Nature子刊 | 微生物组促进热带珊瑚的氮元素循环

该研究通过宏基因组学揭示了热带珊瑚微生物群落在氮循环中的关键作用,尤其是异化硝酸盐还原为铵(DNRA)过程。在光照和黑暗条件下,珊瑚微生物表现出不同的反硝化和硝化活性,并且在黑暗中DDN同化增加。捕获的宏基因组数据显示,DNRA可能是由弧菌和一些硝酸盐还原微生物驱动的主要途径。这些发现对于理解珊瑚生态系统的养分循环和健康状况至关重要。
摘要由CSDN通过智能技术生成

生物地球化学循环周而复始,循环不息,是生物圈得以维持的重要条件。微生物由于其分布广泛、多样的代谢能力、高酶促活性,因而在生物地球化学循环中起主要作用,也是生物地球化学循环的核心,在海洋、土壤和淡水等环境中都可以观察到。

珊瑚礁生态系统是地球上生物多样性最丰富、生产力最高的典型生态系统之一,被誉为“海洋中的热带雨林”。热带石珊瑚共生微生物群落具有进行一系列氮转化所需的功能多样性,包括反硝化、硝化、固氮和异化硝酸盐还原为铵(DNRA)。2021年发表于ISME期刊的“Microbially facilitated nitrogen cycling in tropical corals”文章通过捕获的宏基因组学研究了热带石珊瑚中氮循环的过程。

研究设计

作者从大堡礁热带岛屿1-3米深度处,收集了六个具有代表性的石珊瑚群落:Acropora grandis(AG)、Acropora pulchra(AP)、Porites cylindrica(PC)、Montipora digitata(MD)、Isopora elizabethensis(IE)和Isopora cuneata(IC)。通过在光照和黑暗条件下孵化珊瑚群落,检测群落中N相关物质含量变化。

使用P. cylindrica(PC)作为模型物种,设计捕获探针,通过宏基因组学来表征与固氮、硝化、反硝化、厌氧氨氧化和DNRA相关的氮循环功能标记基因的丰度和物种组成。

研究结果

1、热带珊瑚微生物群落中反硝化和硝化作用活性的证据

在所有测试的热带珊瑚物种中都有反硝化作用,即N2、N2O和NO的累积释放。所有物种在光照和黑暗条件的净硝化速率存在显著的种间差异(< 0.009)。

图1 15NO3-和15NH4+处理下总N2产量 

图2 净硝化率测量

A光照和黑暗孵化中的平均种间净硝化作用。B按物种分类的净硝化作用。浅色调代表光孵化的珊瑚。深色调代表黑暗孵化的珊瑚。

2、N循环路径

所有检测物种中,都发现了通过N2固定(DDN)对 N 的同化作用,且在黑暗中DDN的同化明显大于光照培养的珊瑚。在物种内,这种趋势仅在A. pulchra 中显著(p = 0.007)(图3B),DDN 同化存在显著的种间变异性。

图3 固氮菌衍生的氮 (DDN) 同化率

珊瑚群落能将NH4+同化为生物量,在光照下比在黑暗孵化下发生的同化更快,且物种之间的显著差异(p < 0.001)。

图4 DON(红色)、NO3-(浅灰色)、NH4+(深灰色)和 N2(黑色)在珊瑚生物体内的净通量

3、异化硝酸盐还原为铵(DNRA)活性

DNRA活性估计很大程度上受NH4+同化与NO3-同化的比率影响,NH4+同化比NO3-高 1-2 个数量级。黑暗条件下的DNRA活性范围为 660-80 µmol N m-2 d-1(图 5A),暗相关DNRA 呈现出一种潜在的重要养分保留途径。而光照条件下的DNRA活性更难估计。

图5 NO3-质量平衡模型描述了潜在的DNRA活性

4、捕获宏基因组研究氮循环

通过捕获宏基因组学分析的结果在很大程度上与珊瑚N循环的生物地球化学证据一致。宏基因组未检测到与厌氧氨氧化(hzoA)或氨氧化(amoA,hao)相关的功能基因,但发现了一些亚硝酸盐氧化功能标记基因(nxrB),占N循环基因的3.6%图6A)。大部分检测的是硝酸盐还原基因、napA (29.4%)和narG (4.1%)。

捕获的napA基因微生物以弧菌为主,通常讲NO2-还原为NH3,在O2限制下进行DNRA。包含narG基因的微生物表现出多种硝酸盐还原途径,包括硝酸盐呼吸、DNRA、耦合硝化-反硝化和典型反硝化。这些基因途径主要有假单胞菌目、红杆菌目和根瘤菌目驱动(图6C)。这表明DNRA可能是P. cylindrica微生物组内主要的异化硝酸盐还原途径。  

图6 捕获宏基因组获得的功能标记基因。

A 特定N循环基因占总捕获的N循环基因的比例,B 各种N循环功能基因反应途径,C 捕获的N循环基因的类别和目水平多样性,以及功能标记基因的相对丰度。

总结

多样化和动态的N循环微生物群落是珊瑚共生体的普遍特征,本文通过捕获宏基因组研究了热带珊瑚中一种非常活跃的N循环——途径异化硝酸盐还原为铵(DNRA),为热带珊瑚相关的生物地球化学N循环提供了重要信息。

参考文献

Microbially facilitated nitrogen cycling in tropical corals. The ISME Journal, 2021.

