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linux
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linux系统的一些操作
黄思博呀
狗子想走
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amber软件的分子动力学模拟步骤
跑一个没有非标准残基的配体,蛋白的加溶剂体系,从准备文件到完成成品模拟大概需要做什么,都记录在这里原创 2022-09-17 10:44:50 · 2529 阅读 · 1 评论 -
amber教程5.3:带非标准残基的绿色荧光蛋白的MD
amber教程5.3,主要内容是讲解amber软件入额处理蛋白质内部的非标准残基,进行隐式溶剂模型的分子模拟。原创 2022-08-21 20:24:41 · 1346 阅读 · 1 评论 -
amber教程4.6:对体系氢键分析
cpptraj模块对体系进行H键分析,利用gnuplot和xmgrace进行绘图原创 2022-07-10 00:05:39 · 2990 阅读 · 0 评论 -
学习Amber T3.3:隐式溶剂模型(GB)的MD
做amber教程3.3,跑没有溶剂水的蛋白质模拟,GB模型会考虑溶剂对溶质的静电作用力、溶质破坏溶剂的H键网格形成的表面张力(势能的变化取决于溶质表面积的变化)。对模拟过程中in文件的参数有较详细的介绍,从升温到平衡过程中会对主链原子约束力进行由强到弱的约束。......原创 2022-07-06 19:03:32 · 2072 阅读 · 0 评论 -
利用gromacs软件绘制自由能形貌图
利用gromacs进行分子动力学轨迹分析和绘制FEL图像原创 2022-07-03 13:51:16 · 4424 阅读 · 2 评论 -
对分子模拟轨迹数据的分析绘图
主要是用gnuplot和origin绘制分子模拟分析常用的图原创 2022-09-02 13:35:06 · 4412 阅读 · 2 评论 -
学习amber软件md的输入文件参数
学习amber教程3.2的补充,对md.in文件的参数介绍,这部分很重要,不弄懂,模拟会跑不起来原创 2022-07-02 12:02:04 · 932 阅读 · 0 评论 -
amber教程3.2:GPU查看和用pmemd引擎跑MD
做amber教程14原创 2022-07-02 11:19:30 · 1500 阅读 · 0 评论 -
用CPPTRAJ模块对分子轨迹做主成分分析(PCA)
练习amber教程,对模块cpptraj的一些操作原创 2022-06-30 15:11:44 · 3541 阅读 · 0 评论 -
cpptraj的常用命令
学习amber教程时用过的cpptraj命令,这里做一份整理原创 2022-06-21 21:42:32 · 1768 阅读 · 0 评论 -
学习amber教程A17:伞形采样,绘制丙氨酸三肽的势能面
学习amber的伞形采样教程,做后的笔记原创 2022-07-04 13:22:01 · 1294 阅读 · 0 评论 -
关于后台挂载,进程管理的学习
在用ssh链接远程主机时,要如何正确的运行命令不会中断。原创 2022-06-06 23:17:09 · 542 阅读 · 0 评论 -
关于如何在终端设置有颜色的字体
一个简单的linux知识,关于字体颜色和显示风格修改的原创 2022-06-04 22:25:07 · 793 阅读 · 0 评论 -
amber教程A17学习----概念篇
做分子动力学教程边做边学概念的理解原创 2022-06-03 23:13:02 · 1270 阅读 · 0 评论 -
在linux系统里安装pyseer
学习GWAS,第一步是学习pyseer,学习pyseer,第一步是安装pyseer原创 2022-05-18 11:48:22 · 347 阅读 · 0 评论 -
关于pip安装报错、pip指定路径安装模块以及批量安装
pip报错的解决,pip模块定向安装,pip的批量安装原创 2022-05-13 22:15:54 · 11011 阅读 · 2 评论 -
关于linux下python2安装pip
在python2中安装pip的方法和使用原创 2022-05-14 01:17:05 · 3381 阅读 · 0 评论 -
使用pip使用报错:pip is configured with locations that require TLS/SSL
关于安装python3.10时,完成安装后,pip不能使用出现的报错,目前报错已经解除。原创 2022-05-14 21:53:19 · 10694 阅读 · 1 评论 -
Centos系统安装Gromacs
Gromcas是当下用于分子模拟和数据分析的软件,最重要的是,这个软件的源代码是开源的。本次文章介绍如何在Centos7系统里安装Gromacs。原创 2022-05-02 21:06:15 · 2613 阅读 · 1 评论