使用ggtree创建基于生物进化树的可视化

这段代码使用ggtree库在R中创建了一个基于生物进化树的可视化。

使用ggtree创建基于生物进化树的可视化

简介

ggtree是一个强大的R包，用于可视化生物进化树和相关数据。本教程将向您展示如何使用ggtree创建一个基于生物进化树的可视化，以及如何添加其他数据来增强可视化。

安装和加载必要的库

首先，确保已经安装并加载了所需的R库。

library(ggtree)
library(tidytree)
library(tidyverse)
library(ggtreeExtra)

导入生物进化树数据

导入生物进化树数据并准备其他相关数据。

tree <- read.tree("Fig_3a.18Species_2329LCN.newick")
genomeInfo <- read.csv("genomeInfo.CSV", header = TRUE)

数据预处理

在继续之前，对数据进行必要的预处理。在示例中，我们使用pivot_longer将宽格式表格转换为长格式，并使用factor来指定x轴的顺序。

genomeInfo <- pivot_longer(genomeInfo, cols = -1)
namefac <- factor(genomeInfo$name, levels = c("Genom