DOI:10.1038/s41396-021-01038-1

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研究设计

作者从大堡礁热带岛屿1-3米深度处,收集了六个具有代表性的石珊瑚群落:Acropora grandis(AG)、Acropora pulchra(AP)、Porites cylindrica(PC)、Montipora digitata(MD)、Isopora elizabethensis(IE)和Isopora cuneata(IC)。通过在光照和黑暗条件下孵化珊瑚群落,检测群落中N相关物质含量变化。

使用P. cylindrica(PC)作为模型物种,设计捕获探针,通过宏基因组学来表征与固氮、硝化、反硝化、厌氧氨氧化和DNRA相关的氮循环功能标记基因的丰度和物种组成。

研究结果

1、热带珊瑚微生物群落中反硝化和硝化作用活性的证据

在所有测试的热带珊瑚物种中都有反硝化作用,即N2、N2O和NO的累积释放。所有物种在光照和黑暗条件的净硝化速率存在显著的种间差异(< 0.009)。

图1 ^{15}NO_{3}^{-}\textrm{}^{15}NH_{4}^{+}\textrm{}处理下总N2产量 

 

图2 净硝化率测量

A光照和黑暗孵化中的平均种间净硝化作用。B按物种分类的净硝化作用。浅色调代表光孵化的珊瑚。深色调代表黑暗孵化的珊瑚。^{}

2、N循环路径

所有检测物种中,都发现了通过N2^{_{​{​{_{}}^{}_{}}^{}}}固定(DDN)对 N 的同化作用,且在黑暗中DDN的同化明显大于光照培养的珊瑚。在物种内,这种趋势仅在A. pulchra 中显著(p = 0.007)(图3B),DDN 同化存在显著的种间变异性。

图3 固氮菌衍生的氮 (DDN) 同化率

珊瑚群落能将NH4+同化为生物量,在光照下比在黑暗孵化下发生的同化更快,且物种之间的显著差异(p < 0.001)。

图4 DON(红色)、NO3-(浅灰色)、NH4+(深灰色)和 N2(黑色)在珊瑚生物体内的净通量

3、异化硝酸盐还原为铵(DNRA)活性

DNRA活性估计很大程度上受NH4+同化与NO3-同化的比率影响,NH4+同化比NO3-高 1-2 个数量级。黑暗条件下的DNRA活性范围为 660-80 µmol N m-2 d-1(图 5A),暗相关DNRA 呈现出一种潜在的重要养分保留途径。而光照条件下的DNRA活性更难估计。

图5 NO3-质量平衡模型描述了潜在的DNRA活性

4、捕获宏基因组研究氮循环

通过捕获宏基因组学分析的结果在很大程度上与珊瑚N循环的生物地球化学证据一致。宏基因组未检测到与厌氧氨氧化(hzoA)或氨氧化(amoA,hao)相关的功能基因,但发现了一些亚硝酸盐氧化功能标记基因(nxrB),占N循环基因的3.6%图6A)。大部分检测的是硝酸盐还原基因、napA (29.4%)和narG (4.1%)。

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图6 捕获宏基因组获得的功能标记基因。

A 特定N循环基因占总捕获的N循环基因的比例,B 各种N循环功能基因反应途径,C 捕获的N循环基因的类别和目水平多样性,以及功能标记基因的相对丰度。

总结

多样化和动态的N循环微生物群落是珊瑚共生体的普遍特征,本文通过捕获宏基因组研究了热带珊瑚中一种非常活跃的N循环——途径异化硝酸盐还原为铵(DNRA),为热带珊瑚相关的生物地球化学N循环提供了重要信息。

参考文献

Microbially facilitated nitrogen cycling in tropical corals. The ISME Journal, 2021.

DOI:10.1038/s41396-021-01038-1

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Nature》子刊Robotics是一份关于机器人领域的重要学术期刊。作为《Nature》出版社旗下的子刊,它定期发表有关机器人技术、人工智能和自动化领域的最新研究成果和学术论文。 该期刊的论文涵盖了各种类型的机器人,包括工业机器人、服务机器人、医疗机器人、探险机器人等等。这些论文描述了机器人的设计原理、控制方法、感知技术以及与人类进行交互的能力。这些研究为改进机器人技术,推动其应用于各个领域提供了重要的理论基础和实践指导。 《Nature》子刊Robotics还提供了关于人工智能与机器人领域的综述文章和专题报道。这些文章回顾当前研究的进展,探讨前沿技术的发展趋势,并对未来的发展方向进行展望。这些综述文章为科研人员提供了一个全面了解机器人领域最新进展的平台,促进了学术界的交流和合作。 此外,《Nature》子刊Robotics还定期举办学术会议和研讨会,为科研人员提供了一个交流和分享最新成果的机会。这些活动为该领域的专家学者提供了一个相互学习和互相启发的平台,促进了机器人技术的创新发展。 总之,作为一份重要的学术期刊,《Nature》子刊Robotics为机器人领域的研究者和从业人员提供了一个宝贵的资源。它通过发表论文、综述文章以及举办学术会议的方式,推动机器人技术的发展,并促进了学术界的合作和交流,为实现人工智能和自动化技术的进步做出了重要贡献。
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