Uniprot数据库下载蛋白序列:
按老师在UniProt里找到的三个海藻的蛋白序列
①依次下载其蛋白质序列,例如这个T1RJY1:
②复制其氨基酸序列,在服务器里进行水解成短肽:
打开BIOPEP-UWM,我们需要模拟消化道酶类对这些序列进行水解,成短肽,挑选2~8的短肽。
选择消化道的3个酶(胃蛋白酶(pepsin)、胰蛋白酶(trypsin)、糜蛋白酶A(chymotrypsin A))做为肽段的水解酶。
③对2~8肽在下面的网页进行活性预测:
PeptideRanker 是一个基于神经网络的生物肽活性预测服务器,可以对用户上传的肽表进行活性预测,预测值(即是概率值越高,这个肽具有生物活性的可能就越大)
会对上传的肽数据集按生物活性概率进行排序,一般按概率值>0.5进行肽段的筛选。
④对有活性的肽段进行毒性和过敏性的筛选:
打开 Toixinpred 页面如下,进行毒性的预测:
点击【batch Submission】
将要预测的肽段输入到框内(框③),勾选All(框①),点击run analysis(框②)
等待结果。
在AllerTOP Server Page 中进行过敏性的筛查
⑥进行胃肠吸收度的筛选:
在 SwissAMDE 网站里进行操作
有些多肽(例如AF、PIF)不能在网页里得到它们的SWISS号,可以在 纽普生物 网站里获取,再拷贝到SwissAMDE网页里进行胃肠吸收度的检查。
swissAMDE里,可以得到类似以下的结果,框①就是这个蛋白预测出的胃肠吸收度,Low结果说明这个短肽胃肠吸收度低。
⑦进行半衰期的检查
找 plifepred 网站里导入我们经过胃肠吸收度进一步筛选出的短肽(如图)
在框①里导入筛出的多肽(注意格式)
点击下面框②的run analysis,得到结果。
⑧进行苦味的预测
进入 网页,如图,点击框①BIOPEP-UWM,再使用工具Sensory peptides and amino acids(框②):
点击analysis进入分析网页:
还有一个是进行生物功能活性的预测的