自然界的清道夫：一株神奇的链霉菌

暨南大学生命科学与技术学院在《Journal of Hazardous Materials》期刊上(IF=13.6)发表了链霉菌降解 PAE 机制的文章，研究从野生水稻根表面分离出一种新的菌株FZ201，通过基因组分析和代谢通路的重建，解释了FZ201 具有丰富的降解基因和复合的降解网络，揭示了FZ201菌株降解PAEs的潜在机制。

• 期刊：Journal of Hazardous Materials         

• 影响因子：13.6         

• 发表时间：2024.03

• 样本类型：链霉菌(Streptomyces sp. FZ201)         

• DOI: 10.1016/j.jhazmat.2024.133972

研究背景

邻苯二甲酸酯（PAEs）作为一类广泛使用的塑化剂会带来的环境污染问题，尤其是邻苯二甲酸二丁酯（DBP）作为一种新兴且全球关注的污染物，其在环境中难以降解，易积累于生物体内，对生态系统和人类健康构成潜在威胁，引发内分泌干扰、生殖系统发育异常等问题。文章基于全基因组测序和比较基因组学分析，旨在揭示FZ201菌株适应并降解PAEs的遗传机制，识别参与PAEs代谢途径的关键基因，并探讨其在PAEs生物修复中的应用潜力，以期为利用链霉菌减少作物中PAE污染、保障食品安全提供理论基础。

 实验设计及研究思路

主要结果

1、菌株的筛选与鉴定

从野生稻（Oryza rufipogon）的根表面筛选出一株能够高效降解PAEs的链霉菌FZ201（图1）。对菌株进行形态学、生理生化及分子生物学鉴定，确认其属于链霉菌属（Streptomyces sp.）。

图1 菌株FZ201的分离与鉴定

2菌株FZ201的生物降解能力及DBP的抗性研究

测试FZ201对不同种类PAEs的降解效率，在邻苯二甲酸二丁酯(DBP)浓度从100 mg/L增加到800 mg/L, FZ201的生物量迅速增加，且在144小时内能有效降解超过93%的DBP，最高降解率达到了98%，表明该菌株对高浓度DBP污染的去除效果显著（图 2）。细胞膜损伤检测显示，FZ201在低至中等浓度的DBP（100 mg/L至500 mg/L）下，细胞膜保持完整，细胞活力未受明显影响。在800 mg/L DBP浓度下，虽然部分细胞膜受损，但细胞总体依然保持活性，表明FZ201对DBP具有较强的耐受性（图 3）。

图2 FZ201在不同DBP 浓度下细胞生长和降解的最佳拟合曲线

图3 Streptomyces sp. FZ201暴露于不同浓度DBP后的CLSM图像

3、代谢中间体的鉴定

通过HPLC-TOF-MS/MS分析，鉴定了DBP降解过程中产生的十种主要代谢中间体，包括但不限于丁基乙基邻苯二甲酸酯（BEP）、单丁基邻苯二甲酸酯（MBP）、邻苯二甲酸二乙酯（DEP）等，这证实了DBP降解途径涉及去酯化、β-氧化和转酯化反应。代谢途径的多样性提示FZ201可能具备复杂的降解机制，以适应不同类型的PAEs，这符合放线菌门物种在应对环境污染物时展现出的生物多样性和高效降解能力（表1）。

表1 HPLC-TOF-MS/MS检测菌株FZ201代谢产物DBP

4、基因组分析与生物信息学分析

FZ201的基因组全长为8,604,396碱基对（bp），GC含量为71.3%，呈线性染色体结构。基因组测序和生物信息学分析揭示了FZ201含有多个与PAEs降解相关的酶编码基因，表明菌株可能具有复合的分解代谢网络（图4）。通过计算候选基因的密码子适应指数（CAI），研究者评估了这些基因表达水平的潜在高低，为后续功能验证提供了基础。

图4 Streptomyces sp. FZ201染色体环状基因组图谱及与PAEs降解相关的关键基因

5、系统发育分析和比较基因组分析

通过对FZ201的全基因组进行系统发育分析，可以确定它在链霉菌属内的进化位置，以及它与其他已知PAEs降解菌株的关系(图5)。测定了FZ201和其他34株参比菌株的核心基因。分析显示核心基因数量为2056个(图6)。研究发现链霉菌属中存在多种PHX基因家族，这些基因负责PAEs的降解。

图5 FZ201和参考菌株的系统发育树

图 6 核心基因和独特基因的维恩图

总结

文章研究结果表明，发现了具有广泛PAE降解能力的新菌株，还揭示了其复杂的降解机制，为PAE污染的生物修复提供了理论基础和潜在的生物资源。未来研究将深入探索更多降解基因及分子机制，以进一步开发环境治理技术。

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参考文献

Feng NX, Li DW, Zhang F, et al. Biodegradation of phthalate acid esters and whole-genome analysis of a novel Streptomyces sp. FZ201 isolated from natural habitats. Journal of Hazardous Materials. 2024.