分子动力学
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在学习amber和gromacs的分子动力学,作为学习的笔记专栏
黄思博呀
狗子想走
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Gromacs模拟一:配体-双链蛋白质复合物体系准备
实践是检验一切的真理,这句话是一点也没错,教程也不一定全是对的,还是要自己做一遍。原创 2024-03-30 23:00:27 · 2225 阅读 · 0 评论 -
gromacs教程练习1
Gromacs软件的教程学习原创 2023-08-17 23:10:58 · 887 阅读 · 0 评论 -
巴拉巴拉分子模拟里用到的PCA
要做自由能井图,在师兄的耐心教导下(笑)我会复制代码和作图了,但还不够,还得会看(他妈的),有幸看完了Sobereva老师写的文章,边看边写是最近的习惯(主要是没记性),就有了这个东西(我觉的我悟了)。原创 2022-10-10 20:32:14 · 865 阅读 · 1 评论 -
amber软件的分子动力学模拟步骤
跑一个没有非标准残基的配体,蛋白的加溶剂体系,从准备文件到完成成品模拟大概需要做什么,都记录在这里原创 2022-09-17 10:44:50 · 2753 阅读 · 1 评论 -
用殷赋科技的小工具预测结合口袋(短)
使用殷赋科技的线上免费工具进行受体结合口袋的预测。结合文献里提及的关键残基,在VMD里放置和保存配体坐标。原创 2022-09-03 18:52:39 · 616 阅读 · 0 评论 -
amber教程5.3:带非标准残基的绿色荧光蛋白的MD
amber教程5.3,主要内容是讲解amber软件入额处理蛋白质内部的非标准残基,进行隐式溶剂模型的分子模拟。原创 2022-08-21 20:24:41 · 1545 阅读 · 1 评论 -
学习discovery studio对对接结果进行分析
使用discovery Studio Visualizer 2021软件进行分子对接后分析,主要是研究如何绘制和保存2D受体-配体相互作用图,虽然这个操作很简单。原创 2022-08-18 22:00:13 · 12588 阅读 · 4 评论 -
amber教程4.6:对体系氢键分析
cpptraj模块对体系进行H键分析,利用gnuplot和xmgrace进行绘图原创 2022-07-10 00:05:39 · 3276 阅读 · 0 评论 -
学习Amber T3.3:隐式溶剂模型(GB)的MD
做amber教程3.3,跑没有溶剂水的蛋白质模拟,GB模型会考虑溶剂对溶质的静电作用力、溶质破坏溶剂的H键网格形成的表面张力(势能的变化取决于溶质表面积的变化)。对模拟过程中in文件的参数有较详细的介绍,从升温到平衡过程中会对主链原子约束力进行由强到弱的约束。......原创 2022-07-06 19:03:32 · 2241 阅读 · 0 评论 -
利用gromacs软件绘制自由能形貌图
利用gromacs进行分子动力学轨迹分析和绘制FEL图像原创 2022-07-03 13:51:16 · 4865 阅读 · 2 评论 -
学习amber软件md的输入文件参数
学习amber教程3.2的补充,对md.in文件的参数介绍,这部分很重要,不弄懂,模拟会跑不起来原创 2022-07-02 12:02:04 · 986 阅读 · 0 评论 -
amber教程3.2:GPU查看和用pmemd引擎跑MD
做amber教程14原创 2022-07-02 11:19:30 · 1662 阅读 · 0 评论 -
用CPPTRAJ模块对分子轨迹做主成分分析(PCA)
练习amber教程,对模块cpptraj的一些操作原创 2022-06-30 15:11:44 · 3855 阅读 · 0 评论 -
cpptraj的常用命令
学习amber教程时用过的cpptraj命令,这里做一份整理原创 2022-06-21 21:42:32 · 1904 阅读 · 0 评论 -
学习amber教程A17:伞形采样,绘制丙氨酸三肽的势能面
学习amber的伞形采样教程,做后的笔记原创 2022-07-04 13:22:01 · 1414 阅读 · 0 评论 -
amber教程A17学习----概念篇
做分子动力学教程边做边学概念的理解原创 2022-06-03 23:13:02 · 1373 阅读 · 0 评论 -
关于使用VMD的对齐功能
关于VMD的对齐的使用原创 2022-05-24 19:16:01 · 918 阅读 · 0 评论 -
对分子模拟轨迹数据的分析绘图
主要是用gnuplot和origin绘制分子模拟分析常用的图原创 2022-09-02 13:35:06 · 4864 阅读 · 2 评论