膜蛋白分子动力学模拟流程

   一般水溶性蛋白分析如上一期文章：分子动力学模拟gromacs在windows下的安装和使用，那么膜蛋白的分析是如何进行的呢？

一、目的蛋白拓扑文件准备

gmx pdb2gmx -ignh -f E:\1rc2\1rc2.pdb -p E:\1rc2\1rc2.top -i E:\1rc2\1rc2 -o E:\1rc2\1rc2.gro​

     水模型这一步我们选择推荐的SPC，因为我们的序列头尾并没有特殊残基修饰。

二、脂质分子模型及拓扑文件准备

gmx editconf -f D:\软件安装\gmx2018.8\bin\dppc128.pdb -o D:\软件安装\gmx2018.8\bin\dppc128.gro​gmx grompp -f D:\软件安装\gmx2018.8\bin\dppc128_minim.mdp -c D:\软件安装\gmx2018.8\bin\dppc128.gro -p D:\软件安装\gmx2018.8\bin\dppc128.top -o D:\软件安装\gmx2018.8\bin\dppc128_em.tpr -maxwarn 1​gmx trjconv -s D:\软件安装\gmx2018.8\bin\dppc128_em.tpr -f D:\软件安装\gmx2018.8\bin\dppc128.gro -o D:\软件安装\gmx2018.8\bin\dppc128_whole.gro -pbc mol -ur compact​

     这一步生成的dppc128_whole.gro文件，以后做膜蛋白可以直接引用。

三、将目的蛋白置于脂质膜中心

gmx editconf -f E:\1rc2\1rc2.gro -o E:\1rc2\1rc2_newbox.gro -box 6.41840   6.44350   6.59650 -center 2.32563   2.48354   3.29825#调整向量的z轴，使其处于质膜分子中心，然后等倍数缩放x，y的值gmx genrestr -f E:\1rc2\1rc2_newbox.gro -o E:\1rc2\1rc2_strong_posre.itp -fc 100000 100000 100000#重原子位置限制

   将1rc2_newbox.gro和dppc128_whole.gro合并命名为1rc2_system.gro。保留DPPC的盒向量。

四、使用perl进行质膜的重建

#根据蛋白分子大小进行脂质分子的扩大perl D:\软件安装\gmx2018.8\bin\inflategro.pl E:\1rc2\1rc2_system.gro 6 DPPC 14 E:\1rc2\1rc2_system_inflated.gro 5 E:\1rc2\1rc2_area.dat#能量最小化gmx grompp -f D:\软件安装\gmx2018.8\bin\dppc128_minim_strong.mdp -c E:\1rc2\em_shrink\1rc2_system_inflated.gro -r E:\1rc2\em_shrink\1rc2_system_inflated.gro -p E:\1rc2\1rc2.top -o E:\1rc2\em_shrink\1rc2_em1.tpr -maxwarn 1gmx mdrun -v -deffnm E:\1rc2\em_shrink\1rc2_em1#这一步需要循环迭代，我有写好的python代码，可直接运行，有需要的可加我微信索要。####################################################################################################################perl D:\软件安装\gmx2018.8\bin\inflategro.pl E:\1rc2\em_shrink\1rc2_em1.gro 0.95 DPPC 0 E:\1rc2\em_shrink\1rc2_system_shrink1.gro 5 E:\1rc2\em_shrink\1rc2_area_shrink1.datgmx grompp -f D:\软件安装\gmx2018.8\bin\dppc128_minim_strong.mdp -c E:\1rc2\em_shrink\1rc2_system_shrink1.gro -r E:\1rc2\em_shrink\1rc2_system_shrink1.gro -p E:\1rc2\1rc2.top -o E:\1rc2\em_shrink\1rc2_em2.tpr -maxwarn 1gmx mdrun -v -deffnm E:\1rc2\em_shrink\1rc2_em2####################################################################################################################

这一步会删除多余的DPPC，因此这一步完成后，进行目标top文件DPPC分子数的更改。

五、蛋白、质膜的溶剂化

gmx grompp -f D:\软件安装\gmx2018.8\bin\DPPC_ions.mdp -c E:\1rc2\1rc2_water.gro -p E:\1rc2\1rc2.top -o  E:\1rc2\1rc2.tpr -maxwarn 1​

六、离子平衡

gmx grompp -f D:\软件安装\gmx2018.8\bin\DPPC_ions.mdp -c E:\1rc2\1rc2_water.gro -p E:\1rc2\1rc2.top -o  E:\1rc2\1rc2.tpr -maxwarn 1​gmx genion -s E:\1rc2\1rc2.tpr -o E:\1rc2\1rc2_ions.gro -p E:\1rc2\1rc2.top -pname NA -nname CL -neutral

七、能量最小化

gmx grompp -f D:\软件安装\gmx2018.8\bin\DPPC_ions.mdp -c E:\1rc2\1rc2_ions.gro -p E:\1rc2\1rc2.top -o E:\1rc2\1rc2_em.tpr -maxwarn 1​gmx mdrun -v -deffnm E:\1rc2\1rc2_emgmx energy -f E:\1rc2\1rc2_em.edr -o E:\1rc2\1rc2_potential.xvg

八、溶剂平衡（nvp平衡）

gmx grompp -f D:\软件安装\gmx2018.8\bin\DPPC_nvt.mdp -c E:\1rc2\1rc2_em.gro -r E:\1rc2\1rc2_em.gro -p E:\1rc2\1rc2.top -n E:\1rc2\1rc2_index.ndx -o E:\1rc2\1rc2_nvt.tpr -maxwarn 1gmx mdrun -deffnm E:\1rc2\1rc2_nvtgmx energy -f E:\1rc2\1rc2_nvt.edr​

九、溶质平衡（ntp平衡）

gmx grompp -f D:\软件安装\gmx2018.8\bin\DPPC_npt.mdp -c E:\1rc2\1rc2_nvt.gro -r E:\1rc2\1rc2_nvt.gro -p E:\1rc2\1rc2.top -n E:\1rc2\1rc2_index.ndx -o E:\1rc2\1rc2_npt.tpr -maxwarn 2gmx mdrun -nt 12 -deffnm E:\1rc2\1rc2_npt#12表示电脑核数gmx energy -f E:\1rc2\1rc2_npt.edr -o E:\1rc2\1rc2_pressure.xvggmx energy -f E:\1rc2\1rc2_npt.edr -o E:\1rc2\1rc2_density.xvg

十、分子动力学模拟

gmx grompp -f D:\软件安装\gmx2018.8\bin\DPPC_md.mdp -c  E:\1rc2\1rc2_npt.gro -t  E:\1rc2\1rc2_npt.cpt -p E:\1rc2\1rc2.top -o E:\1rc2\1rc2_md_0_1.tpr -maxwarn 1gmx mdrun -nt 12 -deffnm E:\1rc2\1rc2_md_0_1

   个人可以做水溶液蛋白或者膜蛋白脂质膜体系的分子动力学模拟，以及其突变体的分子动力学模拟。有需要的可以加我微信公众号。