Linux下用R分析scRNA-seq数据全过程-目录

【未完待续】

0. 前言

• 这篇只是一份目录，具体操作过程详见其中的链接们。

不想做新印象派画家的R包码农，不是好生物信息学家（即使精通数理统计学以及所谓的“人工智能”）。——20230902

• 有人说，生物信息学 = 生物学+计算机（+统计/机器学习）

其实我感觉，这也许是计算生物学的定义？
因为，信息论的观念似乎早已融入统计学、计算机领域，所以我的理解是：

• 生物信息学 = 生物学 + 统计学（机器学习） + 计算机

总之，我愿把生物信息学当做生物统计学来学，最好是数理统计学。这样的话，我认为更有趣一点（显然不会有几个码农认为写代码有趣，但一个认为统计学无聊的人又怎会钻研统计学理论？虽然我有时也因爱玩而无暇钻研，但依然觉得统计学有趣……把生信当做计算机技术，让我看自己像个修电脑的技术员；把生信当做统计学，让我看自己像个搞“人工智能”的科学家……例如，修拉（Seurat）研究像素理论时，他是新印象派绘画科学家；修拉亲自画《大碗岛的星期天下午》时，他是新印象派绘画技师）。

• 统计学需要用到计算机。因此，生物信息学总是先从计算机开始，经过相当漫长而繁琐的计算机软件安装、配置、使用之后，才会进入更漫长而更繁琐的统计学……也许因为计算机不够繁琐，所以吸引力不足（对我而言）；而统计学过于繁琐，所以统计学更美一点（对我而言）……

1. Linux

1.1 win10家庭中文版下用Hyper-V安装Linux虚拟机

1.1.1 Hyper-V

1.2 Linux常用命令简介

1.3 XShell

1.4 Vim

2. 镜像管理软件：Docker / singularity

2.1 Docker

• 我学会docker啦！希望你也可以学会

3. 包管理软件：Bioconductor / conda

3.1 Bioconductor

• Bioconductor的GitHub官方网址

4. Git & GitHub & VS_Code

5. R & RStudio

5.1 Linux下安装R与RStudio

6. scRNA-seq数据分析

6.0

6.0.1 Awesome-Bioinformatics

• 最受欢迎的十大生物信息学Github仓库：第八名 Awesome-Bioinformatics
• GitHub网址

6.0.2 Awesome Single-Cell

• 最受欢迎的十大生物信息学Github仓库：第七名 Awesome Single-Cell
• GitHub网址

6.0.3 awesome-pipeline

• 最受欢迎的十大生物信息学Github仓库：第九名 awesome-pipeline
• GitHub网址

6.0.3.1 SnakeMake、Apptainer容器

6.1 上游

6.1.1 cellranger

6.1.2 seurat

• “seurat”这个R包的名字，与新印象派画家“修拉”相同。我猜，大概由于二代测序的原始照片很像新印象派油画？二代测序的原理是拍照，每一个碱基被一种特定颜色的荧光标记。每一张照片都是由一大堆小光点组成，小光点总共有四种颜色（碱基总共有四种，因此总共就有四种颜色的小光点），看上去很像一幅“新印象主义油画”。

6.2 下游

细胞注释
细胞互作（细胞通讯）
细胞周期分析
转录因子分析
拟时序分析、时序基因共表达网络 (TO-GCN)
双疾病分析

7. 其他相关领域/R包/软件

7.1 SNP、QTL、meta分析

7.2 GWAS、TWAS、PWAS

7.3 孟德尔随机化

多变量孟德尔随机化（MVMR）

7.4 多性状共定位分析

7.5 空间转录组学

7.6 单细胞ATAC-seq

7.7 生存分析

7.8 多种转录组关联分析

7.9 单细胞表观遗传学

7.10 多组学整合

8. 统计学（新）算法

• 至此，终于到达我感兴趣的地方了……

8.1 参数统计

8.1.1 线性回归

多变量线性回归、logistics回归
广义估计方程+敏感性分析

8.1.2 贝叶斯统计

贝叶斯随机混合模型
Cox风险回归分析
线性和非线性混合效应模型

8.2 非参数统计

8.3 统计机器学习

8.3.1

随机森林
LASSO分析
GraphST：图卷积神经网络

8.3.2 深度学习

---

甘特图

5. 增加了支持甘特图的mermaid语法¹ 功能；

使用TOC语法后生成一个完美的目录。

插入链接与图片

链接: link.

居中并且带尺寸的图片:

当然，我们为了让用户更加便捷，我们增加了图片拖拽功能。

如何插入一段漂亮的代码片

去博客设置页面，选择一款你喜欢的代码片高亮样式，下面展示同样高亮的 代码片.

// An highlighted block
var foo = 'bar';

生成一个适合你的列表

• 项目
  • 项目
    • 项目

1. 项目1
2. 项目2
3. 项目3

• 计划任务
• 完成任务

创建一个自定义列表

Markdown

Text-to- HTML conversion tool

Authors

John

Luke

如何创建一个注脚

一个具有注脚的文本。²

注释也是必不可少的

Markdown将文本转换为 HTML。

KaTeX数学公式

您可以使用渲染LaTeX数学表达式 KaTeX:

Gamma公式展示 $\Gamma (n)=(n-1)!\forall n\in \mathbb{N}$ 是通过欧拉积分

$$\Gamma (z)={\int }_0^{\infty }{t}^{z-1}{e}^{-t}dt.$$

你可以找到更多关于的信息 LaTeX 数学表达式here.

新的甘特图功能，丰富你的文章

• 关于 甘特图 语法，参考 这儿,

UML 图表

可以使用UML图表进行渲染。 Mermaid. 例如下面产生的一个序列图：

这将产生一个流程图。:

• 关于 Mermaid 语法，参考 这儿,

FLowchart流程图

我们依旧会支持flowchart的流程图：

• 关于 Flowchart流程图 语法，参考 这儿.

导出与导入

导出

如果你想尝试使用此编辑器, 你可以在此篇文章任意编辑。当你完成了一篇文章的写作, 在上方工具栏找到 文章导出 ，生成一个.md文件或者.html文件进行本地保存。

导入

如果你想加载一篇你写过的.md文件，在上方工具栏可以选择导入功能进行对应扩展名的文件导入，
继续你的创作。

---

1. mermaid语法说明 ↩︎

2. 注脚的解释 ↩︎