freesurfer海马亚区的分割

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文章标签： ubuntu linux 运维
于 2022-09-19 18:00:21 首次发布
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本文介绍了如何使用FreeSurfer在Ubuntu/Linux环境下进行海马杏仁核亚区的分割。首先，需要安装FreeSurfer和Matlab R2014b，并在root权限下运行相关代码。完成安装后，通过执行'recon-all'命令来获取MNI152_T1_1mm_brain_reconall.nii.gz文件，该文件是进行亚区分割的前提。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

海马杏仁核亚区分割官网地址
7.3+分割算法
free surfer7.3之前版本：
1.先安装freesurfer
2.安装Matlab R2014b 地址
2.1先进入root状态下才可以运行：
2.1.1如何进入root：sudo passwd root su

zk@ubuntu:~$ sudo passwd root
[sudo] password for zk: 
Sorry, try again.
[sudo] password for zk: 
New password: 
Retype new password: 
passwd: password updated successfully
zk&
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从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。
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使用freesurfer进行海马亚区分割学习笔记
weixin_52073820的博客
04-02 4906
前言 freesurfer是一个强大的结构像数据处理软件，除了可以分割皮层之外，还可以进行海马、杏仁核和岛叶等区域的进行亚区的分割，因此这几天学习了一下如何进行海马亚区分割，特记录下来以便今后查看 macOS系统：12.3 Monterey fresssurfer版本：7.2.0 freesurfer官网：freesufer-fswik//HippocampalSubfieldsAndNucleiOfAmygdalai 一、安装freesurfer 目前最新版本为7.2.0，我安装的就是这个版本 打开fre
基于FreeSurfer的海马亚区分割
cc1609130201的博客
06-08 2432
结构性海马异常在许多神经和精神疾病中很常见，海马测量的变化与认知表现和其他复杂表型（如应激敏感性）有关。随着可用于映射和体积定量的自动化算法的出现，海马亚区域得到了越来越多的研究。在通过ENIGMA联盟的努力下，一些疾病工作组正在使用FreeSurfer软件来分析患有神经和精神病症的患者及匹配对照组的海马亚区域（亚区）体积。在这个概述中，我们解释了算法的原理，总结了测量可靠性研究，并用示例数据演示了两个附加方面（亚区自相关和体积/可靠性相关性）。然后，我们解释了为改进管道协同而对海马亚区分割质量控制（QC）
freesurfer进行海马海马亚区分割
AliceMeng20的博客
08-21 354
少数freesurfer模块需要使用matlab runtime package（MCR），可以不用安装matlab，使用freesurfer指令fs_install_mcr安装MCR就可以。但是我这里显示没有segmentHA_T1.sh指令，我使用了freesurfer官网提供的一个分割方法。对于freesurfer7，需要安装 MCR 8.4 (R2014b)，运行。对于freesurfer6，需要安装 MCR 8.0(R2012b) ，运行。考虑到参考目录的问题，可以运行指令，指定运行目录。
freesurfer-海马/杏仁核亚区体积分割
xxx
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海马/杏仁核亚区体积
使用freesurfer来划分脑区
12-08
有关脑区划分的文章，使用该文章可以为我们提供很好的思路
利用freesurfer6进行海马分割的环境配置和步骤，以及获取海马体积
从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。
10-06 1800
一些 freesurfer 模块，例如 fsfast 和子场/核分割工具，需要 matlab 运行时包 (MCR)。MCR 允许用户运行分布式 matlab 编译的程序，而无需支付 matlab 许可证费用。freesurfer 命令 fs_install_mcr 可用于安装此软件包。MCR版本要求如下。注意如果安装不成功，请切换到 root 用户下。
关于Freesurfer6.0海马体的分割环境以及步骤
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基于表面形态的海马亚区分割
cc1609130201的博客
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人类海马由折叠的旧皮质层组成，其亚区包含独特的细胞成分。但由于广泛存在的个体差异，如何将MRI采集的海马图像进行亚区分割，并与根据组织学定义的亚区图谱保持一致是一项具有挑战性的工作。基于表面的海马亚区分割方法允许不同个体之间进行对齐，或从个体“映射”到根据组织学定义的拓扑同源组织参照物上进行对齐。与手动分割或基于配准的方法相比，基于表面的方法为海马亚区分割提供了新的生物学有效约束，并且不受手动分割方法的一些技术限制，例如平面外采样（也就是分割超出了亚区的真实范围）。这种方法还特别适合应用于高分辨率MRI成像
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海马亚区freesurfer分割教程是一种用于对海马亚区进行分割的方法。freesurfer是一种常用的脑部结构分析软件，可以用于脑部结构的自动分割和定量化。 首先，使用freesurfer对脑部MRI图像进行预处理。这包括图像去噪、矫正和配准等步骤，以确保图像质量。 接下来，使用freesurfer的自动分割算法对海马亚区进行分割。freesurfer使用基于统计模型和形状模型的算法，能够准确地分割出海马亚区。 分割完成后，使用freesurfer对分割结果进行可视化和检查。可以通过查看多个切面和不同角度的图像，来检查分割结果的准确性。 此外，为了提高海马亚区分割的准确性，还可以使用手动编辑的方式。在freesurfer的分割结果上，可以进行手动操作，根据专业知识和经验进行调整和修正。 最后，评估海马亚区的分割结果。可以使用不同的度量指标，如体积、形状和位置等，来评估分割结果的准确性。 总的来说，海马亚区freesurfer分割教程提供了一种自动化的方法，能够准确地对海马亚区进行分割。这种方法不仅节省了时间和人力成本，还提高了分割的准确性和一致性。但需要注意的是，分割结果还需要进行检查和修正，以确保最终结果的准确性。
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