20211221 - 可视化RNA二级结构-主要是arc diagram

预期的效果图DSSR介绍文档中的图

实际实现的图

缺点：base上面的数字看不清楚

Structure Editor

官方网站
https://www.urmc.rochester.edu/rna/
下载链接 （需要科学上网才能打开）
https://rochester.app.box.com/s/lnjtj4t8vvi18y25x4b9qydz2k5vsvhe

成功 VARNA （基于Java的jar）

1. 官方下载VARNA 的jar包
   

2. 安装 java running，即 jre
   然后选这个文件夹下/bin/java.exe 打开jar上述jar包即可显示窗口
   
   
   GUI上只能显示这一种图，命令行不指定输出目录，即 -o 参数，则也可以打开GUI显示，但是指定算法的命令不起作用

3. 查看相关命令
   四种二级结构展示形式，直接输出到文件打开显示
   -resolution 110 尝试了多种图像的分辨率，绘制6ZVK， 最多设置成了110，成功运行，换成其他RNA又会报错，即使110，放大图像到极限，也看不清楚base上面的数字

参数algorithm 设置为line算法就可以了

java -cp VARNAv3-93.jar fr.orsay.lri.varna.applications.VARNAcmd -i D:\data\dssr_output\6ZVK\dssr-2ndstrs.dbn -o 6ZVK.png -algorithm line -resolution 50

里面的三种方式都尝试画了一下，以及默认的方式

• line
  

• circular

• neview
  

• radiate [默认]
  

失败的尝试 - RChie/R4RNA

网站里面的图很漂亮
该R包的官方使用手册 https://e-rna.org/r-chie/files/R4RNA_manual_2021.pdf

• 首先是 rna-tools 中提到了很多有用的rna工具，其中包括这个绘制二级结构的工具，安装方法
• 安装R语言， RChie 工具

1. RChie 下载之后是这样
   

2.1 根据官方给的命令在R中安装Rchie – 失败

# https://rna-tools.readthedocs.io/en/latest/tools.html#secondary-structure-format-conversion
path_to_file = 'D:\\Program Files\\R\\Rlib\\r-chie\\R4RNA'
install.packages("path_to_file", repos = NULL, type="source")
# Install the optparse and RColorBrewer
install.packages('optparse')
install.packages('RColorBrewer')

2.2 根据另一个博客先安装BiocManager 再直接安装RChie – 成功

install.packages("BiocManager")
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("R4RNA")
browseVignettes("R4RNA")

在R中运行Rchie

3. 在R里面运行案例

data(helix) # 报错

4. 传入的参数是什么

bpseq格式文件是三列

ct格式大于4列

个人认为里面应该是输入 A的位置和内容，B的位置和内容
而不能直接处理DSSR生成的文件，另行处理太麻烦了

在python中使用Rchie

如果找到了BiocManager安装的RChie包的安装位置，可以试试2.1的后续教程，用python直接输入原始序列和dot-bracket序列即可作图

其他包 arc-diagrams

看上去也需要另外做转换，如果后续想画更好看的图可以尝试
主要是没有清晰的说明文档，没有继续研究这个工具了
https://github.com/aomader/arc-diagrams