Qualimap 对比对好的排序后的bam文件的统计分析

最新推荐文章于 2023-03-12 19:29:32 发布

随风而逝*

最新推荐文章于 2023-03-12 19:29:32 发布

阅读量4.2k

点赞数 6

文章标签：生物信息 bam Qualimap

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_41869644/article/details/88821552

版权

1.Qualimap这个软件输入的bam必须是sort后的。

2.使用命令如下：

qualimap --java-mem-size=35G bamqc -bam /export/rawdata/0.NGS/BJXWZ-201812001/DM18A2292-1/outdir/2.BwaMapOutDir/DM18A2292-1.sort.bam -outdir bamqc_result -outformat PDF:HTML

3.最后生成的PDF为结果文件。部分结果如下所示：

确定要放弃本次机会？

福利倒计时

: :

立减 ¥

普通VIP年卡可用

立即使用

随风而逝*

关注关注

6
点赞
踩
6

收藏

觉得还不错? 一键收藏
0
评论
复制链接

分享到 QQ

分享到新浪微博

扫一扫

RNA-seq分析：Step1（软件的安装及配置）

沉香best的博客

08-19

2555

好几个月没有跑RNA-seq分析了，为防止遗忘，特整理分析流程于转录组分析专栏。RNA-seq分析是生信分析流程比较入门的操作，常规的分析主要包括差异基因表达分析、GO和KEGG分析和WGCNA分析。一般来说，前两个分析是最为常见的，第三个主要存在于纯转录组分析文章中。本文主要讲述转录组分析的第一步，软件的安装和配置。

生信分析进阶3 - pysam操作bam文件统计unique reads和mapped reads高级技巧合辑

热门推荐

laurelgirl的博客

02-22

3万+

提前申明：该贴参照于https://www.jianshu.com/p/e8cd62ba14fe 标题1. 用conda安装RNA-seq所需要 #启动conda自设环境 conda activate python3 或者用 source activate python3 #安装所需软件(conda可以同时安装多个软件，但是建议初学者还是选择逐一安装，避免出现错误) conda inst...

render_notebook()结果没有图_5. 比对结果的质控

weixin_39624606的博客

11-30

1574

variant-calling-pipeline:使用freebayes和bcftools对排序的bam文件进行变体调用的管道

03-29

这是一个管道的存储库，该管道是为对的降采样数据集进行变体调用而编写的。下采样的数据集由仅映射到20号染色体的读段组成。管道使用两个工具调用变量，稍后将比较它们的最终输出： bcftools FreeBayes 两种...

bam文件标签含义.pdf

11-25

BAM 文件标签含义详解 ...BAM 文件中的标签是一个非常重要的概念，它们可以帮助我们更好地理解和处理高通量测序数据。但是，标签的使用需要遵守一定的规则和约定，以确保数据的一致性和可重复性。

bam文件读取_sam和bam文件处理

weixin_34794420的博客

12-30

3731

samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍：sambamba是一个比samtools更强大的操作sam和bam的工具，绝大部分samtools能用的功能sambamba都能用，而且速度和资源占用上都有很大的优化，所以后期用samtools的时候都可以替换成sambamba。1. viewview命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然...

minion_multiQC:用于小兵数据的多功能QC

05-16

用于牛津纳米Kong的Minion Sequencer数据的多功能QC 什么？单个脚本适用于在牛津纳米Kong的Minion测序仪的单个流通池的输出上使用一系列流行的工具执行QC。为什么？因为有很多好的工具，而且如果您真的想知道自己的数据是否有用，那么一次使用其中的许多工具将很有用。依赖项/使用的工具喝咖啡-首先要安装一些东西... 长鳍金枪鱼： : minion_QC.R： : NGMLR：： qualimap： ://qualimap.bioinfo.cipf.es/ samtools：： miniasm： : 配额： : //quast.sourceforge.net/download.html 安装所有这些工具，然后确保所有内容都在路径中的某个位置，以便您可以成功运行每个工具，如下所示： read_fast5_basecaller

各种bam文件统计质量值的软件

Cassiel60的博客

04-04

7568

1.bamdst -- a BAM Depth Stat Tool 对bam文件进行统计安装bamdst https://github.com/shiquan/bamdst git clone https://github.com/shiquan/bamdst.git cd bamdst make make后直接help后，查看用法，有时候可能会提示bamdst不存在，本来已经存在...

