这段代码使用ggtree
库在R中创建了一个基于生物进化树的可视化。
使用ggtree创建基于生物进化树的可视化
简介
ggtree是一个强大的R包,用于可视化生物进化树和相关数据。本教程将向您展示如何使用ggtree创建一个基于生物进化树的可视化,以及如何添加其他数据来增强可视化。
安装和加载必要的库
首先,确保已经安装并加载了所需的R库。
library(ggtree)
library(tidytree)
library(tidyverse)
library(ggtreeExtra)
导入生物进化树数据
导入生物进化树数据并准备其他相关数据。
tree <- read.tree("Fig_3a.18Species_2329LCN.newick")
genomeInfo <- read.csv("genomeInfo.CSV", header = TRUE)
数据预处理
在继续之前,对数据进行必要的预处理。在示例中,我们使用pivot_longer
将宽格式表格转换为长格式&