喜报!DAP-seq文章6连发,总IF 95.2

2024年429日,河北农业大学林学院李保国山区产业开发与林果产业创新团队与园艺学院田义教授团队联合西北农林科技大学马锋旺教授团队及沈阳农业大学马跃教授团队在Plant Biotechnology Journal(影响因子10.1上发表了题为“The MdVQ37-MdWRKY100 complex regulates salicylic acid content and MdRPM1expression to modulate resistance to Glomerella leaf spot in apples”的研究论文。该研究借助DAP-seq技术阐述了MdVQ37-MdWRKY100复合体通过靶向MdPAL1MdWRKY17调控水杨酸(SA)水平以及影响抗病基因MdRPM1的表达介导苹果响应炭疽叶枯病侵染的分子机制和调控网络。

2024530日,北京农学院沈元月课题组在The Plant Journal(影响因子6.2期刊发表题为“Abscisic acid controls sugar accumulation essential to strawberry fruit ripening via the FaRIPK1-FaTCP7-FaSTP13/FaSPT module”的研究论文,该研究借助DAP-seq技术发现ABA通过FaRIPK1-FaTCP7-FaSTP13/FaSPT模块调控草莓果实成熟过程的糖分积累机制。

2024年7月11日,中国林业科学研究院林业所王军辉研究员和林木遗传育种全国重点实验室朱天擎助理研究员在The Plant JournalIF=6.2期刊发表题为“PaMYB11 promotes suberin deposition in Norway spruce embryogenic tissue during cryopreservation: A novel resistance mechanism against osmosis”的研究成果,该研究借助DAP-seq技术初步证实PaMYB11通过直接诱导极长链脂肪酸相关基因(PaPOPPaTET8LPaADH1)的表达调控木栓质单体的合成,进而促进木栓质沉积,以提高欧洲云杉胚性组织耐渗透胁迫能力,有利于细胞在CPTCryoprotectant pretreatment)过程中的存活。本研究从分子水平上解析了超低温保存机理,也为裸子植物渗透胁迫研究提供新的思路。

2024713日,浙江师范大学生命科学学院张可伟教授团队在Molecular Plant(影响因子17.1期刊在线发表了题为Arabidopsis WRKY1 promotes monocarpic senescence by integrative regulation of flowering, leaf senescence and nitrogen remobilization 的研究论文,该文章借助DAP-seqRNA-seq技术,在模式植物拟南芥中揭示了逆境响应转录因子WRKY1通过直接调控开花、叶片衰老和氮素再利用途径的相关基因来调控一次结实性植物衰老的分子机理,为植物年龄调控提供了重要见解,也为低氮素逆境条件诱导作物早衰的干预提供了新思路。

2024723日,剑桥大学Julian M. Hibberd等人在Cell(影响因子45.5期刊发表了题为MYB-related transcription factors control chloroplast biogenesis”的研究文章,报道了通过对苔藓植物地钱和被子植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)的研究,并借助DAP-seq技术发现MYB相关转录因子(RR-MYBs)调控叶绿体生物发生和光合作用基因表达。

2024726日,中国农业科学院棉花研究所张永山研究员团队在Plant Biotechnology Journa(影响因子10.1杂志上发表了题为“GhSBI1, a CUP-SHAPED COTYLEDON 2 homologue, modulates branch internode elongation in cotton”的文章,该研究克隆了棉花果枝长度的重要株型调控基因GhSBI1,并借助DAP-seq技术研究了其影响棉花果枝节间伸长的分子机制。

DAP-seq高通量地检测转录因子在基因组上的结合位点,鉴定下游靶基因。蓝景科信拥有100+物种,2000+转录因子的DAP-seq实验经验。我们使用该技术已助力客户在许多期刊成功发表文章,例如:Cell,Molecular Plant,The Plant Cell,Plant Physiology,Plant Biotechnology Journal,Journal of Integrative Plant Biology,New Phytologist等。

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1. 使用MEME进行motif分析 MEME是一种常用的motif分析工具,可以用于从序列数据中识别出潜在的motif。利用dap-seq输出的peak序列,可以使用MEME进行motif分析。 首先,需要将dap-seq输出的peak序列转换为fasta格式的文件。可以使用bedtools将peak序列提取出来,并将其转换为fasta格式: ``` bedtools getfasta -fi genome.fa -bed peaks.bed -fo peaks.fa ``` 其中,genome.fa为参考基因组序列文件,peaks.bed为dap-seq输出的peak文件,peaks.fa为输出的fasta格式的peak序列文件。 然后,可以使用MEME对peaks.fa进行motif分析: ``` meme peaks.fa -oc meme_output -nmotifs 10 -minw 6 -maxw 20 ``` 其中,meme_output为输出结果的文件夹,-nmotifs指定需要识别的motif数量,-minw和-maxw分别指定motif的最小和最大长度。 2. 使用Homer进行motif分析 Homer是另一个常用的motif分析工具,也可以用于从序列数据中识别出潜在的motif。类似地,利用dap-seq输出的peak序列,可以使用Homer进行motif分析。 首先,需要将dap-seq输出的peak序列转换为bed格式的文件。可以使用bedtools将peak序列提取出来,并将其转换为bed格式: ``` bedtools sort -i peaks.bed > sorted_peaks.bed bedtools merge -i sorted_peaks.bed > merged_peaks.bed awk 'BEGIN{OFS="\t"}{print $1,$2,$3,"peak_"NR,".",$6}' merged_peaks.bed > peaks_homer.bed ``` 其中,peaks.bed为dap-seq输出的peak文件,sorted_peaks.bed和merged_peaks.bed为中间文件,peaks_homer.bed为转换后的bed格式的peak文件。 然后,可以使用Homer对peaks_homer.bed进行motif分析: ``` findMotifsGenome.pl peaks_homer.bed genome_dir homer_output -size 200 -p 8 ``` 其中,genome_dir为参考基因组序列文件夹,homer_output为输出结果的文件夹,-size指定motif的长度,-p指定使用的线程数。 3. 对比分析motif 对于使用不同的工具进行motif分析得到的结果,可以使用Tomtom进行对比分析。Tomtom是一个用于motif比对和聚类的工具,可以帮助用户在已知的motif数据库中搜索相似的motif,并将它们聚类为同一个motif家族。 首先,需要将使用不同工具得到的motif结果转换为meme格式的文件,并将其放入同一个文件夹中,如motif_dir。 然后,可以使用Tomtom进行对比分析: ``` tomtom -o tomtom_output -verbosity 1 -thresh 0.1 -eps -text -min-overlap 5 -dist pearson -no-ssc motif_dir/motif1.meme motif_dir/motif2.meme ``` 其中,tomtom_output为输出结果的文件夹,-thresh指定使用的阈值,-dist指定使用的距离度量方式,-no-ssc表示不使用自身比对,motif1.meme和motif2.meme为需要比对的motif文件。
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