荧光定量PCR检测法的原理和应用领域

荧光定量PCR(Real-time PCR)原理在于通过荧光信号的实时检测实现对PCR产物的定量分析。探针法中,荧光探针在扩增时被分解,产生荧光信号,每扩增一次DNA链就增加一个荧光分子。与传统PCR相比,荧光定量PCR具有高灵敏度、特异性和自动化程度高等优势。Ct值与起始模板量成线性关系,可用于绝对和相对定量分析。荧光定量PCR在医学研究中广泛应用于病原体检测、基因表达差异分析、SNP检测、甲基化检测等领域。

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一、荧光定量PCR原理

在PCR扩增反应体系中加入荧光基团就是荧光定量PCR(Real-time PCR),通过对扩增反应中每一个循环产物荧光信号的实时检测,最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。

以探针法荧光定量PCR为例:PCR扩增时在加入一对引物的同时加入一个特异性的荧光探针,该探针两端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。开始时,探针完整地结合在DNA任意一条单链上,报告基团发射的荧光信号被淬灭基团吸收,检测不到荧光信号;PCR扩增时,Taq酶将探针酶切降解,使报告荧光基团和淬灭荧光基团分离,从而荧光监测系统可接收到荧光信号,即每扩增一条DNA链,就有一个荧光分子形成,实现了荧光信号的累积与PCR产物形成完全同步。

传统的PCR进行检测时,扩增反应后需要进行染色处理及电泳分离,并且只能作定性分析,不能准确定量,易造成污染出现假阳性,使其应用受到限制。实时定量PCR技术不仅实现了对模板的定量,且具有灵敏度高、特异性和可靠性更好、自动化程度高和无污染的特点,使得荧光定量PCR逐渐取代常规PCR。

在PCR扩增反应的最初数个循环里,荧光信号变化不大,接近一条直线,这样的直线即是基线,这条线是可以自动生成也可以手动设置的。之后反应会进入指数增长期,这个期间扩增曲线具有高度重复性,在该期间,可设定一条荧光阈值线,它可以设定在荧光信号指数扩增阶段任意位置上,但一般会将荧光阈值的缺省设置是 3-15 个循环的荧光信号的标准偏差的10 倍。每个反应管内的荧光信号到达设定的阈值时所经历的循环数被称为CT值,这个值与起始浓度的对数成线性关系,且该值具有重现性。

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