ORFfinder的linux版本使用（本地化ORFfinder）

先上ORFfinder的网址  https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/

主页长这样，可以清楚看到蓝色标注的linux ×64，点击它，进入如下页面：

点击下载 ORFfinder.gz即可。

然后在自定义目录下进行解压即可，.gz解压命令：gunzip ORFfinder.gz

关于具体操作，可以点击Parent Directory到上一级目录进行查看。

CHANGELOG.txt：版本更改日志

FASTA_example.fsa：一个示例的FASTA文件

ORFfinder.asn_spec.txt： 不知道干嘛的，看不懂

USAGE.txt： 使用说明

这里记录下使用过程中必须指定的一些参数,根据理解加了一些注释。

*** Input query options (one of them has to be provided): //查询文件
 -in <File_In>
   name of file with the nucleotide sequence in FASTA format
   (more than one sequence is allowed)
   Default = `'
 -id <String>
   Accession or gi number of the nucleotide sequence
   (ignored, if the file name is provided)
   Default = `'

 *** Query sequence details:      //查询细节
 -b <Integer>     //要处理的序列片段的起始地址
   默认值= 1
   Start address of sequence fragment to be processed
   Default = `1'
 -e <Integer>    //要处理的序列片段的终止地址（0-到末尾
   顺序）
   默认值= 0
   Stop address of sequence fragment to be processed (0 - to the end of the
   sequence)
   Default = `0'
 -c <Boolean>     //暂不可用
   Is the sequence circular? (t/f) *** Under development
   Default = `false'

 *** Search parameters:     //搜索参数
 -g <Integer>
   Genetic code to use (1-31)
   see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi for details
   Default = `1'
 -s <Integer>
   ORF start codon to use:  //ORF起始密码子使用：
       0 = "ATG" only  //仅“ ATG”
       1 = "ATG" and alternative initiation codons //“ ATG”和其他起始密码子
       2 = any sense codon //任何有义密码子
   Default = `1'
 -ml <Integer>
   Minimal length of the ORF (nt)  //ORF的最小长度（nt）
   Value less than 30 is automatically changed by 30.  //最小30
   Default = `75'
 -n <Boolean>
   Ignore nested ORFs (completely placed within another) //忽略嵌套的ORF
   Default = `false'
 -strand <String>
   Output ORFs on specified strand only (both|plus|minus) //仅在指定链上输出ORF
   Default = `both'

 *** Output options:   //输出选项
 -out <File_Out>
   Output file name
 -outfmt <Integer>
   Output options:
       0 = list of ORFs in FASTA format  //FASTA格式的ORF列表
       1 = CDS in FASTA format   //FASTA格式的CDS
       2 = Text ASN.1   //文字ASN.1
       3 = Feature table  //功能表
   Default = `0'

下面开始实际操作，有个大坑，M1芯片的MacBook装了Linu也用不了这个，硬件问题。。。。（目前M1开发还是有挺多坑的）

好在有老师提供的服务器可以用。

这里用了一个自己的序列文件进行测试，也可以用前面官方提供的示例文件。

ORFfinder -in 13585.fasta -s 0 -ml 75 -out 13585-0.out -outfmt 0
ORFfinder -in 13585.fasta -s 0 -ml 75 -out 13585.out

我这里需要在前面加"./", 不然会提示"ORFfinder：未找到命令"

./ORFfinder -in 13585.fasta -s 0 -ml 75 -out 13585-0.out -outfmt 0
./ORFfinder -in 13585.fasta -s 0 -ml 75 -out 13585.out

输出文件长这样：

这是用网页版的结果，可以看到是完全一致的。

可见这个工具还是超级好使用的。

 

遇到的一些小问题及解决方法：

Q1:提示权限不够

我这里是解决赋予777权限即可。

Q2:   ./ORFfinder: error while loading shared libraries: libuv.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory

之前没出现过这个问题，换了服务器突然出现报错,经了解发现应该是libuv.so库找不到导致。

解决方法：https://www.cnblogs.com/lisuyun/p/7080401.html

注意：先看看自己的/usr/local/lib/ 路径下是否的确存在目标库，我的就是根本不存在....

那么此方法就不适用了，显然需要自己去安装libuv.so库才可以。

libuv.so安装：linux下libuv库安装教程

遇到一个问题，不能使用root用户

那么就需要创建一个普通账户。

Linux创建普通用户以及权限的分配

这里又遇到新的问题，提示 新用户不在 sudoers 文件中。

也就是这个用户没法得到超级用户权限，

解决方法：https://blog.csdn.net/u014686180/article/details/44701961

Q3：./ORFfinder: error while loading shared libraries: libnghttp2.so.14: cannot open shared object file: No such file or directory

与Q2一样的问题！！

https://www.jianshu.com/p/a49c3926de05

安装过程中发现python版本又有问题，那还是先安装conda好了。。。

conda的安装与使用

顺便推荐一个很好的文章：https://dalewushuang.blog.csdn.net/article/details/82982937

新问题：

解决方法：version `CXXABI_1.3.8‘ not found

至此，终于可以正常使用了，真不容易啊！！！QAQ