lammps在win10子系统(Ubuntu)下的简易安装

更正内容:
20.04版本
在使用官方源的情况下,采用官方安装教程
注意,若更改软件源,可能导致安装失败。
python-virtualenv 会提示安装失败,可忽略,不安装此软件。

位于安装包 目录下

cd /src
make package-status	#查看各模块是否启用或关闭
make yes-Module-name	#开启 Module-name此模块
make no-Module-name	#关闭 Module-name此模块

在这里插入图片描述

重新编译前一定需要执行

make clean-all  # 清理上次编译文件

以下内容为旧版,仅参考!
—————————————————————————————————————————————

我是一名初学者,有不对的地方,请大家多多指教。

我看过很多安装教程,搜索引擎上面一搜索就让我们眼花缭乱。作为一位linux的小白,我们必须自立更生!

其实大多数的教程都是把lammps官网的安装教程翻译成了中文,当然,作为一名小白,我也不会例外,毕竟还是要相信官方。凡是从简到繁,从易到难,这是目前最简单的安装方法(不包括编译,我还没学会编译!)。

接下来是lammps官方提供的专用于win10子系统Ubuntu下的安装教程,同理其实应该适用于所有Ubuntu系统。

一、在win10中安装Ubuntu

win10的子系统只能在某些版本中开启,具体请另行查询。此建议专业版,不建议家庭版。
启用开发者模式
通过首先打开Windows设置并启用开发人员模式来启用此功能。转到Windows设置并搜索“开发人员”。这将允许您安装Windows Store外部的软件,需要重启电脑。
在这里插入图片描述
安装适用于Linux的Windows子系统
同样,在“设置”对话框中搜索“启用或关闭Windows功能”。这将打开一个对话框,其中列出了可以安装的功能。在“适用于Linux的Windows子系统”上添加一个选中标记,然后按确定。
在这里插入图片描述
为Windows安装Bash
安装完成后,在Microsoft Store中搜索“ Ubuntu”。选择找到的选项。下载并安装。
在这里插入图片描述
安装完成后,在开始菜单中找到以下图标,并单击打开。
在这里插入图片描述
出现一个命令行窗口,请按提示进行设置账号和密码操作,Ubuntu安装成功!

二、更新Ubuntu软件源

1、备份

sudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.bk

2、编辑

sudo vim /etc/apt/sources.list #vim使用方法请自行百度

请注释掉其他地址(在没加#号的所有地址前加#号)
在文档最后添加一下源地址(复制粘贴即可)
建议使用阿里源,其他源请自行百度

deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-security main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-proposed main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-security main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-proposed main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse

保存并退出
3、执行命令

sudo apt-get update
sudo apt-get -f install
sudo apt-get upgrade
sudo apt-get dist-upgrade

三、使用ssh连接Ubuntu

  1. 安装 ssh-server
sudo apt install openssh-server
  1. 修改 ssh-server 配置
cp /etc/ssh/sshd_config /etc/ssh/sshd_config.bak
sudo vim /etc/ssh/sshd_config

需要修改以下几项:

Port 2222 # 默认的是22,但是windows有自己的ssh服务,也是端口22,防止端口占用
ListenAddress 0.0.0.0 
LoginGraceTime 120 
PermitRootLogin yes 
StrictModes yes 
PubkeyAuthentication no # 是否允许公钥认证,默认值为"yes",修改为no 
PasswordAuthentication yes #是否允许使用基于密码的认证。修改为yes 
RSAAuthentication no # 是否允许使用纯RSA公钥认证,默认值为"yes"修改为no

这里需要仔细更改,bash页面颜色不易分辨。

  1. 启动 ssh server
sudo service ssh restart #如果提示sshd error: could not load host key,则用下面的命令重新生成 
dpkg-reconfigure openssh-server #执行上述命令后,会有提示选择,直接按Enter即可
  1. 查看IP地址
ifconfig

6.设置开机启动ssh服务:
此时还不完善,因为ubuntu是windows子系统,子系统的开机并没有自启动ssh的功能.需要利用脚本去实现.
配置ubuntu的脚本
#创建init.wsl文件,保存并保存.注意#! /bin/sh这行不是注释,是sh解释器的指定方式.以下三行:第一行为创建文件,二三两行是编写的内容

vim /etc/init.wsl
#! /bin/sh 
/etc/init.d/ssh $1 

添加执行权限

chmod +x /etc/init.wsl 

编辑sudoers,避免输入密码

vim /etc/sudoers #添加以下这行到该文件
%sudo ALL=NOPASSWD:/etc/init.wsl

配置windos脚本
先在运行>命令(win+r)中输入shell:startup打开启动文件夹

再在该文件夹中创建文件ubuntu1804.vbs
将以下内容写入该文件并保存

Set ws = CreateObject("Wscript.Shell")
ws.run "ubuntu run sudo /etc/init.wsl start", vbhide

7.以后开机就可以利用远程操作软件直接连接刚才配置的127.0.0.1的子系统了
建议使用winscp和putty,无广告嫌疑,只因为免费!

