seurat V5 单细胞测序分析亚群分析是否需要去批次效应

在单细胞测序分析过程中，在大群分析的基础上进行亚群分析是常规操作。在学习的过程中，有的讲到提取亚群细胞之后进行标准seurat分析的时候需要进行去批次效应分析，而有的则没有提到需要进行去批次效应分析，还有的说要具体问题具体分析。作为小白，啥时候需要啥时候不需要也搞不清楚。并且，目前也没有查到权威说法。在网上下载了一个数据，进行亚群分析的时候比较了差异。

左边图为RunHarmony()之后，右图为没有进行Harmony分析。就细胞群来讲没有分析的分群更加清晰，harmony 之后群之间界限不清晰了。

然而，在进行样本ID标记之后就发现，harmony 之前，有两个样本的细胞明显是不在一个地方。各自分群，在harmony 之后，这种情况有所改善。这么看来对于这组样本还是需要harmony去批次效应。