哈佛大学——差异表达分析（一）RNAseq基础知识

weixin_46585008的博客

10-29

7509

文章目录概述——使用Salmon计算该课程的学习目标需要下载的包工作流程（原始数据计数）学习目标RNA-seq工作流程RNA提取和文库准备测序（Illumina）边合成边测序(Sequencing-by-synthesis)原始测序数据质量控制（FastQC）定量表达比对后序列读段的质量控制(STAR/Qualimap)质量控制：使用MultiQC汇总结果概述——使用Salmon计算该课程的学习目标使用主成分分析（PCA）和分层聚类对计数数据进行质量控制使用DESeq2获得明显不同基因的列表可视

2022.11.21【bug笔记】|bam文件报错：Cannot add sequence that already exists in SAMSequenceDictionary

11-21

667

sam文件是通过hisat2，bowtie2或者bwa将rawdata进行比对后得到的包含比对信息的数据格式。经过samtools处理后得到的bam文件经常用于后续分析，比如RNA-seq分析时，可以统计序列的插入片段也可以做后续定量，WGS流程里比对后生产的bam文件也可以去冗余获取snp位点。

samtools老司机的翻车之旅

xuzhougeng blog

04-22

625

这两天在处理一批miRNA-seq数据，公司返回了原始数据和他们处理过的干净数据。通常而言，我都是直接无视他们的干净数据，一般要自己走一遍QC。只不过这次miRNA-seq，我决定用一下他们的处理结果，结果你猜怎么着，我居然就进坑了。首先，给大家看看这个平淡无奇的干净数据里的内容数据内容公司一波操作之后，把原本的FASTQ文件转成了FASTA文件。接下来我就需要进...

2018-7-6转录组学习4 序列比对

L_yivs的博客

07-07

5040

1.比对软件作为初学者，在这里使用hisat2作为比对软件，关于常用的比对软件的特点引述一下hoptop的介绍：最近的Nature Communication发表了一篇题为的Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq ana...

零基础入门转录组分析——第四章（序列比对）

weixin_49878699的博客

03-07

4919

零基础入门转录组分析第四章——序列比对，从实战（小鼠注射药物后的差异基因转录组分析）的角度详细展开全部内容，全文有5个部分（1.数据准备 2. 构建参考基因组索引 3. 序列比对 4. 压缩与排序 5. 批量运行）

MultiQC整合多个质控结果

qq_65701798的博客

10-24

3142

FastQC、Qualimap 和RSeQC等不少生信工具都可以给生成一个评估结果，但是几乎所有的质控工具都是针对生成MultiQC，基于Python的小工具能把多个质控结果整合，其强大的功能主要体现在以下三个方面：1）能将测序数据的多个QC结果整合成一个HTLM网页交互式报告，同时也能导出pdf文件；2）支持多种分析类型的质控结果查看，如：RNAseq、Whole-Genome Seq、Bisulfite Seq、Hi-C和MultiQC_NGI；

为什么要将bam文件排序

06-13

将BAM文件排序是为了提高后续分析的效率和准确性。BAM文件是二进制格式的比对结果文件，其中存储了每个测序读取在参考基因组上的比对位置、方向和质量等信息。排序可以将BAM文件中的比对结果按照某种规则进行排序，例如按照染色体位置、读长、读取名称等。排序后，BAM文件中的比对结果将按照一定的顺序排列，这样就可以在后续的分析中更加方便地进行数据处理。具体来说，排序可以带来以下几个好处： 1. 提高查找效率：对于需要查找某个区域的比对结果，排序后的BAM文件可以大大提高查找的效率，减少查找时间。 2. 便于去重：在一些分析中，需要去除PCR重复的测序结果。如果BAM文件是乱序的，那么去重过程将非常耗时，而排序后的BAM文件可以加速去重的过程。 3. 便于检测变异：在检测SNP、Indel等变异时，需要根据参考基因组的位置进行分析。如果BAM文件是乱序的，那么检测变异的过程将非常复杂，而排序后的BAM文件可以方便地进行变异检测。总之，将BAM文件排序可以提高后续分析的效率和准确性，是生物信息学中常见的一种数据预处理方法。