学习discovery studio对对接结果进行分析

练习的文件是从rscb蛋白数据库下载的id号4zbe的KPC蛋白和自带的共晶配体NXL。

经过autodock软件完成分子对接后，我们可以得到前几个打分值较高的对接构象，在autodock内保存为pdb文件。在Discovery Studio内打开。

或者输入rcsb网站的蛋白数据库里蛋白ID，可以直接打开该蛋白。

选择图①位置【Open URL...】，在打开的窗口里输入对应的蛋白ID，就可以加载该蛋白。

从蛋白数据库得到的pdb文件是不带H原子的（结构是用X-ray预测，而H原子密度小难捕捉），就需要给蛋白添加上H原子。

同时检查这个蛋白是否连续，有没有结构缺失。

对于pdb中携带的结晶水也要去掉。

1.Discovery Studio里添加H原子：

鼠标右键打开该工具栏，点击①的位置，选择②位置的Add，添加全H

2.Discovery Studio里检查是否有H原子和蛋白质结构是否连续：

 点击图中①位置的【Display Style..】，显示提供的六种结构显示样式

③位置的样式显示样式是键线式，默认表现为黑色的C、红色的O、蓝色的N和白色的H

②位置的样式显示的类似VMD里的New Cartoon，可以方便查看蛋白质是否存在结构断裂（缺失）

3.在可视化窗口里仅展示和配体小分子相互作用的受体残基：

点击①处的【Receptor-Ligand Interactions】，出现左侧的tools窗口。

②位置的【View Interactions】里选上③和取消④（将整个受体结构隐藏掉）

选择④位置下的【Interacting Atoms】和【Pocket Atoms】，仅显示和配体有作用的原子和口袋。

效果如图，受体原子和配体原子形成的非键作用力用不同颜色虚线展示；线条效果较粗的是配体以及和配体有相互作用的受体残基，效果较浅的则是其余参与组成口袋的残基。

4.为关键残基添加标签

 在默认情况下，鼠标左键是可以对范围内结构进行框选的（被选中变黄）。

鼠标左键双键①位置的残基，右键打开工具栏，点击②位置的【labels】选项，点击【Add】

打开如下的弹窗：

 ①的位置设置对象为氨基酸，②位置设置显示的标签选项，是氨基酸3字符缩写和对应的残基ID

显示效果如图③位置

5.调整标签的位置

旋转结构时，会将部分标签遮盖，要是标签不能移动，就很难受。

 在可视化窗口的下方，有一个位置①处“倒V形”的按钮，点开展开如上图的界面。

点击②位置导航到label界面，将Movable下方框勾选，不然移动不了标签。

将标签点为黄色，按住Ctrl和鼠标标轮（按住它，它居然是中键？？），就可以拖动这个标签。

 图中将标签Asn131拉高了点

6.调整显示的非键作用力类型：

点击左侧①位置的【Interaction Options..】,弹出右侧的窗口。

图中可以选择展示的构象中存在的非键作用力。主要是H键作用、静电相互作用和疏水作用力。

图中颜色暗淡的选项，是默认勾选但是当前操作构象没有的。

在可视化窗口内典型H键（Classical Hydrogen Bond）显示为翠绿色，如图①位置，为残基O和配体H原子形成的强H键；非典型H键（Non Classical Hydrogen Bond）显示为淡绿色，如图②位置，为配体上的C上的H和残基上的O形成的弱H键。

7.1.显示受体表面：

点击【Display receptor surfaces】里位置①的H-Bond，显示受体的H键表面。

粉色表面下的受体残基是H键供体（donor），青色表面下的受体残基是H键受体（Acceptor）。

7.2.调整表面范围:

点击②位置上的Expand可进行表面的扩张，③位置的Contract可缩小表面范围。

7.3.对受体H键表面进行切片：

在如图①位置【View】选择②【Clipping Planes..】打开右侧③窗口，点击③内的按扭在可视化窗口内出现一个绿色方框，选择（方框变黄）和移动方框（Ctrl+鼠标中键）可以对表面进行切片。

点击可视化窗口左侧（图中红框④），可看见建立的PlaneObject对象，若是不能选择就勾选这个对象。

 切面效果大概就是这样

8.1。绘制受体-配体相互作用二维图：

 操作很简单，点击图中①位置的【Show 2D Diagrams】,就有图中的2D图。

8.1.2.对于绘制2D图遇到的意外情况：

有些时候，点击Tools里的【Show 2D Diagrams】不能直接显示2D图：

出现如下的弹窗:

点击【OK】 取消弹窗。

 

点击图中①框里的Tools下的【Change Forcefield】 ，出现②框里修改力场选项，要点击【Apply Forcefield】确定修改力场。

最后再重新点击【Show 2D Diagrams】，弹窗不在出现，可以显示2D图。

 

8.2.图片保存：

在Discovery Studio里不能保存pdf、tif这类矢量图，但是内存里的图片质量很好，选png格式，再提高分辨率（选precent，宽度设置为500），质量就可以满足一般发文章的要求。

参考视频：

创腾出品 | 30分钟学会使用 Discovery Studio制作文章插图-20200221_哔哩哔哩_bilibili

绘制2D图出现警告解决方法来源