riboPOOL—适合任意物种(真核生物、原核生物、高丰度mRNA)的核糖体RNA/rRNA去除方案(探针法)siTOOLs Biotech中国总代理蓝景科信

RNA测序是一种高度准确且灵敏的转录组追踪工具。然而,一些丰度很高的RNA种类却影响了NGS文库制备,浪费了宝贵的测序资源。在提取到的总RNA中,核糖体RNA(rRNA)占95%左右,mRNA占2-3%,还有2-3%是非编码RNA,如Long non-coding RNA、tRNA、microRNA等。
所以,在RNA测序的过程当中,首先要解决的问题,是如何去除核糖体RNA(rRNA)。

riboPOOL是来自德国siTOOLs Biotech的核糖体RNA去除产品,能够高效去除与研究无关的RNA,让研究人员更高效地利用测序资源。
riboPOOL核糖体RNA去除方案,适合任意物种,去除效率高且效果稳定,广泛应用于RNA-seq、芯片、ribo-seq(ribosome profiling)等领域,在欧洲广受好评。
riboPOOL由精心设计的生物素标记的DNA探针混合物构成,保证RNA完整的前提下,比Ribo-Zero(Illumina)多去除约10%的rRNA。

蓝景科信是siTOOLs Biotech在中国的总代理,联系方式:15632249798,QQ:2522026793

riboPOOL主要优势
1、任意物种
去除任意物种的rRNA或高丰度mRNA:丰富的成品型目录可供选择,目录持续更新中;目录以外的物种的rRNA,或者组织特异性的高丰度mRNA均可定制。
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2、去除不依赖poly-A结构
适合非Ploy-A化的RNA(如snoRNA、lncRNA、组蛋白)的研究和原核生物。
3、广泛的起始量范围
在100 ng到5 μg的RNA起始量之间都有很好的去除效率。

ribPOOL特殊应用
1、原核通用型riboPOOL与环境基因组学
原核通用型不仅可以广泛应用于各种原核生物样本(细菌、古生菌),还可以处理含有不同微生物的复杂样本,如环境基因组样本(如土壤、污泥)。
2、去除高丰度RNA
除rRNA之外, riboPOOL还可以去除组织特异性mRNA(如人血珠蛋白)或其他测序时出现的不相关的高丰度RNA。
3、可应用于Ribosome profiling
riboPOOLs 可以应用于ribosome profiling样本,更多信息,请联系我们。
4、复合型riboPOOL可以去除混合样本中的rRNA
复合型riboPOOL可以去除含多个物种的混合样本中的rRNA。客户可根据样本的组成比例混合2-4种成品型riboPOOL使用,如病原体感染的人体组织(人源+原核通用型)、人血液样本(人源+人血珠蛋白)。

实验流程
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实验数据
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人类样本中,riboPOOL的去除效率是98.6%,而Comp Z的去除效率是80.6%。
小鼠样本中,riboPOOL的去除效率是96.4%,而Comp Z的去除效率是86.1%。

2013年,siTOOLs Biotech公司由RNA领域的专家在慕尼黑和雷根斯堡成立,团队涵盖RNAi筛选、RNA生产和生物信息学等方面具有长期经验的科学家,产品在欧洲得到研究院校和制药企业的广泛认可。siTOOLs Biotech在中国的总代理是蓝景科信。

siTOOLs Biotech主要产品线:
siPOOL—基因沉默工具(siRNA)
raPOOL—RNA捕获工具,RNA亲和纯化探针
riboPOOL—核糖体RNA去除工具
实验结果稳定可重复,为您节约时间和成本。我们还提供先进的大数据分析工具(Phenovault)和研究服务,助力临床前研究中的靶点发现和验证。
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核心技术

科学设计、集群效应,保证高效特异的作用于靶基因。
类似狼群所展示的群体智慧,我们利用集群的力量来实现具有挑战性的目标。基于此理念,我们科学优化设计siRNAs或生物素化探针混合物,并反复被证明可以显著减少脱靶效应,实验效率高,结果可靠且可重复。

核心文献:
Hannus, M., et al.(2014) siPools: highly complex but accurately defined siRNA pools eliminate off-target effects. Nucleic Acids Res 42(12): 8049‒8061.
联系方式:15632249798
QQ:2522026793
详情可见:http://www.bluescape.cc/index.php/Index/chanpin.html?pin_id=21&fc_id1=&fc_id2=&fc_id3=

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你好!对于R语言多层桑基图的绘制,你可以使用`ggalluvial`包来实现。这个包提供了一种直观的方式来展示微生物组分类学及丰度的信息。 首先,你需要安装`ggalluvial`包。可以使用以下代码安装: ```R install.packages("ggalluvial") ``` 安装完成后,你可以加载这个包: ```R library(ggalluvial) ``` 接下来,你需要准备绘制桑基图所需的数据。通常,你需要一个数据框,其包含了不同分类学级别的分类信息和相应的丰度值。 例如,假设你有以下示例数据: ```R data <- data.frame( Kingdom = c("Bacteria", "Bacteria", "Bacteria", "Archaea", "Archaea"), Phylum = c("Proteobacteria", "Firmicutes", "Actinobacteria", "Euryarchaeota", "Crenarchaeota"), Class = c("Alphaproteobacteria", "Clostridia", "Actinobacteria", "Methanobacteria", "Thermoprotei"), Abundance = c(0.4, 0.3, 0.1, 0.05, 0.15) ) ``` 接下来,你可以使用`ggplot`函数创建一个基础的绘图对象,并使用`geom_flow`函数来添加桑基图的流动路径: ```R ggplot(data, aes(axis1 = Kingdom, axis2 = Phylum, axis3 = Class, weight = Abundance)) + geom_flow() ``` 这将创建一个简单的桑基图,其不同分类学级别之间的流动路径根据丰度值的权重进行调整。 你可以根据需要进一步自定义绘图,例如添加标签、调整颜色等。`ggalluvial`包提供了很多选项来自定义桑基图的外观和布局。 希望这个回答能帮到你!如果你有任何其他问题,请随时问我。

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