分析...
LIPIDMAPS:基于LIPIDMAPS:registered:脂质分类系统的层次表，用于代谢组学分析
03-28
LIPIDMAPS 基于LIPIDMAPS:registered:脂质分类系统的层次表，用于代谢组学分析。 背景 LIPIDMAPS:registered:脂质分类系统由八个脂质类别组成，每个类别都有自己的子分类层次。 上提供了层次结构，但是代谢组学分析很麻烦，因为它们是.html 。 因此，我生成并共享LIPIDMAPS.csv作为层次结构表，以进行更LIPIDMAPS.csv的分析。 用法 请从此存储库下载LIPIDMAPS.csv并将其应用于您的分析环境。 桌子 班级 子类 多变的 脂肪酰基 脂肪酸和共轭物 直链脂肪酸 脂肪酰基 脂肪酸和共轭物 支链脂肪酸 脂肪酰基 脂肪酸和共轭物 不饱和脂肪酸 脂肪酰基 脂肪酸和共轭物 氢过氧脂肪酸 脂肪酰基 脂肪酸和共轭物 羟基脂肪酸 脂肪酰基 脂肪酸和共轭物 含氧脂肪酸 脂肪酰基 脂肪酸和共轭物 环氧脂肪酸 脂肪酰基 脂肪酸和共轭物 甲氧基脂肪酸 脂肪酰基 脂肪酸和共轭物 卤代脂肪酸
MetaboAnalystR:MetaboAnalyst的R包
05-05
MetaboAnalystR 3.0：迈向全球代谢组学的优化工作流程 描述 MetaboAnalystR 3.0包含流行的MetaboAnalyst Web服务器基础的R函数和库，包括代谢组学数据分析，可视化和功能解释。 该软件包与MetaboAnalyst Web服务器同步。 安装和加载软件包后，用户将能够使用从MetaboAnalyst网站下载的相应R命令历史记录从本地计算机上复制相同的结果，从而获得最大的灵活性和可重复性。 3.0版旨在通过实施用于峰选择的快速参数优化算法，并从12种完善的方法中自动识别最适合批效应校正的方法，来改善当前的全局代谢组学工作流程。 此外，添加了更多对通过mummichog2（m / z）峰直接从m / z峰进行功能性解释的支持（PMID：23861661），以及添加了基于路径的集成多组学数据的新方法。 为了演示此新功能，我们提供了“ MetaboAna
SCMA：单细胞代谢组学分析
02-24
SCMA：单细胞代谢组学分析 安装 从PyPI安装 python -m pip install --index-url https://test.pypi.org/simple/ --no-deps scma==0.1.1 从GitHub安装 git clone https://github.com/tkisss/SCMA.git cd SCMA python setup.py install 快速开始 命令行 scma.py -f INPUT_FILE -o OUTPUT_PATH INPUT_FILE: file of single-cell metabolomics, each two columns are a group which contains the ratio of nuclear to mass and its signal value, cell names sho
R语言代谢组学数据分析.zip
01-07
9. **软件包选择**：代谢组学分析中常用R包有`metabolomics`、`MetaboAnalystR`、`muma`等，它们提供了代谢组学特定的数据处理和分析功能。 10. **学习资源**：为了更好地掌握R语言代谢组学分析，可以参考CRAN任务...
metaboanalystR plotkegg
生信小博士的博客
07-20 764
README.md Functions 1808 Source code Man pages AddErrMsg:Adds an error message analyze.lipids:Lipid analysis pipeliner ANOVA2.Anal:Perform Two-way ANOVA ANOVA.Anal:Perform ANOVA analysis aof:ANOVA aov.1wayrep:Perform Two-way ANOVA aov.2way
技术贴 | MetaboAnalyst 4.0，代谢组学研究利器的升级
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
09-23 6625
本文由面瘫的猫编译，董小橙、江舜尧编辑。原创微文，欢迎转发转载。导读MetaboAnalyst是一款基于网络的用于代谢组学数据分析、注释，并整合其他组学数据的工具套件。本文介绍了这一实用...
代谢组学富集分析kegg 功能富集MetaboAnalystR（R包 METABOSIGNAL ）
生信小博士的博客
07-06 4816
代谢产物差异分析 | 生信菜鸟团使用MetaboDiff包分析非靶向代谢组数据 - 简书最近手里有个非靶向代谢组的数据，通过学习MetaboDiff包来熟悉代谢组分析的思路和流程，接下来的流程来自于MetaboDiff包官方帮助文档。
上下调基因和代谢物--不同颜色显示在同一张KEGG通路图中
qq_42881059的博客
08-21 6803
上下调基因和代谢物以不同颜色表示上下调，并显示在同一张KEGG通路图中。 在MetobaAnalyst数据库:https://www.metaboanalyst.ca/ （一）点击Click here to start进入 （二）选择Joint-Pathway Analysis模块 （三）这里简单看一下例子，包含需要输入的差异基因和差异代谢物两类数据，分别需要两列：一列gene/代谢物名字，另一列是对应的log FoldChange值 （四）Submit提交后选择参数和算法 （五）继续提交，得到结
代谢组学数据分析Python
07-27
代谢组学数据分析在代谢组学研究中起着重要的作用，Python是一个功能强大的编程语言，也被广泛应用于代谢组学数据分析。在Python中，有许多用于代谢组学数据分析的库和工具可供使用。 以下是一些常用的Python库和工具，用于代谢组学数据分析： 1. Pandas：Pandas是一个用于数据分析和处理的强大库，可以轻松加载、处理和转换代谢组学数据。 2. NumPy：NumPy是一个用于科学计算的基础库，提供了高性能的数组操作功能，常用于代谢组学数据的数值计算和统计分析。 3. SciPy：SciPy是一个开源的科学计算库，提供了许多数值计算和统计分析的函数，例如聚类分析、差异分析等。 4. Scikit-learn：Scikit-learn是一个机器学习库，提供了各种常用的机器学习算法和工具，可以用于代谢组学数据的分类、回归、聚类等分析。 5. Matplotlib 和 Seaborn：Matplotlib和Seaborn是两个常用的数据可视化库，可以用于绘制各种类型的图表，如散点图、柱状图、热图等，方便分析结果的展示。 6. MetaboAnalyst：MetaboAnalyst是一个专门用于代谢组学数据分析的在线平台，提供了丰富的分析工具和功能，包括数据预处理、统计分析、通路分析等。 以上是一些常用的Python库和工具，用于代谢组学数据分析。根据具体需求和研究目的，可以选择适合的工具进行数据处理、统计分析和可视化展示。
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