筛多肽(水解,活性预测,毒性预测,过敏性预测....)

Uniprot数据库下载蛋白序列:

按老师在UniProt里找到的三个海藻的蛋白序列

①依次下载其蛋白质序列,例如这个T1RJY1:

②复制其氨基酸序列,在服务器里进行水解成短肽:

打开BIOPEP-UWM,我们需要模拟消化道酶类对这些序列进行水解,成短肽,挑选2~8的短肽。

 选择消化道的3个酶(胃蛋白酶(pepsin)、胰蛋白酶(trypsin)、糜蛋白酶A(chymotrypsin A))做为肽段的水解酶。

③对2~8肽在下面的网页进行活性预测:

PeptideRanker 是一个基于神经网络的生物肽活性预测服务器,可以对用户上传的肽表进行活性预测,预测值(即是概率值越高,这个肽具有生物活性的可能就越大)

会对上传的肽数据集按生物活性概率进行排序,一般按概率值>0.5进行肽段的筛选。

④对有活性的肽段进行毒性和过敏性的筛选:

打开 Toixinpred 页面如下,进行毒性的预测:

点击【batch Submission】

 将要预测的肽段输入到框内(框③),勾选All(框①),点击run analysis(框②)

 等待结果。

AllerTOP Server Page 中进行过敏性的筛查

⑥进行胃肠吸收度的筛选:

 在 SwissAMDE  网站里进行操作

有些多肽(例如AF、PIF)不能在网页里得到它们的SWISS号,可以在 纽普生物  网站里获取,再拷贝到SwissAMDE网页里进行胃肠吸收度的检查。

swissAMDE里,可以得到类似以下的结果,框①就是这个蛋白预测出的胃肠吸收度,Low结果说明这个短肽胃肠吸收度低。

⑦进行半衰期的检查

找 plifepred  网站里导入我们经过胃肠吸收度进一步筛选出的短肽(如图)

 在框①里导入筛出的多肽(注意格式)

点击下面框②的run analysis,得到结果。

⑧进行苦味的预测

进入  网页,如图,点击框①BIOPEP-UWM,再使用工具Sensory  peptides and amino acids(框②):

 点击analysis进入分析网页:

还有一个是进行生物功能活性的预测的

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蛋白质功能预测蛋白质是生物体中普遍存在的一类重要生物大分子,由天然氨基酸通过肽键连接而成。它具有复杂的分子结构和特定的生物功能,是表达生物遗传性状的一类主要物质。 蛋白质的结构可分为四级:一级结构是组成蛋白质多肽链的线性氨基酸序列;二级结构是依靠不同氨基酸之间的C=O和N-H基团间的氢键形成的稳定结构,主要为α螺旋和β折叠;三级结构是通过多个二级结构元素在三维空间的排列所形成的一个蛋白质分子的三维结构;四级结构用于描述由不同多肽链(亚基)间相互作用形成具有功能的蛋白质复合物分子。 蛋白质在生物体内具有多种功能,包括提供能量、维持电解质平衡、信息交流、构成人的身体以及免疫等。例如,蛋白质分解可以为人体提供能量,每克蛋白质能产生4千卡的热能;血液里的蛋白质能帮助维持体内的酸碱平衡和血液的渗透压;蛋白质是组成人体器官组织的重要物质,可以修复受损的器官功能,以及维持细胞的生长和更新;蛋白质也是构成多种生理活性的物质,如免疫球蛋白,具有维持机体正常免疫功能的作用。 蛋白质的合成是指生物按照从脱氧核糖核酸(DNA)转录得到的信使核糖核酸(mRNA)上的遗传信息合成蛋白质的过程。这个过程包括氨基酸的活化、多肽链合成的起始、肽链的延长、肽链的终止和释放以及蛋白质合成后的加工修饰等步骤。 蛋白质降解是指食物中的蛋白质经过蛋白质降解酶的作用降解为多肽和氨基酸然后被人体吸收的过程。这个过程在细胞的生理活动中发挥着极其重要的作用,例如将蛋白质降解后成为小分子的氨基酸,并被循环利用;处理错误折叠的蛋白质以及多余组分,使之降解,以防机体产生错误应答。 总的来说,蛋白质是生物体内不可或缺的一类重要物质,对于维持生物体的正常生理功能具有至关重要的作用。
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