R 语言非度量多维标度分析

  非度量多维标度分析（Non-metricMultidimensional Scaling，NMDS），是主坐标分析(PCoA)的一种替代方法，NMDS分析是对已设定的排序轴进行排序，其算法并非最大限度地保证排序对象的原始距离关系，而是反映这些对象之间的顺序关系。这句话听不懂没关系，我的理解是：如果要检测不同取样地微生物某一分类水平下或原始OTU数据分布是否相似，那么就可以进行NMDS分析。

   先上两个例子：

 上图中，NMDS分析了不同土层中撒石灰、肥料以及不施肥中3个土层的细菌群落差异分析。原文中，作者对NMDS分析的结论是：The NMDS analysis based on the UniFrac distance matrix showed that the soil bacterial community structure was different between the fertilization plus liming (NPKS-L) and the other treatments in the 0–10 cm soil