生信入手：CompareM-平均氨基酸一致性（AAI）进行物种鉴定

平均氨基酸一致性（AAI）是衡量两个基因组中同源蛋白质序列相似度的指标，通过计算同源蛋白质序列中相同位置上氨基酸相同的比例得出。AAI值越高，表明基因组间的同源性越强，通常意味着它们在进化上更接近。AAI在物种分类、进化树构建以及确定微生物物种界限等方面有重要应用。CompareM等工具可用于计算AAI，为比较基因组学提供重要数据支持。

使用CompareM计算AAI的步骤如下：

1. 安装CompareM：  

   mamba install -c bioconda comparem
   或者通过pip安装：
   sudo pip install comparem
   注意：需要独立安装Prodigal和DIAMOND这两个依赖工具。

2. 基于基因组计算氨基酸一致性：

   使用aai_wf流程计算氨基酸一致性：

   comparem aai_wf -c 30 -x fa . aaiwf_out

   其中：

 -c 30：表示使用30个线程进行计算。

  -x fa：表示基因组文件的后缀为`.fa`。

   ./：表示当前目录包含待比较的基因组序列。

aaiwf_out：为输出目录。

3. 基于基因组蛋白计算氨基酸一致性：

  如果基因组已经由氨基酸蛋白质序列表示，使用以下命令：

comparem aai_wf --proteins -c 30 -x gz GTDBr214_479_B.anthracis_gene GTDBr214_479_B.anthracis_gene_aai

其中--proteins指定输入文件是蛋白序列。

4. 结果输出：

成对的AAI统计数据在输出文件./<output_dir>/aai/aai_summary.tsv中提供。该文件由8列组成，具体含义如下：

第1列：第一个基因组的标识符

第2列：第一个基因组中的基因数

第3列：第二个基因组的标识符

第4列：第二个基因组中的基因数

第5列：两个基因组间识别出的同源基因数

第6列：同源基因的平均氨基酸一致性（AAI）

第7列：同源基因AAI的标准差

第8列：两个基因组间的同源分数（OF），定义为同源基因数除以两个基因组中较小的基因数。

通过这些步骤，CompareM可以有效地计算基因组间的AAI，为基因组比较分析提供重要数

示例：左侧，是比较基因组工作流程（compare_genomes comparative genomics workflow）执行的步骤。右侧，是使用四个拟南芥物种通过比较基因组工作流程（compare_genomes workflow）生成的样本输出图，图中有三个部分用字母标记（详见结果解释）。
图片来源：Paril J, Zare T, Fournier-Level A. Compare_Genomes: A Comparative Genomics Workflow to Streamline the Analysis of Evolutionary Divergence Across Eukaryotic Genomes. Curr Protoc.