基于MS强度或计数的数据依赖法非标记定量蛋白质组学的蛋白质互作分析（二）

本期接着上期内容，继续给大家介绍基于MS强度或计数的数据依赖法非标记定量蛋白质组学的蛋白质互作分析。

 

通过对MS1扫描中检测到的信号强度的面积进行测量可以获得定量信息：目标物质的质量可从时间域中提取，从而生成提取离子色谱图（XIC），可用于整合目标化合物的LC洗脱峰。这一方法类似于处理SILAC数据的方法，它可确定同位素代码对的谱峰强度。这些基于MS1的非标记方法和同位素标记方法的主要区别在于，前者必须通过结合保留时间标记或重新调整保留时间数据的算法来密切管理LC中的保留时间。使用LC系统也可以进行调整，LC系统在洗脱方面具有很好的再现性。为了准确定义LC洗脱峰，仪器的扫描速率也很重要，因为测量不足会对面积测定造成很大影响（图2）。尽管图2未明确标出，但通过LC峰的数据点的数量减少会使得峰顶的数量明显减少并影响面积测定。在鸟枪法测序流程中，定量的质量也可能有问题，其中MS1扫描的频率受到进行碎片化的离子的选择和每个前体离子测序所花时间的影响。新一代仪器能够收集大量MS/MS信号，并在LC洗脱峰上保持一致的点数，因此能提供可靠的基于MS1的定量。

 

图2. 用于确定峰形状的点数对定量重现性至关重要。周期和峰宽度之间的平衡是确定色谱峰形状的关键。用于定义LC峰形状的建议最小点数是8个点，这个数量能很好地预估峰值。周期是累积时间和监