Nature Microbiology|细菌+真菌+原生生物多营养级研究新思路助力

生物多样性与生态系统多功能息息相关。然而，一般实验设计必然会简化自然生态系统复杂性，并且通常会控制生态系统功能的其他重要驱动因素。因此，现有的研究往往只关注单一营养级类群多样性，而任何营养级类群的丰度和功能效应取决于整个生态系统中生物多样性的相互作用。

多营养级扩增子是利用多对引物进行扩增子测序，同时获得研究样本中多个不同营养级生物群落(如细菌+真菌+原生生物等)数据。该项目不仅可以了解多营养级物种多样性和功能，还可以破解多营养级生物之间的关系，解析微食物链/食物网生态构建机制。从而全方位展现微生态网络中多营养级生物关系和功能。

接下来小编给大家分享一篇多营养级扩增子的经典文献~

北京大学城市与环境生态研究所在《Nature Microbiology》期刊上(IF=28.3)发表的“Reduction of microbial diversity in grassland soil is driven by long-term climate warming”研究论文中，通过对多营养级扩增子数据进行分析，揭示了气候变化对草地微生物的影响及其潜在机制。

• 期刊：Nature Microbiology

• 影响因子：28.3

• 发表时间：2022.06

• 样本类型：土壤

• Doi:10.1038/s41564-022-01147-3

Part1 ( 研究背景 )

人类活动导致的气候变化威胁生态系统功能。土壤生物多样性对于维持陆地生态系统的健康非常重要，但气候变化如何影响土壤微生物群落的丰富度（richness）和丰度（abundance）仍然没有解决。该文章研究了经过7年的时间的温度、降水和剪草量对细菌、真菌和原生动物的多营养层级的物种分类学和系统发育多样性的影响，来分析气候变化如何影响微生物多样性和生态系统的功能。

Part2 ( 实验设计 )

连续7年（2009-2016年）对草地微生物进行多因素全球变化实验。三个因素：增温（增温3℃或不变），降雨（降低50%、增加100%或不变），修剪（每年是否去除地上植物）。收集土壤样本，进行生态网中多营养层级（细菌、真菌与原生生物）扩增子测序和宏基因组测序，并测定土壤理化、植物生物量来研究土壤微生物群落多样性与功能。

Part3 ( 实验结果 )

1、气候变化因素对土壤和植物变量的影响

首先采用线性混合效应模型（LMMs）来确定三种微生物数据中的变异来源。结果显示，与改变降雨量和剪草相比，增温通过减少水分，对土壤小气候和对地球化学(例如土壤pH降低， NO3−增加)产生了主要影响。剪草对植物生物量有显著的负向影响，但对植物丰度有显著的正向影响（图1）。

图1 实验增温对土壤微生物群落的影响

2、气候变暖对微生物多样性的影响 

线性混合效应模型和系统发育结果显示，虽然降水或修剪对微生物丰度有显著的影响，但增温对草地土壤微生物的影响最大。增温不仅显著降低了细菌、真菌、原生生物丰度和发育多样性，也降低了微生物生物量和DNA产量。此外，微生物多样性下降对生态系统功能也产生较大影响（如作为有益生物的地上植物AMF减少）（图2）。以上结果表明，增温显著降低了微生物的生物多样性并影响了生态系统功能。

图2 实验增温对不同营养层级微生物类群的影响

3、微生物多样性减少的机制

结构方程模型(SEM)分析发现：土壤湿度对细菌丰富度的直接作用最强，受增温和-50%降水的负向影响，受+100%降水的正向影响。细菌丰富度直接或正影响原生生物丰富度。相比之下，细菌和真菌的环境驱动因素存在差异，如，土壤水分和植物丰度路径对真菌丰度的直接而显著的影响。整体而言，这些变量分别可以解释细菌、真菌和原生生物的丰度变化（图3）。

图3 不同营养层级微生物多样性的环境驱动因素

4、微生物生物多样性与生态系统功能之间的联系

进一步研究了气候变暖引起的微生物多样性变化对生态系统功能的影响。结果表明，增温降低了微生物总生物量、细菌生物量、总初级生产力(GPP)和生态系统呼吸(ER)的功能，这与草地土壤微生物多样性下降一致。此外，大多数细菌类群总丰度与微生物总生物量、细菌和真菌生物量、GPP和ER呈显著正相关，各项指标均显著降低（图3d）。综上，微生物群落多样性与相关生态系统功能过程存在显著的正相关关系。

Part4 ( 研究结论 )

通过研究增温、降水和修剪对土壤微生物多样性的交互作用，表明气候变暖通过改变生物相互作用和土壤生物地球化学条件，尤其是土壤湿度，进而导致微生物多样性减少。气候变暖导致的多样性减少可能会对生态系统的功能产生显著影响。该研究结果对预测气候变化的生态后果和生态系统管理具有重要意义。

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微生物是自然界生物地球化学循环的主要驱动力。凌恩推出多营养级扩增子（如细菌、真菌、原生生物）数据联合分析策略，解决了扩增子研究单一物种限制，从而全方位展现微生态群落原貌，剖析多营养级物种多样性，破解多营养级生物网络关系，解析微食物链/食物网生态构建机制。可满足广大科研工作者关于生态方面的研究，助力客户再发高分文章。

参考文献

Wu L, et al. Reduction of microbial diversity in grassland soil is driven by long-term climate warming. Nature Microbiology. 2022;7 (7):1054-1062.