生信软件12 - 基于Symbol和ENTREZID查询基因注释的R包（easyConvert ）

使用easyConvert R包可获取基因的注释，包括基因的别名称别名、基因类型、Ensembl ID、Entrez ID及多个数据库的基因简介（summary）。

R包安装

# remotes包安装
install.packages("remotes")

# easyConvert包安装
remotes::install_github("dming1024/easyConvert")
# remotes::install_github("dming1024/easyConvert", force=TRUE)

查询示例

输入三个变量分别对应：查询gene id或symbol、查询输入类型和输出结果目录。

1. 根据NCBI gene ENTREZID查询基因注释

# 可通过"1,10,100,1000"输入，一次查询多个基因，逗号分割即可
Rscript geneQuery.R "1,10,100,1000" "ENTREZID" "/gene_annoation"

2. 根据gene symbol查询基因注释

# 多个gene symbol使用逗号分割
Rscript geneQuery.R "TP53,HBA" "SYMBOL" "/gene_annoation"

基因注释查询R代码

args <- commandArgs(T