在linux系统里安装pyseer

简介

pyseer是进行GWAS的常用工具，然而pyseer不支持windows系统

问题

我尝试过使用python3源码包的pip命令安装pyseer，但都没有成功，只好找源码包下载安装（这就要自己装依赖）。

但是pyseer的相关依赖使用源码包下载的python3只带的pip安装十分费劲，官方教程提供的依赖模块版本，在我的虚拟机中使用pip下载，不是安装失败，就是python3导入报错。

问题解决

安装miniconda，使用conda建立虚拟环境来安装pyseer，同时会自动安装麻烦的依赖。

安装miniconda的教程：Miniconda软件安装教程（Linux）

要在命令行里让conda命令生效，需要在家目录下的.bashrc，添加上conda的bin文件夹到环境变量：

 

根据这个教程安装miniconda，速度很快。

miniconda对虚拟环境的管理

#建立虚拟环境：
#在目录/usr/local/miniconda3/envs里建立虚拟环境virtual，指定python版本3.6
conda create -n virtual python=3.6

#查看当前的环境：
conda env list

#删除虚拟环境：
conda remove -n virtual --all

例子 在指定的文件建立、删除虚拟环境：

[f@FF ~]$ conda create --prefix /home/f/virtual python=3.5

删除就用rm删除吧

[f@FF ~]$ conda env list
# conda environments:
#
                         /home/f/virtual
base                  *  /usr/local/miniconda3
virtual1                 /usr/local/miniconda3/envs/virtual1

[f@FF ~]$ rm -Rf /home/f/virtual
[f@FF ~]$ conda env list
# conda environments:
#
base                  *  /usr/local/miniconda3
virtual1                 /usr/local/miniconda3/envs/virtual1

[f@FF ~]$ 

虚拟环境的激活和失活：

#进入虚拟环境virtual1：
[f@FF ~]$ source activate virtual1
(virtual1) [f@FF ~]$ 

#退出虚拟环境：
(virtual1) [f@FF ~]$ conda deactivate
[f@FF ~]$ 

安装pyseer的相关报错和解决：

报错1：ModuleNotFoundError: No module named 'setuptools._distutils'

报错2：

Collecting DendroPy
  Using cached DendroPy-4.5.2.tar.gz (15.2 MB)
  Preparing metadata (setup.py) ... error
  error: subprocess-exited-with-error
  
  × python setup.py egg_info did not run successfully.
  │ exit code: 1
  ╰─> [1 lines of output]
      ERROR: Can not execute `setup.py` since setuptools is not available in the build environment.
      [end of output]
  
  note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip.
error: metadata-generation-failed

× Encountered error while generating package metadata.
╰─> See above for output.

note: This is an issue with the package mentioned above, not pip.
hint: See above for details

报错解决：更新pip再更新setuptools

#更新pip:
python -m pip install --upgrade pip


#更新setuptools：
pip install -U setuptools --target=<your virtual environment site-packages path>

补充：

更新setuptools为64版本后，查看调用的setuptools的版本还是36版本：

#查看命令：
pip show setuptools

原因就是更新时没有权限将旧包删掉，虽说安装上了新的包，但是新包没被调用，需要用--target选项指定setuptools的安装位置

最后查看pyseer模块版本，成功安装！

(virtual1) [root@FF f]# python -m pyseer --version
pyseer 1.1.0
(virtual1) [root@FF f]#