Mac OS X系统 Circos0.69 安装步骤及bug排查

最新推荐文章于 2024-07-13 09:55:51 发布
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文章标签： xcode macos bash perl
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版权

Circos 安装

引言

Circos官网 提供了具体但是繁琐而且混乱的安装教程，安装、教程、答疑等label下包括了各个板块所有的内容，加之不同的操作系统的安装方式也不一样，让人看的非常疑惑。现在安装完成了做个整理，以便日后需要回顾。

系统

我的安装系统是 MacBook Pro (13-inch, 2020, Four Thunderbolt 3 ports)

配置及预置

Xcode & Perl

Mac系统安装Perl是通过安装Xcode，根据官网的Mac OS X的这个链接查看，登陆Mac的账户然后根据指令安装。

Circos安装

下载circos。 在Software>Download 可以找到各个下载地址。我下载了很早的一个command显示没有bug的版本。下载后解压到一个适合的位置，就不要移动了，因为事后会把文件位置加入Path以便后续访问。
安装好后，你可以在下载的文件夹中找到/bin这个目录，按照官网Documentation>Tutorial>Configuration>

最低0.47元/天 解锁文章
KyrieNakoo
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Circos入门教程
bgicollege的博客
11-12 2999
1 Circos简介 Circos是一个非常酷炫的基因组数据可视化软件，能够将基因组数据映射到环形的基因组坐标上，用相互嵌套的环道来展示基因组数据，还可以通过连接线来呈现基因组区块之间的关系。Circos的开发者是一位加拿大的生物信息学家Martin Krzywinski，值得一提的是，他还是一位专业的摄影师。于是，科学和艺术的交融，催生了Circos这款强大的可视化软件，果真不懂艺术的码农不是好的生物学家。 自从Circos诞生以后，圈图就成了生物信息可视化的明星图形，不时见诸顶尖杂志的文章。尽管有意见
circos报错处理：Error parsing the configuration file
青苔先生的博客
05-09 2493
circos CONFIGURATION FILE ERROR Error parsing the configuration file. 环境 系统：Ubuntu 18.04 安装 sudo apt install circos 报错 lzn@lzn-PC:~/CKX/gene_duplication/circos$ circos -conf circos.conf debuggroup summary 0.12s welcome to circos v0.69-6 31 July 2017 on
1-1. install circos-0.69-6 on redhat linux server 7
where is redhat
11-16 292
#显示当前路径 [arthur@localhost Desktop]$ pwd /home/arthur/Desktop #返回当前用户主目录 [arthur@localhost Desktop]$ cd ~ [arthur@localhost ~]$ ls Desktop Documents Downloads Music Pictures Public Templates Vi...
从零开始学Circos绘制圈图（一）
xuzhougeng blog
07-26 9539
一般基因组文章都会有下面这种酷炫图，用来描述基因组的基因密度分布，转座子的密度分布，和其他物种或者多倍体的多套染色体间的共线性关系，以及其他各种你只要测序就能加上的信息，比如说你要是测了ATAC-seq，加上全基因组开放状态，要是测了多个组织，多个时期的RNA-seq，那就加上热图展现这种变化关系。 circos绘制基因组 当然除了基因组文章，其他类型的文章也可以考虑这...
CIRCOS圈图绘制 - circos安装
悟道西方
06-20 339
是绘制圈图的神器，在http://circos.ca/images/页面有很多CIRCOS可视化的示例。Circos可以在线使用，在线使用时是把表格转为圈图，不过只允许最大75行和75列；做一些简单的示意图会比较好，最后时会介绍下在线的tableviewer的使用。也可以安装在本地，在本地可以绘制基于基因组的更复杂的图。Circos由Perl写成，安装相对简单，只要Perl的包都装好了就可以了。
Linux下软件安装：Circos
续起大胡子
07-07 1434
Linux中安装Circos的过程，该软件主要用于绘制圈图。
Circos在Windows下的安装教程
qq_42318911的博客
05-24 1207
这里写自定义目录标题Circos简介安装Perl 的安装Circos安装安装及解压安装Modules测试用例官方文档 Circos简介 （来源官网：http://circos.ca/software/readme/ O.INTRODUCTION部分） Circos is a program for the generation of publication-quality, circularly composited renditions of genomic data and related annot
【茗创科技】最酷的脑功能连接图--Circos安装教程
u011661076的博客
06-22 1442
大家好，这里是 “茗创科技” 。茗创科技专注于脑科学数据处理，涵盖（EEG/ERP, fMRI,结构像,DTI,ASL, ,FNIRS）等，欢迎留言讨论及转发推荐，也欢迎了解茗创科技的脑电课程，数据处理服务及脑科学工作站销售业务，可添加我们的工程师（MCKJ-zhouyi或17373158786）咨询。你还在用这些方式呈现脑功能连接图吗？这样？ 这样？ 或者这样？ 想知道如何让自己绘制的功能连接图更好看，在一众论文中脱颖而出，吸引审稿人的目光吗？想把自己从审美疲劳中解放出来，画出像下面这样的图吗？ 那么就必
Circos-中文.pdf
09-30
对于Unix（包括Linux和Mac OS X）用户，Perl通常已预装，但可能需要更新或安装特定的Perl模块。在Windows环境下，你需要安装Perl，推荐使用Strawberry Perl或ActiveState Perl，它们带有包管理器，便于管理模块。...
circos-可视化自由软件-中文简介-by-nodexy
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Circos 采用 Perl 编写，因此可以在装有 Perl 的任何操作系统上运行。Circos 输出 PNG 和 SVG 格式的、达到可发表质量的信息图片。 Circos 的主要特点是： * 可以处理大量数据对象及其之间的关系 * 采用圆形风格的...
【分享】Circos最新版本
04-10
Circos是一款强大的数据可视化工具，尤其在生物信息学领域被广泛应用，用于展示基因组、蛋白质相互作用网络、染色质互作等复杂数据。它以其独特的环状布局和丰富的图形设计，使得复杂的多维度数据得以清晰、直观地...
ShinyCircos：用于交互式创建Circos绘图的Rshiny应用程序
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闪亮的杂技 这是“ ”（Yu等人Bioinformatics。2017 ）中介绍的Shiny应用程序的存储库。 使用ShinyCircos的帮助手册[ ] 在线使用ShinyCircos ... 步骤1：安装R和RStudio 在运行应用程序之前，您需要安
跨平台开发新纪元：Xcode的多平台应用构建指南
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Xcode的项目依赖管理是软件开发中的一个重要环节。通过CocoaPods、Carthage和Swift Package Manager，你可以高效地管理项目依赖，确保项目的稳定性和可维护性。本文的详细介绍和示例代码将帮助你精通Xcode的依赖管理，提升你的开发效率和项目质量。请注意，本文提供的代码示例仅供参考，具体的实现细节可能会根据Xcode及相关依赖管理工具的版本和项目需求的不同而有所变化。始终建议查阅最新的官方文档以获取最准确的信息。
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