把PGM仪器上两次数据进行合并后再跑variantCaller的流程

因为一个样本做了两次，两次的深度都不是很大，需要把两次的数据bam文件进行合并后再运行流程，这时候拿到合并的数据后肯定不能在网页端进行插件运行了，需要自己把数据拷贝到仪器的服务器，运用相应的软件以及脚本进行运行了。

1.分别合并两次的bam文件  (推荐使用是第二种，使用第一个时会遇到"在最后一个时提醒有多个名字”)

#常规做法
samtools merge  total.bam input1.bam input2.bam
java -jar picard.jar MergeSamFiles I=input1.bam I=input2.bam 

2. 合并好后就放进相应的路径下，运行以下脚本

cd /results/analysis/output/Home/20190919
tmap mapall -n 4 -f /results/referenceLibrary/tmap-f3/hg19/hg19.fasta -r ubam/GS09072_rawlib.basecaller.bam -i bam -s bam/GS09072_rawlib.realigned.bam -v -Y -u --prefix-exclude 5 -o 2 -J 25 --end-repair 15 --do-repeat-clip --context stage1 map4
samtools sort bam/GS09072_rawlib.realigned.bam bam/GS09072_rawlib.realigned.sort && samtools index bam/GS09072_rawlib.realigned.sort.bam
mkdir -p variantCaller_5.0.4_out.somatic/GS09072
/results/plugins/v