计算人类基因组外显子区域长度

本文通过Python处理生物信息学数据,从FTP获取CCDS当前文件,解析每个外显子的碱基坐标,去除重复并统计长度。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

问题

问题:https://mp.weixin.qq.com/s/xS-h0TQnCwjvgcRA7Ru3NQ

思路:

数据:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/current_human/CCDS.current.txt

获取每一个exon的每个碱基坐标。去重重复坐标,然后计数。

## count.py

base_pos = set()   ## 以集合来存储所有非重复位置位置

with open("./CCDS.current.txt", "r") as f:
    fo
### 回答1: 许多软件都可以用来编写和运行C语言代码。以下是一些常见的选项: 1. IDE(集成开发环境):像Visual Studio、Eclipse、Code::Blocks和Dev-C++等IDE都可以用来编写、编辑、调试和运行C语言代码。 2. 编辑器:像Sublime Text、Atom、Notepad++和Vim等文本编辑器都可以用来编写C语言代码,并在命令行终端或者终端模拟器上编译和运行。 3. 在线编译器:一些在线编译器,如Repl.it、Ideone、Codechef和Codepad等,提供了在线编写、编译和运行C语言代码的环境。 总之,有很多可以用来运行C语言的软件选项,你可以根据自己的需要和偏好来选择。 ### 回答2: C语言是一种通用的编程语言,可以在许多操作系统下运行。以下是一些常用的软件来运行C语言代码: 1. 终端编译器:常见的终端编译器包括GNU GCC(GNU Compiler Collection)和Clang。它们可在多个平台上运行,如Linux、macOS和Windows。 2. 集成开发环境(IDE):IDE提供了一个集成的开发环境,可以编写、编辑、编译和调试C代码。常见的IDE包括Visual Studio(适用于Windows)、Xcode(适用于macOS)和Code::Blocks(适用于多个平台)。 3. 文本编辑器:文本编辑器可以用于编写C代码,并使用终端编译器来编译和运行代码。一些常用的文本编辑器包括Notepad++(适用于Windows)、Sublime Text和Atom(跨平台)。 4. 在线编译器:在线编译器是运行在互联网上的编译器,可以直接在浏览器中编写、编译和运行C代码。一些常用的在线编译器包括Repl.it、ideone和JDoodle。 需要注意的是,无论选择哪种软件来运行C语言代码,都需要安装并配置好C语言的编译器,以便将源代码转换为可执行文件。同时,也需要了解如何使用编译器和调试器来调试代码,并学会创建Makefile和使用命令行来编译和运行C程序。 ### 回答3: C语言是一种高级编程语言,可以在多种开发环境中运行。以下是一些常用的软件和平台,可以用于编写和运行C语言程序: 1. Microsoft Visual Studio:这是一个功能强大的集成开发环境(IDE),支持多种编程语言,包括C语言。Visual Studio提供了用于编译、调试和运行C语言程序的工具。 2. Eclipse:这是另一个流行的开发环境,支持多种编程语言,包括C语言。Eclipse具有丰富的插件,可以扩展其功能,以满足不同的需求。 3. Code::Blocks:这是一个开源的跨平台集成开发环境,专注于C和C++语言。Code::Blocks提供了一个友好的用户界面和强大的功能,可以编译和运行C语言程序。 4. Xcode:这是苹果公司开发的集成开发环境,适用于Mac OS平台。Xcode支持多种编程语言,包括C语言。它提供了丰富的开发工具和调试器,以帮助开发人员开发和调试C语言程序。 此外,还有一些纯粹的文本编辑器,如Sublime Text、Notepad++,也可以用于编写C语言程序。这些编辑器通常不具备集成的编译和调试功能,但可以将C代码保存为文件,并使用命令行工具进行编译和运行。 总之,有很多软件和开发环境可以用于编写和运行C语言程序,开发者可以根据自己的需求和偏好选择合适的工具。
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