活细胞释放的细胞外囊泡(EV)是信号转导和细胞通讯的重要载体,尤其是远距离细胞之间的相互作用。从内体系统分泌的外泌体和从质膜脱落的微泡(MV)是EV的主要来源,而EVs的内容物包括来自源细胞的多种生物分子,如脂质、蛋白质、代谢物、DNA和RNA。非编码RNA是EV中经过充分研究的重要分子,可以传递并调节靶细胞。因此,对ncRNA在EV中的分布进行全面调查,有助于了解EV的分子特征并揭示其中的潜在作用。
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目前有一些数据库从EV的测序数据中深入评估了RNA的丰度,但大多数数据库在小样本量和ncRNA类型或非均匀表达谱方面存在局限性。为量化七种ncRNA类型(miRNA、snoRNA、piRNA、snRNA、rRNA、tRNA和YRNA)的表达谱,研究人员构建了一个用于EVs中ncRNA表达的综合数据库ECAtlas (http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVAtlas),研究成果发表在知名期刊《Nucleic Acid Research》上。
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EVAlats数据库首页
该数据库具有四个功能模块:(i)浏览和比较来自24种条件和8个来源(血浆、血清、唾液、尿液、精子、母乳、原代细胞和细胞系)的数据;(ii)根据其表达优先考虑条件相关组织中的候选ncRNA;(iii)探索24种条件下EV中特异性表达的ncRNA;(iv)研究ncRNA功能、相关药物、靶基因和EVs分离方法。
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EVAtlas包含EV中最全面的ncRNA表达,将成为该领域的关键资源。
参考文献
EVAtlas: a comprehensive database for ncRNA expression in human extracellular vesicles. Nucleic Acids Research. 2021