计算xpclr

1.conda安装xpclr 

首先安装流程很轻松

conda create -n xpclr  -c bioconda xpclr
conda activate xpclr
xpclr -h

2.按照要求准备文件

XPCLR - 简书 (jianshu.com)

根据教程准备文件，vcf，计算好的map，以及样本文件txt

其实官网也有介绍

3.使用软件计算xpclr

for k in {1..3}; do   
xpclr 
--out chr${k} 
--format vcf 
--input gwas.phased${k}.vcf 
--samplesA g4.txt 
--samplesB g8.txt 
--map g2_new${k}.map 
--chr ${k} 
--size 500 
--step 500; done

在这里遇到了第一个报错：

这个报错很好解决，网上有解决教程，Python版的xpclr的艰辛debug之旅 - 简书 (jianshu.com)

 根据这篇文章，在这个网站里面GitHub - xuzhougeng/xpclr: Code to compute the XP-CLR statistic to infer natural selection

 

把这个的地方给改了，再次运行。

它一直在输出。需要等待一会，中途会有log文件报错，应该不影响计算结果

结果可以看到文件

补充一点：

生信分析18：如何鉴定选择清除区域 - 简书 (jianshu.com)

选择信号分析XP-CLR原版Python版使用简介，特别提示窗口是遗传距离，需要根据不同物种修改 (qq.com)

根据这两篇文章。可以看这个，这个参数可以加上去，比计算xpehh的map文件多了两个00

 还有一个问题是，但是我觉得两个群体只需要比较就行，没有强制要求位置

4.结果解读

有一些数据缺失，比起用原版来说

有一些可以参考和理解的文章

群体遗传分析必备教程：使用vcftools等工具批量计算Pi、Fst、TajimaD、XP-CLR的方法与脚本 (qq.com)