注意
如果winscp提示传输文件没有权限:

  1. 首先设置 root 密码
sudo passwd root
[sudo] password for luban:        //输入当前普通用户的密码
Enter new UNIX password:          //给root设置密码
Retype new UNIX password:         //确认输入密码
passwd: password updated successfully
  1. 启动 ssh server
sudo service ssh restart

四、安装lammps

可以作为Debian软件包下载适合在最新的Ubuntu Linux版本上运行的预构建的LAMMPS可执行文件。这使您可以使用单个命令来安装LAMMPS,并通过简单地更新操作系统来保持最新版本的LAMMPS。

要安装适当的个人软件包归档文件(PPA),请执行一次以下操作:

由于网络原因可能会提示失败,请反复尝试,楼主在安装时,基本需要下载5次以上,请不要放弃

sudo add-apt-repository ppa:gladky-anton/lammps
sudo apt-get update

要安装LAMMPS,请执行以下操作一次:

$ sudo apt-get install lammps-daily

这会将名为“ lmp_daily”的可执行文件下载到您的系统中,然后可以在具有in文件的文件夹输入脚本:
注意in文件名

$ lmp_daily -in in.lj

要将LAMMPS更新到最新版本,请执行以下操作:

$ sudo apt-get update

这也将更新系统上的其他软件包。

本文综合了win10子系统Ubuntu的安装及简单设置,同时引用了lammps官网的安装教程。

欢迎批评指正!

### 回答1: 在Ubuntu安装LAMMPS并行版本,需要先安装MPI库,如OpenMPI或MPICH。然后下载LAMMPS源代码,解压后进入src目录,执行make mpi -j4命令进行编译。其中,-j4表示使用4个线程进行编译,可以根据实际情况进行调整。编译完成后,可以在src目录下找到lmp_mpi可执行文件,即为LAMMPS并行版本。 ### 回答2: 在Ubuntu系统下,对于LAMMPS的并行安装需要进行以下步骤: 1. 安装编译器和MPI库 LAMMPS需要MPI库支持进行并行计算,因此需要先安装编译器和MPI库。我们可以使用apt-get命令进行安装sudo apt-get install g++ libopenmpi-dev 2. 下载LAMMPS 可以通过LAMMPS官网下载最新版本的LAMMPS源码包,也可以使用git命令下载: git clone https://github.com/lammps/lammps.git 3. 编译并行版本的LAMMPS 进入LAMMPS源码目录,执行make命令编译并行版本的LAMMPS: cd lammps/src make mpi 编译成功后,将会在LAMMPS源码目录下生成一个lmp_mpi可执行文件。这个可执行文件就是并行版本的LAMMPS。 4. 运行并行版本的LAMMPS 在命令行中运行并行版本的LAMMPS,需要使用mpiexec命令,指定使用的进程数和运行LAMMPS的命令: mpiexec -n 4 ./lmp_mpi -in input_file.in 以上命令中,-n 4表示使用4个进程,./lmp_mpi是并行版本的LAMMPS可执行文件,-in input_file.in表示运行的输入文件。 通过以上步骤,就可以在Ubuntu系统下成功进行LAMMPS的并行安装,并进行应用。需要注意的是,LAMMPS的并行计算需要有足够的CPU核心和内存支持,否则可能会出现运行失败的情况。 ### 回答3: LAMMPS是一种用于分子动力学模拟的开源程序,在Ubuntu系统下进行安装需要考虑到其并行化的特性。下面将为大家详细讲述如何在Ubuntu安装LAMMPS并实现并行化。 1. 环境准备 在开始安装LAMMPS之前,需要先配置好相应的环境。需要确保Ubuntu系统中安装的是MPI并行库(如MPICH,OpenMPI等)。 2. 下载LAMMPSLAMMPS官网下载最新版的源代码并解压缩。在终端中进入解压后的文件夹中。 3. 编译 在终端中输入以下命令进行编译: make mpi 在编译过程中,需要先检查一下是否已经安装了必备的编译软件。如果没有安装则需要先进行安装。比如,如果提示没有安装g++,则需要使用以下命令安装sudo apt-get install g++ 如果在编译过程中出现错误,则需要根据错误信息进行相应的处理。 4. 并行化 LAMMPS支持许多不同的并行化方式,包括MPI并行化方式。在Ubuntu系统中,使用MPI并行库可以实现LAMMPS的并行化。 在终端中输入以下命令以使用4个进程进行并行计算: mpiexec -n 4 lmp_mpi -in input_file.in 其中,input_file.in为输入文件名,可以根据需要进行修改。使用具体的进程数进行计算时,需要调整-n后的数字。 5. 测试 在执行并行化计算之前,需要进行一些测试以确保正确性。可以使用其自带的测试文件进行测试。 在终端中输入以下命令以运行测试: make test 在测试过程中出现错误时,需要根据错误信息进行相应的处理。 以上就是在Ubuntu系统下使用MPI并行化安装LAMMPS的详细过程。需要注意的是,不同的操作系统下安装方式可能会有所不同,具体可以参考相应的安装说明。
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