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笔记
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黄思博呀
狗子想走
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Gromacs模拟一:配体-双链蛋白质复合物体系准备
实践是检验一切的真理,这句话是一点也没错,教程也不一定全是对的,还是要自己做一遍。原创 2024-03-30 23:00:27 · 1749 阅读 · 0 评论 -
在pharmit里匹配药效团
记录在pharmit里筛选诱导剂的工作流程原创 2024-03-17 00:21:28 · 546 阅读 · 0 评论 -
Bat 脚本实现监测程序进而定时关机
在虚拟机的ubuntu里跑模拟时,想到关机的问题,就试着用DOS命令写了这个bat脚本,并不复杂。在这里记录一点脚本注释,备忘。原创 2024-02-01 18:11:01 · 669 阅读 · 0 评论 -
overleaf教程:字体
学习Overleap,菜就要多练原创 2024-01-17 14:23:44 · 5378 阅读 · 0 评论 -
阅读overleaf教程:如何调整标题
在学习Overleaf,写点笔记,备忘原创 2024-01-16 14:55:23 · 1448 阅读 · 0 评论 -
Xcalibur软件Qual Brower程序的使用
对Xcalibur软件的Qual Brower软件如何使用进行学习,记录笔记。原创 2024-01-10 18:55:03 · 3380 阅读 · 0 评论 -
SPSS:多项logistic回归分析
对多种定性资料进行logistic回归分析原创 2023-12-28 15:01:50 · 12203 阅读 · 0 评论 -
gromacs教程练习1
Gromacs软件的教程学习原创 2023-08-17 23:10:58 · 761 阅读 · 0 评论 -
教程学习:Introduction to Structure Preparation and Visualization
对薛定谔软件的教程进行学习(更多是翻译),是基础的结构准备和可视化在软件中如何操作。原创 2023-07-19 23:25:26 · 214 阅读 · 0 评论 -
文献里的分子对接方法2
对文献的阅读,主要看下别人的分子对接是怎么做的,haha原创 2023-07-11 22:53:40 · 618 阅读 · 0 评论 -
文献里的分子对接方法
读文献学别人的分子对接怎么做,怎么分析,果然更好的还是要模拟和实验结合,这篇论文是实验为主,分子对接技术为辅原创 2023-07-11 10:21:53 · 452 阅读 · 0 评论 -
教程学习:AutoQSAR
学习QSAR建立药效团模型,这是官网里提到的比较简单的教程,使用AutoQSAR,用IC50转化为结合力作为因变量进行回归模型的建立。原创 2023-07-10 17:50:52 · 538 阅读 · 0 评论 -
安装OSAR_Co_X
安装QSAR_Co_X,一个开源的QSAR分析软件,经验分享原创 2023-07-08 22:24:37 · 330 阅读 · 0 评论 -
呼吸系统药物--平喘药
表示说,这几个药,我有三类(孟鲁司特、糖皮质激素类喷剂、氨茶碱),现在还在用,看了书,我才知道这些药表浅的机制和应用。原创 2022-11-27 15:59:07 · 603 阅读 · 1 评论 -
对PharmMapper数据库的研究
一点点学,大概学会如何在pharmmapper里预测成分靶点了,其实还能在swisstargetprediction里预测,然后可以取并集。原创 2022-11-08 11:06:04 · 3919 阅读 · 0 评论 -
成分—靶点网络构建
嗯,学习网络药理学,记录怎么画成分靶点网络,很多理论还没掌握,都是看着视频和文献照虎画猫(笑)原创 2022-11-07 22:42:01 · 2313 阅读 · 0 评论 -
筛多肽(水解,活性预测,毒性预测,过敏性预测....)
从UniprotKB数据库下载到蛋白质序列后,应该如何筛选出有用的肽段呢??原创 2022-11-05 16:16:19 · 5034 阅读 · 3 评论 -
读论文(人真皮成纤维细胞受紫外线辐射引起基因表达动态变化)
看文献吧,做个笔记,是建立紫外光照射人成纤维细胞模型,研究随辐射时间延长,细胞内基因表达动态变化的结果。乱七八糟地看一边,写了笔记吧,嗯,以上。原创 2022-11-05 16:14:07 · 810 阅读 · 0 评论 -
卫统课笔记(摸鱼)②:T-test
今早的卫统实验课。淦,老师的投电脑投屏啥都看不到,就知道讲了三个t检验和方差齐检验。还算是中上勤快(doge)就晚上做个笔记。真服了我的老六,宿舍二人麻将还能玩一晚上(9点说了这把打完就结束,结果...果然人都是贱骨头)原创 2022-10-25 22:36:44 · 2917 阅读 · 1 评论 -
关于卫统上机课我都学了啥??
