学习过程中遇到的坑

1. 在 RDKit 中，读取 PDB 格式文件，会识别不出 双键，比如：

使用 RDKit 读取 sdf 文件，可以正常显示价键

但 RDKit 读取对应的 PDB 文件，却识别不出来

注：PDB 格式文件是 PDB_ID 为 5ANR 的配体 8RW，sdf 格式文件是该文件通过 openbabel 转换格式得到的，我使用的 RDKit 版本是 2019.03.4 

2. 将两个 pdb 格式文件合并保存成一个 pdb 格式，如果使用 pymol 完成这一目的，保存的文件会有一定问题。比如，把蛋白文件和优化后的配体文件使用 pymol 合并保存成一个 PDB 格式文件，如果使用 PLIP(https://plip-tool.biotec.tu-dresden.de/plip-web/plip/index) 想要计算蛋白-配体相互作用，得到的结果可视化之后可能会很奇怪，哪怕相互作用的计算结果是正确的。

对于 pymol ，不要过于信赖文件另存为其他格式和合并文件这些操作。

操作文件格式转换和合并，比较推荐 MOE(我目前还没遇到问题)

转换格式，也可以试试 openbabel ，但是有的时候也会出错，识别不准芳香键，其他的倒还好