FoldX在Windows下使用批处理批量进行蛋白质位点的虚拟饱和突变

运行代码

@echo off
setlocal EnableDelayedExpansion
rem ****修改为你的氨基酸序列
set res=****

set num=1

for /l %%i in (1,1,***) do (
rem ***修改为你的蛋白残基数目
	set aa=!res:~0,1!
	set res=!res:~1!
	set pos=!aa!A%%ia
	rem 如果有B链或C链，计算时需要把A改成相应的链编号
	if %%i gtr ** (
	rem **修改为你想要计算的首个氨基酸残基编号-1，如从第一个开始进行虚拟饱和突变，**=0
	FoldX --command=PositionScan --pdb=300k.pdb --position=!pos! --output-file="%%i")
	rem 300k.pdb需要改成你自己的蛋白质文件名称
	if %%i gtr * goto:end
	rem *修改为你想要计算的最后一个氨基酸残基编号-1，如计算到编号为300的氨基酸，*=299
)
:end
pause

复制上述代码到一个新建的文本文件中，并修改扩展名为.bat，把.bat文件复制到有foldx.exe和pdb文件的文件夹中，双击运行即可。

数据合并处理

@echo off

copy *.txt results.txt

pause

运行完毕后，复制所有output.txt结果文件到同一个单独文件夹中（注意检查是否所有结果文件都有内容，大小不为0），然后复制上述代码到一个新建的文本文件中，并修改扩展名为.bat，把.bat文件复制到有结果文件的文件夹中，双击运行即可。用excel打开results.txt即为所有虚拟饱和突变的计算结果。