关于我第二次卫统计算机课都学了啥(线上大型摸鱼)。就是如何利用SPSS软件输出一份数据里单变量的统计描述量,还有绘制频数图表啦。原创 2022-10-14 23:16:50 · 401 阅读 · 0 评论 -
巴拉巴拉分子模拟里用到的PCA
要做自由能井图,在师兄的耐心教导下(笑)我会复制代码和作图了,但还不够,还得会看(他妈的),有幸看完了Sobereva老师写的文章,边看边写是最近的习惯(主要是没记性),就有了这个东西(我觉的我悟了)。原创 2022-10-10 20:32:14 · 766 阅读 · 1 评论 -
amber软件的分子动力学模拟步骤
跑一个没有非标准残基的配体,蛋白的加溶剂体系,从准备文件到完成成品模拟大概需要做什么,都记录在这里原创 2022-09-17 10:44:50 · 2529 阅读 · 1 评论 -
用殷赋科技的小工具预测结合口袋(短)
使用殷赋科技的线上免费工具进行受体结合口袋的预测。结合文献里提及的关键残基,在VMD里放置和保存配体坐标。原创 2022-09-03 18:52:39 · 579 阅读 · 0 评论 -
amber教程5.3:带非标准残基的绿色荧光蛋白的MD
amber教程5.3,主要内容是讲解amber软件入额处理蛋白质内部的非标准残基,进行隐式溶剂模型的分子模拟。原创 2022-08-21 20:24:41 · 1346 阅读 · 1 评论 -
学习discovery studio对对接结果进行分析
使用discovery Studio Visualizer 2021软件进行分子对接后分析,主要是研究如何绘制和保存2D受体-配体相互作用图,虽然这个操作很简单。原创 2022-08-18 22:00:13 · 10810 阅读 · 4 评论 -
学习基因富集工具DAVID(3)
学习DAVID网页,记录关于如此在网页内实现基因富集和GO分析的笔记。原创 2022-08-01 15:28:27 · 5065 阅读 · 2 评论 -
学习基因富集工具DAVID(2)
学习DAVID基因富集,主要内容是如何操作网页完成pathways的基因富集,对数据利用excel和origin软件绘制①功能注释和count柱状图;②功能注释和pvalue的柱状图原创 2022-07-31 19:42:04 · 4959 阅读 · 0 评论 -
学习DAVID数据库(1)
在学习David,一个存储生物信息的在线数据库。文章根据B站提供的DAVID教学视频,记录了如何用DAVID进行基因ID转换。原创 2022-07-30 17:06:44 · 4085 阅读 · 0 评论 -
学习Autodock分子对接
看B站教程,学习用AutodockTool软件进行分子对接,主要内容是pdb转pdbqt文件,设置对接范围盒子,计算对接,查找前10个对接构象,对对接构象进行保存原创 2022-08-01 18:03:50 · 6423 阅读 · 3 评论 -
gnuplot软件学习笔记
这段时间在B站看一些gnuplot的教学视频,记了些笔记,对绘制H键热图,dssp和free energy landscape有些帮助。原创 2022-07-23 16:24:47 · 3144 阅读 · 0 评论 -
python爬虫学习:selenium(2)
讲解如何实现对html里选择框的点击和信息查看,对javascript弹窗的操作,selenium用得到的3种时间等待机制,简单介绍了html的常见的元素原创 2022-07-18 18:44:44 · 2442 阅读 · 0 评论 -
windows里的环境变量
对windows系统环境变量的的一些学习,还有对python环境变量的学习,主要是解决让python脚本可以利用其他python环境下安装的模块。原创 2022-07-14 19:45:18 · 3735 阅读 · 0 评论 -
python爬虫学习:selenium
selenium是进行动态网页爬虫的一个很厉害的模块,利用模拟浏览器操作进行数据爬取,这里介绍模块的安装,页面元素获取的语法,窗口标签、表单的切换,还有获取cookies和requests利用cookies避开登录问题。...原创 2022-07-14 12:00:10 · 647 阅读 · 0 评论 -
Python的字符编码
之前一直以为unicode和utf8是对等的,现在才发现utf8算是unicode的中间状态。在学习网页爬虫时,理解网页数据传输的编码机制是一个基础,不然搞不懂报错原创 2022-07-09 21:30:03 · 7439 阅读 · 0 评论 -
amber教程4.6:对体系氢键分析
cpptraj模块对体系进行H键分析,利用gnuplot和xmgrace进行绘图原创 2022-07-10 00:05:39 · 2990 阅读 · 0 评论 -
学习Amber T3.3:隐式溶剂模型(GB)的MD
做amber教程3.3,跑没有溶剂水的蛋白质模拟,GB模型会考虑溶剂对溶质的静电作用力、溶质破坏溶剂的H键网格形成的表面张力(势能的变化取决于溶质表面积的变化)。对模拟过程中in文件的参数有较详细的介绍,从升温到平衡过程中会对主链原子约束力进行由强到弱的约束。......原创 2022-07-06 19:03:32 · 2071 阅读 · 0 评论 -
爬取网页动态加载的评论
在学python爬虫,按照超星学习通的书在学。主要内容是添加requests的timeout参数,用network和XHR对象进行数据抓包,抓对应的url进行请求,最后用json进行数据提取。原创 2022-07-09 00:59:41 · 1173 阅读 · 0 评论 -
利用gromacs软件绘制自由能形貌图
利用gromacs进行分子动力学轨迹分析和绘制FEL图像原创 2022-07-03 13:51:16 · 4424 阅读 · 2 评论 -
对分子模拟轨迹数据的分析绘图
主要是用gnuplot和origin绘制分子模拟分析常用的图原创 2022-09-02 13:35:06 · 4412 阅读 · 2 评论 -
学习amber软件md的输入文件参数
学习amber教程3.2的补充,对md.in文件的参数介绍,这部分很重要,不弄懂,模拟会跑不起来原创 2022-07-02 12:02:04 · 932 阅读 · 0 评论