C4单细胞|大脑发育也靠“内卷”？DNBelab C4平台神经科学领域又一力作！

“优胜劣汰，物竞天择，适者生存”是亘古不变的丛林法则，这在生命构成的基本单位-细胞间也不例外，为了争夺有限资源与空间，细胞间常常会发生激烈的竞争。这种细胞选择机制可以通过细胞在局部组织环境中的相对适应度来消除部分细胞。

单细胞测序技术的发展，为细胞竞争研究提供了有力工具。其中，DNBelab C4平台是华大智造自主研发的单细胞测序平台，具有细胞捕获率高，适用于较多样本类型，建库测序成本低等优点；测序结果表现优异，多项基于C4平台的单细胞领域重要成果已经发表。

得益于C4单细胞平台，科学家们深入探究了正在发育的大脑中神经干细胞之间的细胞竞争，并对其正负调控子、时空属性和分子特征进行了阐述。这是首次在哺乳动物中证明了细胞竞争对组织器官大小的调控作用。

期刊：Developmental Cell        

影响因子：10.7        

发表时间：2023.5

样本类型：小鼠大脑       

doi.org/10.1016/j.devcel.2023.03.016

实验设计

 实验结果

1、Axin2会调节NPC竞争及凋亡

基于双色嵌合标记（MADM）开发了一种名为DMAD的新的嵌合体标记与追踪系统，并在杂交小鼠中证实了Axin2在小鼠前脑背侧的神经干细胞（NPC）中富集（图1 A）。红绿克隆中Axin2突变细胞与野生型（WT）细胞的比例出现显著差异，说明了Axin2功能缺失会使NPC发生凋亡（图2 A-B）。短期克隆结果表明NPC中的Axin2缺失会迅速诱导细胞凋亡（图2 C）。

图1 Axin2的表达模式

图2 Axin2突变细胞的凋亡过程

2、发育中的大脑存在内源性神经干细胞竞争

该通过对小鼠大脑内的NPC进行与长期的克隆分析发现，处于生态层次顶端的10% NPC最终产生了大脑皮层中大约30至40%的神经元，相对的位于生态层次底端的10%神经干细胞仅产生很少的神经元（图3 A-F）。

图3 大脑正常发育过程中会出现内源性干细胞竞争

3、内源性干细胞竞争与Axin2表达相关

对胚胎发育后11.5天的小鼠大脑皮层NPC进行单细胞测序（图4 B-C）。通过无监督聚类分析，分析出来了三个Axin2表达水平不同的细胞亚群（图3 G-H，4D）。使用AnnexinV（AV）和碘化丙啶（PI）对NPC进行染色，以观察NPC的细胞凋亡情况，并选取所有染色细胞及等量的为未染色细胞进行转录组测序（图3 I -J），差异基因GO富集分析确定了六种未染色细胞中的的转录过程，其中包含凋亡信号转导和应激反应（图3 K-L，4E）。结合转录组测序和单细胞转录组测序的结果，创建了与细胞表型和转录组型关联的两个数据集，并对两个数据集进行整合后得到一个共享基因集，利用共享基因集开发了失败者特征评分系统（图3 M，4F）。为每个NPC分配一个失败者特征评分，Axin2表达水平与评分呈负相关（图3 N）。

图3续 NPC的单细胞测序及转录组测序结果

图4单细胞转录组图谱揭示“失败者”细胞的分子特征

4、Axin2通过p53凋亡关联介导NPCs之间的竞争

为了阐明 Axin2 介导神经干细胞竞争的机制，对胚胎发育11天时的小鼠大脑皮层NPC进行了单细胞转录组分析（图5 A-C）。Axin2突变细胞表现出比WT细胞更高的“失败者”特征分数（图5 E-G）。对数据分析，生成了一个细胞基因型关联数据集， Axin2突变细胞中在此基因集中分析出308个上调和609个下调基因（图5 H-I），且许多上调的基因与凋亡信号传导和线粒体介导的生物过程有关（图6 B）。GO富集分析表明，Axin2突变细胞中，参与p53细胞凋亡和细胞色素c信号传导的基因显著富集（图5 J-L，6 C）。

图5 Axin2 通过转录后调控p53信号介导干细胞竞争

图6 Axin2 介导的干细胞竞争和p53信号传导关联

5、Axin2-p53轴引发的干细胞竞争调节大脑大小

单独敲除Axin2或Trp53对小鼠脑部的大小没有影响，但同时敲除后小鼠脑部显著增大（图7 A-B）。NPC之间的干细胞竞争会产生更多的后代神经元，显著增加大脑内侧和背侧皮层的厚度（图7 C-F）。推测Axin2是以串行-并行方式与p53 共同调节干细胞竞争以及脑部的大小（图7 G）。

图7 Axin2 -p53轴可以调节干细胞竞争及大脑大小

研究结论

本研究揭示了Axin2和p53在小鼠大脑发育中的神经干细胞竞争中发挥关键作用。通过单细胞转录组分析深入探究了Axin2 - p53轴对大脑尺寸调节的分子机制，这一发现有助于深入了解干细胞竞争在神经发育和器官尺寸控制中的重要性。

本研究成果由中国科学院遗传学与发育生物学研究所吴青峰团队在《Developmental Cell》上发表，研究首次在小鼠大脑发育过程中揭示了神经干细胞之间存在细胞竞争，并详细描述了竞争的调控因子、时空特性以及分子层面的特征，展示了细胞竞争对器官尺寸的调控作用，为大脑发育和相关疾病的研究提供了新的视角。

凌恩拥有丰富的动物单细胞（核）转录组项目经验！基于华大DNBelab C4平台单细胞平台，目前已应用于超过50个物种的300多个组织类型的单细胞转录组研究。性比价高、成本低，适合大样本量研究，感兴趣的小伙伴抓紧联系我们哦！

参考文献

Sun XL, Chen ZH,Guo X, Wang ],Ge M, Wong SZH, Wang TLi S, Yao M, Johnston LA, Wu OF. Stem cell competition driven by the Axin2-p53axis controls brain size during murine development. Dev Cell. 2023 May8:58(9):744-759.